More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0007 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0007  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000363973  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3192t  tRNA-Asn  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3118t  tRNA-Asn  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000513556  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1107t  tRNA-Asn  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.122135  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3164t  tRNA-Asn  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000133455  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3121t  tRNA-Asn  96.67 
 
 
73 bp  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000518835  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0123  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114106  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0124  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0075  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000559002  normal  0.199391 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0070  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042051  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0069  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0448406  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0052  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000553909  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0071  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0401239  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t09  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0068  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0474424  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t10  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0069  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000102362  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0071  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000229648  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0072  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000849142  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0072  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0416194  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0073  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0422626  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0421  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.747213  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0120  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0121  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117493  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0122  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124513  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0076  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000596623  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0077  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477509  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0079  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000505976  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0080  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000000390034  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0054  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000490544  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0051  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000466422  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t08  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t07  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0074  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000584221  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0118  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000046805  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0119  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000444921  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0074  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0206519  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0053  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000454506  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0053  tRNA-Asn  94.74 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000495579  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsn02  tRNA-Asn  93.33 
 
 
79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000126984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00034  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.107605  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00035  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0182063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00036  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00807096  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0039  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000583297  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0040  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000809411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0041  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000608298  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0042  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0486048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0081  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000113933  normal  0.124015 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0073  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000291565  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0700  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000146512  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2222  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00135486  normal  0.332417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2170  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464864  normal  0.318771 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5044  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306715  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0067  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.057405  normal  0.869795 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0077  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000573858  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1678  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000075386  normal  0.180154 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4676  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.2991999999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4675  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.10432e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4674  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.04285e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5042  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000464951  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5041  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000117093  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4673  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.54292e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0068  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0080  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000113933  normal  0.120667 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1689  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000039429  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0053  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00100848  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1135  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155907  hitchhiker  0.0000576998 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0046  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000733647  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1140  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039643  hitchhiker  0.0000118224 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0701  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000100783  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4240  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.488670000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4235  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0768  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185635  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2167  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  normal  0.244558 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2184  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00931098  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2182  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000320944  normal  0.975186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0877  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109556  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2234  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000137279  normal  0.643353 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2220  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000122834  normal  0.473554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2236  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0760667  normal  0.274847 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2163  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000349839  normal  0.522468 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0055  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0679012 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0056  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0654977 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0024  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.131975  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0025  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.253153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0044  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000371151  hitchhiker  0.00258348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0026  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.332926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0047  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.044997  normal  0.297586 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0045  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000379772  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1138  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053435  hitchhiker  0.0000316905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1147  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000475787  hitchhiker  0.0000000000000160242 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0069  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000387596  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0070  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.263184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2165  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000402737  normal  0.996727 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0078  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000554135  normal  0.120054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0076  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000573858  normal  0.201215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0054  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0020745  normal  0.0821499 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5043  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000344379  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4241  tRNA-Asn  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.07501e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0079  tRNA-Asn  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000264288  normal  0.119023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>