More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1033 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01393  predicted peptidase  56.49 
 
 		 653 aa  723    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3166  peptidase U32  57.32 
 
 		 669 aa  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.749383  normal  0.18817 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2211  peptidase U32  56.65 
 
 		 653 aa  724    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.722535  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01403  hypothetical protein  56.49 
 
 		 653 aa  723    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3497  U32 family peptidase  56.92 
 
 		 666 aa  712    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3705  peptidase U32  52.76 
 
 		 638 aa  639    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1614  U32 family peptidase  56.49 
 
 		 667 aa  724    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4811  peptidase U32  72.08 
 
 		 668 aa  929    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0604959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1782  peptidase, U32 family  56.99 
 
 		 654 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3259  peptidase, U32 family  57.01 
 
 		 668 aa  694    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104421  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1739  U32 family peptidase  56.34 
 
 		 653 aa  723    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00264856  hitchhiker  0.0000000000000113195 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0835  peptidase U32  52.76 
 
 		 638 aa  643    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3097  peptidase U32  57.32 
 
 		 668 aa  703    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.241586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1796  peptidase U32  56.47 
 
 		 629 aa  727    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.191326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0764  peptidase U32  50.71 
 
 		 649 aa  637    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1033  collagenase  100 
 
 		 667 aa  1372    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.771528  normal  0.0721423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2383  peptidase U32  56.51 
 
 		 662 aa  693    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000437173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2431  peptidase U32  57.69 
 
 		 657 aa  708    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0882  peptidase U32  70.46 
 
 		 652 aa  934    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1983  peptidase U32  56.13 
 
 		 654 aa  710    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.156367 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2224  peptidase U32  56.49 
 
 		 667 aa  724    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.787396 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2870  peptidase U32  56.21 
 
 		 666 aa  702    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.615102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18310  Peptidase, U32 family  56.83 
 
 		 666 aa  723    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2414  peptidase U32  70.5 
 
 		 672 aa  950    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.215421  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0396  peptidase U32  58.82 
 
 		 640 aa  785    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2285  peptidase U32  69.82 
 
 		 692 aa  937    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.437271  normal  0.0318374 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2274  peptidase U32  56.92 
 
 		 666 aa  712    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.9196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3514  peptidase U32  52.61 
 
 		 638 aa  636    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.163924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1718  peptidase, U32 family  57.14 
 
 		 654 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.378979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0734  peptidase U32  52.61 
 
 		 638 aa  636    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0828  peptidase U32  52.45 
 
 		 638 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00452719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1738  peptidase, U32 family  56.83 
 
 		 654 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3086  peptidase U32  70.56 
 
 		 669 aa  968    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.193528  normal  0.252382 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2040  peptidase, U32 family  56.65 
 
 		 667 aa  725    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0020805  hitchhiker  3.90569e-18 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1793  peptidase U32  60.93 
 
 		 655 aa  761    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1721  peptidase, U32 family  56.83 
 
 		 654 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0800  peptidase U32  52.76 
 
 		 638 aa  638    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3582  peptidase U32  52.45 
 
 		 638 aa  635    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1557  peptidase, U32 family  56.99 
 
 		 654 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1589  peptidase U32  70.15 
 
 		 667 aa  942    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1519  U32 family peptidase  56.49 
 
 		 667 aa  724    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3797  U32 family peptidase  52.29 
 
 		 638 aa  632  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3138  peptidase U32  52.29 
 
 		 638 aa  634  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0818  peptidase U32  51.42 
 
 		 637 aa  631  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0821  peptidase U32  50.62 
 
 		 644 aa  631  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0677  U32 family peptidase  52.6 
 
 		 639 aa  631  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0726  peptidase U32  50.24 
 
 		 667 aa  627  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0847  peptidase U32  51.42 
 
 		 638 aa  627  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0949  peptidase U32  50.79 
 
 		 641 aa  620  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1744  peptidase U32  43.36 
 
 		 622 aa  530  1e-149  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1338  U32 family protease  43.13 
 
