98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1719 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1719  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase  100 
 
 
389 aa  814    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396765  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8252  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  47.01 
 
 
396 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112958  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0676  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  43.81 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000283469  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0621  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase (HMG-CoA synthase)  43.41 
 
 
391 aa  293  4e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1666  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  38.86 
 
 
384 aa  286  5.999999999999999e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.696762  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0968  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  41.24 
 
 
389 aa  285  1.0000000000000001e-75  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.032504  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1316  HMG-CoA synthase  40.46 
 
 
390 aa  283  4.0000000000000003e-75  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.717019  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2569  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  39.34 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2622  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  39.34 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0359  putative hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  40.7 
 
 
437 aa  273  3e-72  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2122  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  37.98 
 
 
388 aa  270  2.9999999999999997e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1184  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  38.46 
 
 
385 aa  270  4e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.298537  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1372  3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase  38.6 
 
 
387 aa  268  2e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.998569  hitchhiker  0.00000000102593 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1291  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  37.37 
 
 
383 aa  267  2e-70  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1179  Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase domain protein  33.58 
 
 
407 aa  206  6e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2595  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  34.88 
 
 
413 aa  199  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2884  Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase domain protein  34.05 
 
 
419 aa  196  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.614903 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1931  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase family protein  31.48 
 
 
412 aa  196  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.808673  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5295  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  33.15 
 
 
417 aa  189  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0778158  normal  0.248767 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1670  polyketide biosynthesis protein  32.43 
 
 
418 aa  189  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.130518  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2608  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase  33.74 
 
 
412 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2518  putative hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase  33.74 
 
 
412 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2613  putative hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase  31.62 
 
 
419 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.457692  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1384  putative polyketide biosynthesis protein pksG  31.62 
 
 
419 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1470  putative polyketide biosynthesis protein pksG  31.62 
 
 
419 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0349844  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1418  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  33.15 
 
 
420 aa  169  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2310  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  31.43 
 
 
445 aa  166  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2969  putative hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase  33.97 
 
 
397 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.763389  hitchhiker  0.0000211937 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1212  polyketide biosynthesis protein, interruption-N  31.35 
 
 
389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737994  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0401  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  30.95 
 
 
445 aa  163  4.0000000000000004e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0678  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  27.21 
 
 
453 aa  163  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0215835  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0828  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  30.33 
 
 
464 aa  161  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0208074 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2766  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  30.46 
 
 
444 aa  160  4e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2601  Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase domain protein  32.05 
 
 
424 aa  159  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0233973  normal  0.914531 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2313  Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase domain protein  31.35 
 
 
447 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.859835  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1739  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  31.69 
 
 
447 aa  152  8.999999999999999e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4396  Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  33.64 
 
 
369 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0133862  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0703  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  28.68 
 
 
407 aa  143  5e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04923  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, expressed (Eurofung)  26.23 
 
 
459 aa  119  6e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000140052  normal  0.183137 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_83020  predicted protein  25.2 
 
 
447 aa  112  1.0000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.203181 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05080  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, putative  23.97 
 
 
498 aa  99.4  1e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0146937  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02670  conserved hypothetical protein  22.99 
 
 
492 aa  99  1e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.250048  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_16649  predicted protein  25.06 
 
 
461 aa  97.4  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.24052  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3869  hypothetical protein  27.4 
 
 
348 aa  87.4  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1646  hypothetical protein  26.38 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1607  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  25.42 
 
 
350 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0551  hypothetical protein  24.61 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1142  hypothetical protein  23.86 
 
 
349 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.448183  hitchhiker  0.000356194 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1932  hypothetical protein  24.31 
 
 
349 aa  77  0.0000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0292488  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0430  hypothetical protein  26.22 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.637557  normal  0.081806 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0764  hypothetical protein  25.47 
 
 
346 aa  75.5  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.128662  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0020  hypothetical protein  23.49 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1082  hypothetical protein  24 
 
 
350 aa  74.3  0.000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0982  hypothetical protein  25.87 
 
 
348 aa  72.8  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1390  hypothetical protein  24.28 
 
 
345 aa  72.4  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2361  hypothetical protein  24.59 
 
 
350 aa  72.4  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0811  hypothetical protein  24.21 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.836821  hitchhiker  0.000111453 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0793  hypothetical protein  25 
 
 
349 aa  71.6  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0458  hypothetical protein  23.39 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.288502  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2510  hypothetical protein  22.95 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.507027  normal  0.708898 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0338  hydroxymethylglutaryl-CoA synthase  23.59 
 
 
347 aa  68.6  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.468823  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1240  hypothetical protein  24.13 
 
 
349 aa  68.2  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0625222  hitchhiker  0.00968227 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0526  hypothetical protein  22.81 
 
 
349 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0379  hypothetical protein  23.35 
 
 
349 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1461  hypothetical protein  23.33 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1627  hypothetical protein  24.04 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0157  hypothetical protein  23.28 
 
 
350 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1356  hypothetical protein  23.84 
 
 
351 aa  60.8  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.711945  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0151  hypothetical protein  23.81 
 
 
350 aa  58.2  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1263  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  28.57 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2176  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  28.57 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00253287  hitchhiker  0.000000000000149939 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1993  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  28.57 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000302649  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1307  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  28.57 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0184872  hitchhiker  0.000000000000113023 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1292  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  28.57 
 
 
317 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000523087  hitchhiker  2.7964e-16 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1585  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III  23.92 
 
 
316 aa  51.2  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000421947  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3069  hypothetical protein  28.75 
 
 
502 aa  51.2  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1606  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  29.29 
 
 
317 aa  51.2  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000532359  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2003  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  22.59 
 
 
321 aa  50.8  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1212  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.86 
 
 
317 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153107  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1470  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.86 
 
 
317 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000946289  hitchhiker  0.00000000000127697 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2239  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.14 
 
 
317 aa  50.4  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000795975  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2233  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.86 
 
 
317 aa  50.4  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000918964  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2036  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.86 
 
 
317 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000955089  decreased coverage  0.000000634537 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2556  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III  27.86 
 
 
317 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000231699  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.77 
 
 
913 aa  49.3  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1823  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  24.14 
 
 
332 aa  48.5  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0148812  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2505  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  29.29 
 
 
317 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000055762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2810  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  28.57 
 
 
317 aa  47.4  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02910  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  24.43 
 
 
316 aa  47.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01087  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase  27.14 
 
 
317 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000578388  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1213  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.14 
 
 
317 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.16382e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01095  hypothetical protein  27.14 
 
 
317 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000485703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2510  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  27.14 
 
 
317 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000101658  hitchhiker  0.0000844737 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1583  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  24.09 
 
 
319 aa  46.6  0.0009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0414109  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0602  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  24.09 
 
 
319 aa  45.8  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000174189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2917  hypothetical protein  24.77 
 
 
495 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.381583  normal  0.0360554 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1609  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  29.29 
 
 
316 aa  44.3  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100532  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3240  hypothetical protein  27.39 
 
 
485 aa  43.5  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.57921  normal  0.496079 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>