More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2038 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_2038  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  100 
 
 
813 aa  1684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.88 
 
 
378 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.59 
 
 
378 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.59 
 
 
378 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.59 
 
 
378 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.59 
 
 
378 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.59 
 
 
378 aa  320  6e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  45.99 
 
 
378 aa  318  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.99 
 
 
378 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.99 
 
 
378 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.81 
 
 
378 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  46.3 
 
 
379 aa  315  1.9999999999999998e-84  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  45.4 
 
 
379 aa  314  4.999999999999999e-84  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  45.7 
 
 
378 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  45.71 
 
 
381 aa  312  2e-83  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  47.83 
 
 
378 aa  310  5e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  46.15 
 
 
360 aa  309  1.0000000000000001e-82  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.5 
 
 
378 aa  308  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  45.82 
 
 
360 aa  307  5.0000000000000004e-82  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  44.25 
 
 
401 aa  307  5.0000000000000004e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  44.55 
 
 
381 aa  305  2.0000000000000002e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.73 
 
 
378 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  43.04 
 
 
383 aa  301  4e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.69 
 
 
383 aa  297  5e-79  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.19 
 
 
373 aa  297  6e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.65 
 
 
385 aa  296  1e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.33 
 
 
415 aa  291  4e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.33 
 
 
417 aa  289  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.84 
 
 
377 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.86 
 
 
373 aa  276  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.77 
 
 
400 aa  275  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1733  hydrogenase, (NiFe)/(NiFeSe) small subunit family  45.17 
 
 
497 aa  268  2.9999999999999995e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  42.7 
 
 
379 aa  266  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1398  hydrogenase, (NiFe)/(NiFeSe) small subunit family  45.17 
 
 
497 aa  266  1e-69  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.22 
 
 
368 aa  264  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1586  hydrogenase, (NiFe)/(NiFeSe) small subunit family  44.83 
 
 
497 aa  264  6e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.114343  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  39.87 
 
 
367 aa  262  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.27 
 
 
376 aa  261  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.88 
 
 
368 aa  261  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.35 
 
 
312 aa  261  5.0000000000000005e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0414  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  43.33 
 
 
544 aa  253  8.000000000000001e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.791101  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  40.86 
 
 
361 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  43.77 
 
 
360 aa  253  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.48 
 
 
393 aa  251  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.22 
 
 
378 aa  250  9e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3523  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.08 
 
 
369 aa  247  6e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.584249 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.06 
 
 
359 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.16 
 
 
317 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.4 
 
 
375 aa  239  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  41.1 
 
 
394 aa  237  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  39.67 
 
 
368 aa  237  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4088  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  40.41 
 
 
393 aa  235  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.541909  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  43.11 
 
 
317 aa  233  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.44 
 
 
364 aa  233  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.21 
 
 
370 aa  232  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.6 
 
 
358 aa  232  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.48 
 
 
373 aa  232  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  39.18 
 
 
372 aa  231  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.55 
 
 
319 aa  231  5e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  38.74 
 
 
358 aa  231  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.36 
 
 
374 aa  230  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.36 
 
 
374 aa  230  7e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  40.36 
 
 
374 aa  230  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  38.31 
 
 
375 aa  229  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2534  hydrogenase 2 small subunit  37.97 
 
 
375 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457974  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  39.5 
 
 
363 aa  229  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  39.86 
 
 
363 aa  229  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  39.86 
 
 
364 aa  229  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3403  hydrogenase 2 small subunit  38.83 
 
 
372 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3332  hydrogenase 2 small subunit  38.83 
 
 
372 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3323  hydrogenase 2 small subunit  38.83 
 
 
372 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629462  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.76 
 
 
317 aa  228  3e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3397  hydrogenase 2 small subunit  38.83 
 
 
372 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3498  hydrogenase 2 small subunit  38.83 
 
 
372 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.271513  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.99 
 
 
364 aa  226  1e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.5 
 
 
370 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  39.5 
 
 
364 aa  226  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.21 
 
 
367 aa  225  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  39.12 
 
 
374 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.28 
 
 
369 aa  225  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2506  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.62 
 
 
376 aa  225  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  40.93 
 
 
369 aa  224  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  39.15 
 
 
377 aa  224  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  42.25 
 
 
361 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4237  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  42.86 
 
 
401 aa  222  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  41.34 
 
 
317 aa  222  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.113366 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0719  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.28 
 
 
324 aa  221  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.534448 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0054  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  37.67 
 
 
356 aa  221  3.9999999999999997e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000250606  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  40.21 
 
 
361 aa  221  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  39.18 
 
 
340 aa  221  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3755  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  41.7 
 
 
321 aa  220  7e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  38.44 
 
 
325 aa  218  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>