77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1763 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1763  hypothetical protein  100 
 
 
334 aa  646    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.724575  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2416  hypothetical protein  39.23 
 
 
348 aa  229  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.845758  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2837  hypothetical protein  34.99 
 
 
345 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.601458  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1188  signal peptide protein  32.75 
 
 
351 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1459  hypothetical protein  33.65 
 
 
341 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2066  hypothetical protein  35.11 
 
 
301 aa  137  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1970  hypothetical protein  34.71 
 
 
356 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00552765  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1820  putative signal peptide protein  37.13 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.807416  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2133  hypothetical protein  34.66 
 
 
358 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.089753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1155  hypothetical protein  34 
 
 
358 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0968736  normal  0.0377322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1039  hypothetical protein  34.89 
 
 
372 aa  108  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.306566 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5962  hypothetical protein  34.75 
 
 
358 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2115  hypothetical protein  34.75 
 
 
358 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0320662  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1447  hypothetical protein  33.87 
 
 
364 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.944051 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3114  hypothetical protein  34.94 
 
 
358 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21409  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2204  hypothetical protein  34.94 
 
 
358 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1477  hypothetical protein  34.94 
 
 
358 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.729262  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1697  hypothetical protein  34.94 
 
 
407 aa  104  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2587  hypothetical protein  34.94 
 
 
358 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2641  hypothetical protein  34.94 
 
 
358 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.192728  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2152  hypothetical protein  34 
 
 
358 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0374202  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2719  hypothetical protein  34.94 
 
 
541 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1250  hypothetical protein  29.93 
 
 
350 aa  102  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00240974  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1886  hypothetical protein  35.35 
 
 
380 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283934  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1565  hypothetical protein  33 
 
 
372 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.491571  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5421  hypothetical protein  32.86 
 
 
358 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1116  putative signal peptide protein  31.05 
 
 
359 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0385568  normal  0.357874 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2025  hypothetical protein  33.71 
 
 
358 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.604471 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0123  hypothetical protein  34.6 
 
 
317 aa  94  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1075  hypothetical protein  31.69 
 
 
366 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0562211  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2568  hypothetical protein  32.05 
 
 
388 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133782  normal  0.0201135 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0959  conserved hypothetical signal peptide protein  30.19 
 
 
359 aa  87  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.279719  normal  0.0122892 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00084  RpfE regulatory protein  36.9 
 
 
306 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.620416  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0454  regulatory protein  36.46 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2399  putative signal peptide protein  40.61 
 
 
346 aa  80.1  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0395  regulatory protein  35.91 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1055  putative signal peptide protein  29.32 
 
 
359 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.23362  normal  0.366612 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1469  hypothetical protein  36.54 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0488  hypothetical protein  32.05 
 
 
326 aa  77  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.878212  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3233  hypothetical protein  30.91 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.294837  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1814  regulatory protein  30.06 
 
 
305 aa  73.2  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0110601  normal  0.0340193 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2750  putative signal peptide protein  33.61 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0635  hypothetical protein  35.23 
 
 
321 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0475  hypothetical protein  35.23 
 
 
321 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2331  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  30.77 
 
 
399 aa  62  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1879  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  34.04 
 
 
399 aa  61.6  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1013  hypothetical protein  28.57 
 
 
362 aa  59.7  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.657669  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1517  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  32 
 
 
393 aa  58.9  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000830459  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0776  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  45.61 
 
 
398 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00516365  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5405  hypothetical protein  31.2 
 
 
332 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.562328  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3257  hypothetical protein  28.72 
 
 
316 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1209  hypothetical protein  33.18 
 
 
322 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1635  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  31.2 
 
 
393 aa  55.8  0.0000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0256807  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3423  hypothetical protein  33.56 
 
 
318 aa  55.8  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2464  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  45.61 
 
 
399 aa  55.8  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00281274  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3182  hypothetical protein  26.96 
 
 
326 aa  55.8  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965988  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3701  hypothetical protein  31.85 
 
 
318 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.811427 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1380  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  29.6 
 
 
393 aa  54.3  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000857382  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0860  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  26.75 
 
 
398 aa  53.1  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2757  hypothetical protein  32.85 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2382  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  40.35 
 
 
397 aa  50.4  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.827176  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2019  proposed homoserine kinase  42.37 
 
 
383 aa  50.4  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.734369  normal  0.229701 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0839  phosphoglycerate mutase  30 
 
 
387 aa  48.5  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.654535  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1986  hypothetical protein  42.11 
 
 
452 aa  47.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00012685  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1217  proposed homoserine kinase  28.21 
 
 
407 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.755829  normal  0.625905 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0814  phosphoglycerate mutase  46 
 
 
397 aa  47.8  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00580261  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1292  phosphoglycerate mutase  24.31 
 
 
402 aa  46.6  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1818  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  38.6 
 
 
399 aa  46.2  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1428  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  36.84 
 
 
399 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.697984  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1757  hypothetical protein  23.33 
 
 
381 aa  45.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.870085  normal  0.146443 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0545  proposed homoserine kinase  38.98 
 
 
392 aa  44.7  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.000221048  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0447  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  27.66 
 
 
385 aa  44.3  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0702  proposed homoserine kinase  35.59 
 
 
384 aa  44.3  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.350823  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1301  phosphoglycerate mutase  31.03 
 
 
404 aa  43.1  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1514  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  26.22 
 
 
401 aa  42.7  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0629609  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1058  proposed homoserine kinase  41.38 
 
 
405 aa  42.7  0.009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000198822  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1568  hypothetical protein  21.79 
 
 
269 aa  42.4  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>