100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0024 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0007  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00416188  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0006  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.826789  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0006  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0006  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00193537  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0033  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.389622  normal  0.782985 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0034  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.580916  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0037  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000581121  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0054  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0062  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.768069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00669255  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000548287  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05020  tRNA-Leu  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0450088  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26520  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>