105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0021 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0021  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000191059  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0043  tRNA-Cys  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00614253  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna006  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  100 
 
 
71 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05672  tRNA-Cys  100 
 
 
71 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05678  tRNA-Cys  100 
 
 
71 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05683  tRNA-Cys  100 
 
 
71 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna004  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002755  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna001  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307484  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna119  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000033796  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  98.21 
 
 
74 bp  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  98.21 
 
 
71 bp  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  98.21 
 
 
71 bp  103  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0067  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  92.65 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  96.43 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t042  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0083  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000521603  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0093  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000115835  hitchhiker  0.00000126474 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0083  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000198028  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000246163  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000588832  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t02  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000220142  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0058  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0062  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000739962  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0066  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000241588  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0043  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000926476  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0058  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0060  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000314996  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0068  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000111443  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0094  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242696  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0099  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00219559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0101  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00407806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0103  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000013606  normal  0.202636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0078  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0197112  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0051  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0053  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0057  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118539  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  94.64 
 
 
71 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t063  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000070127  hitchhiker  0.00000000885042 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  94.64 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  94.64 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t072  tRNA-Cys  91.04 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000613196  normal  0.0212572 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0071  tRNA-Cys  89.71 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0114475  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  92.59 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  88.24 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0087  tRNA-Cys  88.24 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0090  tRNA-Cys  88.24 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000925021  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000369177  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  90.91 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  97.22 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  97.22 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  88.89 
 
 
71 bp  60  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  88.46 
 
 
71 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  85.29 
 
 
74 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0044  tRNA-Cys  85.94 
 
 
74 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0030  tRNA-Cys  92.11 
 
 
74 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129776  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  88.64 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  88.64 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  83.58 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  83.58 
 
 
462 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  83.58 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  85.45 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>