More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2156 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_2156  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
192 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.95 
 
 
196 aa  122  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.262176  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2303  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.75 
 
 
186 aa  112  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  37.58 
 
 
191 aa  109  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.36 
 
 
172 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0562  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.58 
 
 
187 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.44 
 
 
185 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  37.42 
 
 
172 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  37.34 
 
 
214 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.34 
 
 
214 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.34 
 
 
214 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.42 
 
 
172 aa  101  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.34 
 
 
212 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2885  sigma-24 (FecI)  35.93 
 
 
179 aa  99  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.43538  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  33.99 
 
 
193 aa  99  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
173 aa  97.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0432  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.62 
 
 
201 aa  97.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.605597 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.44 
 
 
246 aa  95.9  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
185 aa  95.9  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.42 
 
 
201 aa  95.5  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.449962  normal  0.462601 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
201 aa  95.5  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
201 aa  94.4  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
199 aa  93.6  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.16 
 
 
195 aa  93.6  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
173 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
220 aa  92.8  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.96 
 
 
235 aa  92  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.158608  normal  0.102911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  32.43 
 
 
193 aa  92  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  32.3 
 
 
180 aa  91.3  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  34.52 
 
 
188 aa  91.3  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.67 
 
 
173 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  34.16 
 
 
181 aa  90.9  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  37.41 
 
 
190 aa  90.9  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.4 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  32.3 
 
 
181 aa  90.9  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  37.41 
 
 
190 aa  90.9  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
176 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  33.33 
 
 
166 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.62 
 
 
176 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.99 
 
 
201 aa  90.1  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
240 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.17 
 
 
163 aa  90.1  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.34 
 
 
211 aa  90.1  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.95 
 
 
233 aa  89.4  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.93 
 
 
232 aa  89.4  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
211 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
211 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  39.71 
 
 
185 aa  89.4  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
252 aa  89  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
270 aa  89.4  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
213 aa  89  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
176 aa  89  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  34.93 
 
 
176 aa  88.6  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  33.78 
 
 
183 aa  89  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.69 
 
 
172 aa  89  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  37.09 
 
 
183 aa  88.6  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  38.97 
 
 
185 aa  88.6  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
237 aa  88.6  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.05 
 
 
303 aa  88.6  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
237 aa  88.6  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
237 aa  88.6  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
181 aa  88.2  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  36.69 
 
 
190 aa  88.2  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
175 aa  88.2  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.48 
 
 
240 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2365  sigma-24 (FecI-like)  34.13 
 
 
188 aa  87.8  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000514785  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
162 aa  87.8  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.45 
 
 
240 aa  87.8  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.73 
 
 
209 aa  87.8  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.69 
 
 
243 aa  87  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
204 aa  87.4  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0016  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
172 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000257028  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.91 
 
 
256 aa  87.4  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.1 
 
 
209 aa  87.8  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
180 aa  87  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  32.92 
 
 
181 aa  87  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
173 aa  87  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00630554  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0011  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
173 aa  87  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0275679  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.93 
 
 
209 aa  87.4  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0032  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
173 aa  87  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00832626  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
246 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  38.69 
 
 
165 aa  86.7  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.68 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.48 
 
 
181 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  31.65 
 
 
216 aa  86.3  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  38.46 
 
 
165 aa  87  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.55 
 
 
209 aa  86.7  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.12 
 
 
244 aa  87  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
268 aa  86.7  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  85.9  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
168 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  31.85 
 
 
182 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.99 
 
 
244 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.99 
 
 
271 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>