144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0020 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0024  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.85349  decreased coverage  0.000572692 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000242266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000465953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000913492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000510343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000000957331  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000475423  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166451  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000293612  hitchhiker  0.000000418527 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.8536599999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  hitchhiker  0.000000000143723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000012319  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0045  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.155229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0047  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603755  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0057  tRNA-Cys  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.680669  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0039  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217901 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0689793  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2614  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0276643  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0176  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370505  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0453  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0341701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1473  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0135539  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1386  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1123  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.416759  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000925021  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000369177  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna119  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000033796  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna006  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248027  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna004  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002755  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna001  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307484  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05678  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05683  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0021  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000191059  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0043  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00614253  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05672  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4323  tRNA-OTHER  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>