 		 621 aa  496  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.138533  normal  0.134167 
 
 
-
 
NC_002950  PG0753  protease  44.74 
 
 		 635 aa  488  1e-136  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1637  peptidase U32  35.17 
 
 		 847 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1861  peptidase U32  34.84 
 
 		 810 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2047  peptidase U32  33.21 
 
 		 783 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1511  peptidase family protein U32  34.39 
 
 		 886 aa  261  4e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0544  peptidase U32  36.79 
 
 		 835 aa  259  8e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.814985  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2391  peptidase U32  33.95 
 
 		 848 aa  259  9e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.740262  normal  0.817298 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0176  peptidase U32  33.64 
 
 		 835 aa  251  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0229  peptidase U32  34.94 
 
 		 872 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.277324  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2086  peptidase U32  30.58 
 
 		 839 aa  246  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1278  peptidase U32  33.9 
 
 		 847 aa  244  3e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.615717 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1848  U32 family peptidase  33.71 
 
 		 783 aa  239  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1712  peptidase U32  33.97 
 
 		 862 aa  236  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000390003  normal  0.623925 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2136  U32 family peptidase  33.33 
 
 		 783 aa  236  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1336  peptidase U32  32.1 
 
 		 817 aa  233  7.000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0126233  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0296  peptidase U32  31.78 
 
 		 837 aa  233  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1374  peptidase U32  32.8 
 
 		 838 aa  225  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.466002  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1159  hypothetical protein  30.98 
 
 		 783 aa  225  2e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.904079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1655  peptidase U32  33.98 
 
 		 833 aa  223  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.296071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2966  peptidase U32  33.27 
 
 		 877 aa  222  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1732  peptidase U32  35.26 
 
 		 873 aa  221  3e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_10034  predicted protein  30 
 
 		 826 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1622  proteinase  33.64 
 
 		 823 aa  216  9.999999999999999e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0350786 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1649  peptidase U32  34.61 
 
 		 852 aa  215  1.9999999999999998e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3761  peptidase U32  32.29 
 
 		 835 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0962396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1572  peptidase U32  35.81 
 
 		 832 aa  214  4.9999999999999996e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.812702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0426  peptidase U32  29.66 
 
 		 767 aa  213  1e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1107  peptidase U32  33.33 
 
 		 836 aa  211  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0104488  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1293  peptidase U32  34.57 
 
 		 839 aa  211  4e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.461857  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1028  peptidase U32  33.83 
 
 		 834 aa  210  6e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0703  peptidase U32  30.76 
 
 		 841 aa  210  7e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1337  peptidase U32  31.32 
 
 		 736 aa  208  3e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0917  peptidase U32  31.77 
 
 		 835 aa  207  5e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2286  peptidase U32  30.39 
 
 		 716 aa  201  3e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0587  peptidase U32  33.09 
 
 		 840 aa  201  3e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.684095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1242  putative peptidase U32 family protein  32.44 
 
 		 843 aa  200  7e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.648851 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1237  putative peptidase U32 family protein  32.46 
 
 		 851 aa  197  4.0000000000000005e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08360  collagenase-like protease  31.72 
 
 		 825 aa  196  1e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.593453 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02320  collagenase-like protease  37.31 
 
 		 828 aa  196  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.265597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2268  peptidase U32  29.76 
 
 		 826 aa  195  2e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0153  peptidase U32  30.98 
 
 		 805 aa  195  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0699  peptidase U32  28.36 
 
 		 722 aa  193  9e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1459  peptidase U32  30.29 
 
 		 723 aa  192  2e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3754  peptidase U32  37.22 
 
 		 747 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0065  peptidase U32  40.61 
 
 		 822 aa  190  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2078  peptidase U32  37.85 
 
 		 746 aa  186  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.292848  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2502  collagenase-like protein  33.15 
 
 		 746 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.503721  normal  0.268664 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1775  peptidase U32  33.78 
 
 		 419 aa  184  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.768163  normal  0.436207 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1301  peptidase U32  36.79 
 
 		 748 aa  183  8.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.506544  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>