126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2556 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2556  putative transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
205 aa  411  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.596771  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3190  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
202 aa  128  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.0000000548437  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0595  TetR family transcriptional regulator  44.17 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3661  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
306 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2937  TetR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
193 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0625018 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
324 aa  55.8  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2659  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
203 aa  50.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.144734  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1035  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
214 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
210 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
210 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
194 aa  49.3  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1008  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
214 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.535946  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1025  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
214 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.589531  normal  0.553747 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0437  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
176 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.383719 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0212  transcription regulator TetR/AcrR family protein  25.87 
 
 
193 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3058  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 
204 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000151008  decreased coverage  0.0000000705144 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  44.64 
 
 
219 aa  47  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
209 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 
195 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3550  putative transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
374 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0101342  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
210 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
210 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0180  TetR/AcrR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
193 aa  46.2  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0296493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0183  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
193 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 
196 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13530  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
186 aa  45.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00114254  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 
218 aa  45.8  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0230  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971783  normal  0.1295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
209 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 
208 aa  45.4  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
220 aa  45.4  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
187 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 
215 aa  45.4  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
213 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1897  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
192 aa  45.1  0.0007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0242  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 
208 aa  45.1  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.156746 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1382  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
204 aa  45.1  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
213 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
205 aa  44.7  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 
219 aa  44.7  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
209 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 
255 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3241  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 
221 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
201 aa  44.7  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4401  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
205 aa  43.9  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00379703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
205 aa  44.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
208 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5623  putative transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 
180 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.118423  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
210 aa  43.5  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
207 aa  43.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3892  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
198 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  41.82 
 
 
182 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3966  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
198 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.497396 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 
213 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3878  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
198 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3104  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
185 aa  43.9  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
195 aa  43.5  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
205 aa  43.9  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1751  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
182 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000821157  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
213 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 
237 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  32.65 
 
 
217 aa  43.9  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 
219 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  31.15 
 
 
208 aa  43.9  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3721  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 
200 aa  43.1  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.522362  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5054  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
207 aa  43.1  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.817621 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4694  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000803209  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
207 aa  43.1  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4701  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000742649  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4466  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00176628  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4301  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000465082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4312  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0243746  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4814  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00735833  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 
218 aa  42.7  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  32.22 
 
 
211 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2581  regulatory protein, TetR  44.83 
 
 
197 aa  42.4  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 
192 aa  42.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 
195 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
215 aa  42.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
210 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00940  transcriptional regulator  36.84 
 
 
180 aa  42.7  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.146478  normal  0.42367 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4678  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000014554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0559  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000271654  hitchhiker  2.35635e-17 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4685  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 
205 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.17076e-49 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0946  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
223 aa  42.4  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.123031  normal  0.934208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5157  putative transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 
233 aa  42.4  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23435  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 
206 aa  42.4  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0764  transcriptional regulator, TetR family  31.54 
 
 
204 aa  42.4  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000222329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 
222 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
202 aa  42  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 
206 aa  42  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 
217 aa  42  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>