202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0055 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0055  VacJ-like lipoprotein  100 
 
 
250 aa  510  1e-144  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3119  VacJ-like lipoprotein  36.49 
 
 
303 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.351213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3391  VacJ family lipoprotein  36.89 
 
 
269 aa  145  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2450  Surface lipoprotein-like protein  37.66 
 
 
263 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.215842  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5182  VacJ-like lipoprotein  35.27 
 
 
347 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5677  VacJ family lipoprotein  35.27 
 
 
347 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205363 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2787  VacJ-like lipoprotein  36.1 
 
 
271 aa  142  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000448143  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4558  VacJ family lipoprotein  36.97 
 
 
347 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.1525 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4949  VacJ family lipoprotein  34.38 
 
 
334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0509972 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3399  VacJ-like lipoprotein  36.74 
 
 
241 aa  139  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5502  VacJ family lipoprotein  34.38 
 
 
334 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0790497  normal  0.0344756 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0021  VacJ-like lipoprotein  33.62 
 
 
329 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0891  VacJ family lipoprotein  36.32 
 
 
283 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2890  VacJ family lipoprotein  37.39 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194076  normal  0.292718 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1035  VacJ-like lipoprotein  34.36 
 
 
290 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3237  VacJ family lipoprotein  37.39 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464937  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1157  VacJ family lipoprotein  34.67 
 
 
248 aa  138  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2518  VacJ family lipoprotein  39.15 
 
 
296 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362858  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2557  VacJ-like lipoprotein  35.75 
 
 
260 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.829687  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3183  VacJ family lipoprotein  36.02 
 
 
337 aa  135  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.096737  normal  0.0774844 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2807  VacJ family lipoprotein  32.54 
 
 
259 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2959  lipoprotein precursor (VACJ) transmembrane  35.09 
 
 
269 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.455376  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2268  vacJ lipoprotein, putative  32.26 
 
 
276 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.232246  normal  0.0547217 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03206  lipoprotein  35.9 
 
 
352 aa  132  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3039  VacJ family lipoprotein  32.5 
 
 
261 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106365  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4134  VacJ family lipoprotein  35.43 
 
 
336 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0585  VacJ-like lipoprotein  37.06 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000197626  normal  0.0896852 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0357  VacJ family lipoprotein  35.91 
 
 
261 aa  131  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.32783 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1390  VacJ family lipoprotein  32.38 
 
 
255 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2897  VacJ family lipoprotein  32.5 
 
 
261 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00503136  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1395  VacJ family lipoprotein  32.28 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0967319  normal  0.304519 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1371  VacJ family lipoprotein  32.55 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0255661  hitchhiker  0.0000695889 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1311  VacJ family lipoprotein  32.55 
 
 
261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.451613  normal  0.97902 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1378  VacJ family lipoprotein  32.55 
 
 
261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0433853  normal  0.313356 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1466  VacJ family lipoprotein  32.5 
 
 
261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244149  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2351  lipoprotein VacJ  33.63 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2907  VacJ family lipoprotein  32.35 
 
 
261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.10764  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2938  VacJ-like lipoprotein  34.2 
 
 
277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335469  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5533  VacJ family lipoprotein  39.38 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547735  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1481  lipoprotein VacJ  33.96 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7032  VacJ family lipoprotein  34.82 
 
 
340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0355666  hitchhiker  0.0000000126773 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0980  VacJ family lipoprotein  38 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3265  putative lipoprotein  33.96 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3152  putative lipoprotein  33.96 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.462557  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2547  VacJ family lipoprotein  32.66 
 
 
260 aa  126  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683006  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0305  VacJ family lipoprotein  35 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0688  VacJ family lipoprotein  33.8 
 
 
261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0014  putative VacJ-like lipoprotein  34.82 
 
 
338 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3256  VacJ-like lipoprotein  35.38 
 
 
266 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1471  VacJ-like lipoprotein  33.6 
 
 
249 aa  125  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2092  putative lipoprotein  33.65 
 
 
330 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0340825  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1120  putative lipoprotein  33.65 
 
 
330 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2384  putative lipoprotein  33.65 
 
 
330 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1400  putative lipoprotein  33.65 
 
 
327 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3197  vacJ lipoprotein, putative  30.64 
 
 
261 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1355  VacJ-like lipoprotein  30.3 
 
 
256 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3015  VacJ family lipoprotein  33.33 
 
 
256 aa  123  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00574462  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2357  hypothetical protein  38.38 
 
 
234 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0719  VacJ family lipoprotein  35.44 
 
 
250 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4906  VacJ-like lipoprotein  33.2 
 
 
277 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27920  hypothetical protein  38.89 
 
 
234 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0751  VacJ family lipoprotein  35.44 
 
 
250 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1110  surface lipoprotein-like  33.62 
 
 
258 aa  122  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1647  VacJ family lipoprotein  33.66 
 
 
282 aa  122  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00736521  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0140  VacJ family lipoprotein  36.22 
 
 
273 aa  122  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4021  VacJ family lipoprotein  36.14 
 
 
336 aa  121  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.489684  normal  0.297563 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3037  surface lipoprotein-like protein  34.31 
 
 
321 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0676  VacJ-like lipoprotein  32.46 
 
 
232 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.325584  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0099  VacJ family lipoprotein  33.33 
 
 
252 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1016  VacJ family lipoprotein  35.48 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20570  VacJ-like lipoprotein  35.75 
 
 
208 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0098  VacJ family lipoprotein  35.96 
 
 
249 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000010266  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01688  lipoprotein  35.35 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1753  VacJ family lipoprotein  34.15 
 
 
350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1821  lipoprotein precursor  33.04 
 
 
285 aa  116  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4165  lipoprotein vacJ precursor  30.08 
 
 
291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.258271 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03065  Surface lipoprotein  32.1 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32730  VacJ-like lipoprotein  34.47 
 
 
234 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2403  VacJ family lipoprotein  28.93 
 
 
315 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.875073  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1589  VacJ family lipoprotein  35.24 
 
 
220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2400  VacJ family lipoprotein  34.36 
 
 
281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03126  hypothetical protein  32.6 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1809  hypothetical protein  33.48 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1810  hypothetical protein  32.9 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2480  VacJ-like lipoprotein  31.2 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.0468041 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1927  VacJ family lipoprotein  31.72 
 
 
234 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.265642 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0796  VacJ-like lipoprotein  31.51 
 
 
266 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0889982  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3098  putative lipoprotein  32.35 
 
 
262 aa  113  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.633351  normal  0.297241 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2399  VacJ family lipoprotein  31.34 
 
 
295 aa  112  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0106738 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3247  VacJ-like lipoprotein  33.62 
 
 
255 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2076  vacJ lipoprotein  31.4 
 
 
284 aa  111  9e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_1602  VacJ-like lipoprotein  39.73 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.4421  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1655  VacJ lipoprotein  33.19 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000371202  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_002850  surface lipoprotein VacJ  31.16 
 
 
257 aa  109  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0227  VacJ family lipoprotein  36.08 
 
 
295 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.806934  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0559  VacJ family lipoprotein  33.66 
 
 
284 aa  108  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00034836  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2550  VacJ family lipoprotein  33.65 
 
 
262 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.51859  normal 
 
 
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NC_004578  PSPTO_2115  vacJ lipoprotein, putative  34.72 
 
 
233 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0452943  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C2635  VacJ family lipoprotein  32.91 
 
 
251 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0775878  hitchhiker  0.0000000000141324 
 
 
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NC_007493  RSP_0891  putative lipoprotein  37.58 
 
 
262 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.363654  n/a   
 
 
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