42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1108 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1108  hypothetical protein  100 
 
 
853 aa  1694    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0667  DNA repair ATPase  39.35 
 
 
888 aa  438  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0676  DNA repair ATPase  34.11 
 
 
897 aa  385  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1611  putative DNA repair ATPase  28.01 
 
 
966 aa  214  7e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.230196  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0840  hypothetical protein  29.75 
 
 
937 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0968  hypothetical protein  29.75 
 
 
916 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.386021 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2437  hypothetical protein  50.74 
 
 
428 aa  126  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.920457  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1493  SMC domain protein  24.2 
 
 
892 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5033  PHP-like  43.94 
 
 
894 aa  116  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2772  hypothetical protein  45.8 
 
 
992 aa  112  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4550  hypothetical protein  43.54 
 
 
990 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5854  ABC transporter  32.27 
 
 
1028 aa  108  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3230  hypothetical protein  23.91 
 
 
896 aa  107  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3041  ABC transporter  40.77 
 
 
1028 aa  105  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.905111  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1048  SMC domain-containing protein  43.8 
 
 
995 aa  103  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0215906  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3605  SMC domain-containing protein  50 
 
 
955 aa  99.8  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.637524  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03553  RecF/RecN/SMC N terminal domain protein  41.73 
 
 
884 aa  98.2  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262366  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1748  SMC domain protein  38.21 
 
 
1011 aa  97.8  8e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.259166  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2865  hypothetical protein  44.09 
 
 
883 aa  96.7  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4740  hypothetical protein  38.99 
 
 
972 aa  95.5  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.462121  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12740  hypothetical protein  38.3 
 
 
938 aa  94.7  6e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00274818  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1891  hypothetical protein  22.48 
 
 
877 aa  94.7  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3009  phosphotransferase domain-containing protein  43.75 
 
 
931 aa  93.6  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0193  SMC domain protein  42.98 
 
 
895 aa  93.2  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.711323  normal  0.0164189 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2629  phosphotransferase domain-containing protein  41.24 
 
 
929 aa  92.4  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.525375  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1540  SMC domain-containing protein  44.79 
 
 
943 aa  92.8  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.719038 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1607  SMC domain-containing protein  35.71 
 
 
909 aa  90.5  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2527  hypothetical protein  32.86 
 
 
889 aa  89.4  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000761316 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1734  SMC domain-containing protein  30.41 
 
 
906 aa  89  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.195763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1737  hypothetical protein  39.02 
 
 
617 aa  87.4  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2794  hypothetical protein  39.69 
 
 
894 aa  85.5  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3193  PHP domain protein  39.69 
 
 
894 aa  85.5  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1243  hypothetical protein  36.88 
 
 
743 aa  83.2  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2715  hypothetical protein  27.74 
 
 
633 aa  83.2  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.320753  hitchhiker  0.00854437 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1358  hypothetical protein  38.17 
 
 
633 aa  82.4  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.019808  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5575  hypothetical protein  37.38 
 
 
145 aa  81.6  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315867  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5978  hypothetical protein  37.38 
 
 
145 aa  81.6  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.484158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1286  hypothetical protein  37.98 
 
 
633 aa  81.6  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.25486  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5585  hypothetical protein  30.56 
 
 
258 aa  49.7  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0168828  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1522  hypothetical protein  28.7 
 
 
709 aa  46.2  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.541364  hitchhiker  0.00000000000000176755 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0235  hypothetical protein  30.91 
 
 
713 aa  45.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6211  ABC transporter related  35.64 
 
 
714 aa  44.7  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.16806 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>