171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2231 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2231  ApaG  100 
 
 
127 aa  263  5.999999999999999e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.340232  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2372  ApaG  70.08 
 
 
127 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3484  ApaG  62.2 
 
 
127 aa  181  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.526547  normal  0.166283 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2878  ApaG  65.57 
 
 
124 aa  176  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289279  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2857  ApaG  65.57 
 
 
124 aa  174  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.93069  normal  0.818828 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0466  ApaG  64.23 
 
 
147 aa  174  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.357414  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0442  ApaG  64.75 
 
 
124 aa  174  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3624  ApaG  64.75 
 
 
124 aa  173  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.815881 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2722  ApaG domain protein  63.41 
 
 
129 aa  173  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2568  ApaG  64.75 
 
 
124 aa  173  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0537  ApaG  64.75 
 
 
124 aa  173  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.371391  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2906  ApaG  63.93 
 
 
185 aa  173  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.809331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0536  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.680201  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3571  ApaG  63.93 
 
 
185 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0641  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0937  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3552  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.144794  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3579  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1907  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0509  ApaG  64.23 
 
 
124 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0464  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3493  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00288381  decreased coverage  0.0000301407 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3175  ApaG  61.79 
 
 
124 aa  171  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0222  ApaG  61.6 
 
 
128 aa  169  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.954602  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3020  ApaG  61.48 
 
 
137 aa  169  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.737478  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3120  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.802006  normal  0.119699 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2695  ApaG  61.48 
 
 
124 aa  169  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2755  ApaG  63.93 
 
 
124 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.263263  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2636  ApaG  59.84 
 
 
127 aa  169  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1346  ApaG  61.42 
 
 
142 aa  167  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.637296  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0400  ApaG  60.66 
 
 
126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4802  ApaG  58.2 
 
 
126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0434  ApaG  60.66 
 
 
126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292503  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0431  ApaG  60.66 
 
 
126 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.425394  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46840  ApaG  63.11 
 
 
126 aa  161  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3413  ApaG  56.69 
 
 
127 aa  159  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.329551  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0735  ApaG  59.84 
 
 
126 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1982  ApaG domain protein  57.6 
 
 
130 aa  157  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.78252  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07710  ApaG  59.84 
 
 
126 aa  157  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0202441 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2335  ApaG  56.91 
 
 
126 aa  157  6e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4014  ApaG  59.84 
 
 
126 aa  156  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0550  apaG protein  56.56 
 
 
126 aa  153  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.589067  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0164  ApaG  57.85 
 
 
130 aa  153  9e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.703501  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5136  ApaG  58.2 
 
 
126 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0150  ApaG  58.68 
 
 
124 aa  152  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4628  ApaG  55.74 
 
 
133 aa  151  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0531  ApaG  61.74 
 
 
130 aa  150  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1050  ApaG  56.1 
 
 
124 aa  149  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0328783  normal  0.737772 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3661  ApaG  58.14 
 
 
142 aa  148  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0420  ApaG domain protein  59.13 
 
 
211 aa  149  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.416529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0736  ApaG  56.2 
 
 
123 aa  147  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0437  ApaG  59.13 
 
 
136 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.30268 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0667  ApaG  55.12 
 
 
135 aa  143  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2359  ApaG domain protein  52.76 
 
 
127 aa  142  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.000000000770969 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2738  apaG protein  52.76 
 
 
127 aa  142  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0493  ApaG  54.76 
 
 
131 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04646  ApaG  51.97 
 
 
127 aa  141  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0854079  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2820  ApaG  56.3 
 
 
128 aa  140  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3900  ApaG domain-containing protein  54.62 
 
 
128 aa  140  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.195593 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4467  ApaG  53.85 
 
 
131 aa  140  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0586  ApaG  55.65 
 
 
135 aa  140  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.12497  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0721  ApaG  55.75 
 
 
156 aa  139  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0241  ApaG  56.91 
 
 
126 aa  137  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.136647  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1353  ApaG  51.97 
 
 
127 aa  137  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.214186  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1289  ApaG  51.97 
 
 
127 aa  137  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0861  ApaG  51.67 
 
 
126 aa  138  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0349  ApaG  56.52 
 
 
135 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.093684  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3468  ApaG  54.17 
 
 
124 aa  135  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0408  ApaG  54.1 
 
 
130 aa  133  9e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.833726  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00054  hypothetical protein  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.641296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3549  ApaG domain protein  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0044  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.271562  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3605  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118033 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00053  hypothetical protein  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.456951  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0599  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.121399  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0054  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.496379 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0056  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0915002  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0056  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0054  ApaG  49.17 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00391573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0723  ApaG  50.83 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0094  ApaG  48.33 
 
 
125 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237472  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0093  ApaG  48.33 
 
 
125 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.574173 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0100  ApaG  48.33 
 
 
125 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.819852  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0095  ApaG  48.33 
 
 
125 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1197  ApaG  53.21 
 
 
134 aa  130  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0098  ApaG  48.33 
 
 
125 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0904  ApaG  49.58 
 
 
126 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.764534  normal  0.43881 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6540  ApaG  47.69 
 
 
130 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.560513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0189  ApaG  52.5 
 
 
130 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.57181  normal  0.332972 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3116  ApaG  49.58 
 
 
126 aa  130  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3636  ApaG  45.83 
 
 
125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0601  ApaG  48.33 
 
 
125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0360  ApaG  59.62 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001666  ApaG protein  52.1 
 
 
126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0963  ApaG  50.42 
 
 
126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3210  ApaG  49.58 
 
 
126 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.664218  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0988  ApaG  49.58 
 
 
126 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233116  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2860  ApaG  52.94 
 
 
126 aa  128  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00242464  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0773  ApaG  46.67 
 
 
125 aa  128  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0328045  normal  0.124499 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0976  ApaG  49.58 
 
 
126 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>