52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_3056 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_3056  putative regulatory protein  100 
 
 
160 aa  315  2e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5266  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  56.94 
 
 
204 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0095  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.48 
 
 
174 aa  115  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0038  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  48.89 
 
 
151 aa  111  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.536506  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4515  hypothetical protein  35.77 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5025  putative signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6464  ATP-binding region ATPase domain-containing protein  33.57 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.675812 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2108  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.53 
 
 
151 aa  60.5  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0238  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.51 
 
 
295 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0104  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.29 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.141556  normal  0.0323603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1570  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  34.56 
 
 
135 aa  51.6  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.196284  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5093  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.85 
 
 
132 aa  50.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.738847  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0346  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.61 
 
 
122 aa  49.7  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108962  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0014  putative signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
160 aa  48.9  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0168  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.91 
 
 
149 aa  48.9  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.129671  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35 
 
 
738 aa  48.5  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6631  putative signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 
135 aa  48.5  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0674873 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4605  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  36.89 
 
 
155 aa  48.1  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7294  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
161 aa  47.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0874  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.41 
 
 
205 aa  47.8  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4531  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.37 
 
 
135 aa  47.8  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  0.468222 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4348  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.04 
 
 
119 aa  47.4  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00391365  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0586  signal transduction histidine kinase, LytS  32.56 
 
 
123 aa  47.4  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0183303  hitchhiker  0.00998812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  31.58 
 
 
1039 aa  47  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4668  ATP-binding region ATPase domain protein  31.82 
 
 
148 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8587  putative signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
158 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00197112  normal  0.613164 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 
1225 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  29.85 
 
 
722 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8758  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.83 
 
 
192 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1263  response regulator receiver  32.87 
 
 
282 aa  45.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0593741  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0969  hypothetical protein  28.18 
 
 
144 aa  45.1  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  28.16 
 
 
713 aa  45.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4370  putative signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 
134 aa  45.4  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  31.39 
 
 
817 aa  45.1  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0374  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.33 
 
 
248 aa  44.3  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2474  hypothetical protein  32.56 
 
 
132 aa  44.3  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  28 
 
 
744 aa  44.3  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2307  putative regulator  30.23 
 
 
181 aa  43.5  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4051  putative serine/threonine kinase anti-sigma factor  30.58 
 
 
281 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.932154  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1919  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 
150 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3607  hypothetical protein  29.73 
 
 
159 aa  43.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5629  putative signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
167 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.56187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.78 
 
 
1045 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2800  putative signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.366639  normal  0.788147 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2744  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.59 
 
 
155 aa  43.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.813583  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  23.35 
 
 
753 aa  42  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0664  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.22 
 
 
147 aa  42  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.535186 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4139  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.14 
 
 
160 aa  41.6  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7843  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.39 
 
 
137 aa  41.2  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.5414  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1655  hypothetical protein  32.82 
 
 
162 aa  40.8  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.2 
 
 
616 aa  40.4  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0097  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.25 
 
 
155 aa  40.4  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0115417  normal  0.062689 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>