More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2167 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3345  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.3 
 
 		 694 aa  873    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.127637  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1280  helicase c2  58.65 
 
 		 677 aa  678    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0225088  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29270  DNA helicase, Rad3  63.68 
 
 		 684 aa  793    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1504  helicase c2  54.97 
 
 		 672 aa  644    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328202  normal  0.416282 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2167  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  100 
 
 		 706 aa  1394    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11361  ATP-dependent helicase dinG  57.01 
 
 		 664 aa  653    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00520548  normal  0.0965757 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1957  helicase c2  55.87 
 
 		 699 aa  679    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0276528  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  56.43 
 
 		 665 aa  654    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  56.43 
 
 		 665 aa  655    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2347  helicase c2  58.14 
 
 		 670 aa  672    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.490547  normal  0.859108 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  56.43 
 
 		 665 aa  655    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.54 
 
 		 666 aa  670    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.641288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2205  helicase c2  60.29 
 
 		 676 aa  706    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.632178  normal  0.363279 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6530  putative ATP-dependent helicase  59.64 
 
 		 674 aa  745    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290122  normal  0.0410108 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0995  helicase c2  61.41 
 
 		 681 aa  811    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.900844  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1812  helicase c2  50.57 
 
 		 706 aa  624  1e-177  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  51.4 
 
 		 765 aa  618  1e-175  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23060  DNA helicase, Rad3  53.69 
 
 		 692 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0774743 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1467  helicase c2  48.66 
 
 		 690 aa  583  1.0000000000000001e-165  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0659778  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1563  helicase c2  53.64 
 
 		 728 aa  578  1e-164  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.192384  decreased coverage  0.00181092 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1256  helicase c2  51.14 
 
 		 696 aa  565  1.0000000000000001e-159  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0239  helicase c2  48.96 
 
 		 664 aa  563  1.0000000000000001e-159  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1469  helicase c2  48.78 
 
 		 685 aa  565  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000142659 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0280  helicase c2  50.74 
 
 		 683 aa  561  1e-158  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0332575 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0323  helicase c2  50.15 
 
 		 699 aa  554  1e-156  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323796 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10610  DNA helicase, Rad3  48.97 
 
 		 673 aa  550  1e-155  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.382167  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3824  helicase c2  50.87 
 
 		 676 aa  551  1e-155  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00296278  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2435  helicase c2  50.73 
 
 		 679 aa  526  1e-148  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.184328  normal  0.864461 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07310  putative glutamate--cysteine ligase/putative amino acid ligase  47.64 
 
 		 699 aa  524  1e-147  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1052  helicase c2  48.83 
 
 		 669 aa  511  1e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.325194 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1480  helicase c2  52.84 
 
 		 710 aa  443  1e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.124092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1566  helicase c2  59.14 
 
 		 844 aa  442  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102401  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  33.58 
 
 		 674 aa  288  2e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  33.48 
 
 		 660 aa  285  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  31.29 
 
 		 636 aa  283  5.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  35.32 
 
 		 650 aa  280  7e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  35.18 
 
 		 650 aa  278  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  32.65 
 
 		 634 aa  269  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.1 
 
 		 957 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  31.87 
 
 		 646 aa  268  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  32.94 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  32.65 
 
 		 634 aa  269  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  32.65 
 
 		 634 aa  268  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  35.16 
 
 		 633 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  32.79 
 
 		 636 aa  266  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  32.1 
 
 		 713 aa  265  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  30.8 
 
 		 641 aa  264  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  32.11 
 
 		 646 aa  263  8e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  31.72 
 
 		 725 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  33.74 
 
 		 651 aa  262  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  33.76 
 
 		 729 aa  261  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 		 960 aa  262  2e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  31.81 
 
 		 725 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  32.74 
 
 		 636 aa  261  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  32.74 
 
 		 636 aa  260  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  32.74 
 
 		 636 aa  261  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  32.74 
 
 		 636 aa  261  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  33.44 
 
 		 636 aa  260  8e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  32.74 
 
 		 636 aa  259  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  31.65 
 
 		 651 aa  259  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  30.14 
 
 		 652 aa  259  1e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  31.98 
 
 		 669 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  30.92 
 
 		 640 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  29.68 
 
 		 652 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  31.98 
 
 		 669 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  31.56 
 
 		 634 aa  258  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  31.98 
 
 		 640 aa  258  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  32.99 
 
 		 639 aa  257  4e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  31.59 
 
 		 639 aa  257  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  33.43 
 
 		 640 aa  257  5e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  32.7 
 
 		 639 aa  256  7e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  32.35 
 
 		 640 aa  256  7e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  31.98 
 
 		 661 aa  257  7e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  30.49 
 
 		 633 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  32.83 
 
 		 639 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  29.42 
 
 		 636 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  30.88 
 
 		 662 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  34.2 
 
 		 647 aa  254  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33.97 
 
 		 641 aa  254  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  30.37 
 
 		 707 aa  253  6e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  30.49 
 
 		 664 aa  253  7e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  30.32 
 
 		 674 aa  253  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  31.52 
 
 		 646 aa  251  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  31.3 
 
 		 658 aa  251  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  33.33 
 
 		 643 aa  250  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  31 
 
 		 668 aa  249  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  33.24 
 
 		 851 aa  249  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  32.5 
 
 		 645 aa  248  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  30.5 
 
 		 644 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  30.32 
 
 		 659 aa  249  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  30.02 
 
 		 659 aa  248  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  32.93 
 
 		 681 aa  247  4.9999999999999997e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  32.75 
 
 		 659 aa  246  6.999999999999999e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>