266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0967 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0967  ribonuclease BN  100 
 
 
300 aa  578  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.89911  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4029  ribonuclease BN  54.61 
 
 
316 aa  319  3e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1669  ribonuclease BN, putative  60.14 
 
 
326 aa  296  4e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2153  ribonuclease BN, putative  51.82 
 
 
321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4408  ribonuclease BN  55.48 
 
 
427 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2216  ribonuclease BN  53.22 
 
 
303 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0297  ribonuclease BN  46.79 
 
 
291 aa  257  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.421979 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3408  ribonuclease BN  46.43 
 
 
299 aa  252  5.000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0329161  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1876  ribonuclease BN  44.84 
 
 
306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3921  putative ribonuclease BN  42.96 
 
 
360 aa  238  1e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00855127  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5809  ribonuclease BN, putative  47.04 
 
 
321 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1209  ribonuclease BN  46.38 
 
 
312 aa  221  8e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3875  ribonuclease BN  48.34 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3764  ribonuclease BN  48.34 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0316697  normal  0.101597 
 
 
-
 
NC_003296  RS02223  putative ribonuclease RNase BN (RBN) transmembrane protein  48.71 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2801  ribonuclease BN  41.84 
 
 
307 aa  206  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1591  ribonuclease BN  38.36 
 
 
424 aa  205  7e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5335  ribonuclease BN  47.83 
 
 
329 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2372  ribonuclease BN  42.03 
 
 
321 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483691  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0412  ribonuclease BN  37.77 
 
 
317 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6562  ribonuclease BN  41.76 
 
 
347 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.357212  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1947  ribonuclease BN  40.36 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594213 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2225  ribonuclease BN  39.36 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.681291  decreased coverage  0.00304933 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3922  ribonuclease BN  42.24 
 
 
370 aa  196  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.211181 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4384  ribonuclease BN, putative  44.11 
 
 
314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3982  putative ribonuclease BN  44.11 
 
 
314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2102  ribonuclease BN  43.94 
 
 
311 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.316673 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4599  ribonuclease BN  42.59 
 
 
341 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150471  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6636  ribonuclease BN  39.15 
 
 
322 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3546  ribonuclease BN  45.1 
 
 
308 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229297  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3375  putative ribonuclease BN  42.12 
 
 
310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.594125 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3877  ribonuclease BN  41.76 
 
 
310 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0703  YihY family protein  44.27 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.075214  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1675  putative ribonuclease BN  43.82 
 
 
307 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753662  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1697  putative ribonuclease BN  43.82 
 
 
307 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.318237  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0744  putative ribonuclease  43.82 
 
 
337 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2276  putative ribonuclease BN  43.82 
 
 
307 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4448  ribonuclease BN  40.42 
 
 
443 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0111149  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2533  ribonuclease BN  35.98 
 
 
311 aa  186  3e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1883  putative ribonuclease BN  43.82 
 
 
307 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.244601  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2414  putative ribonuclease BN  43.82 
 
 
304 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2469  putative ribonuclease BN  37.41 
 
 
305 aa  185  7e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.428751  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0769  ribonuclease BN  42.75 
 
 
411 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3548  ribonuclease  38.24 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0230388  normal  0.0399226 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4516  ribonuclease BN  41.02 
 
 
436 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.783235  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2621  ribonuclease BN  39.69 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2481  ribonuclease BN  38.11 
 
 
324 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541316  normal  0.806631 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1838  ribonuclease BN, putative  38.26 
 
 
301 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.787321  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2667  ribonuclease BN  37.63 
 
 
302 aa  169  7e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0611062  normal  0.153348 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3473  ribonuclease BN  36.36 
 
 
324 aa  167  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.950669 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10418  hypothetical protein  38.4 
 
 
323 aa  167  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.536635  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2157  ribonuclease BN  38.46 
 
 
393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3481  ribonuclease BN family protein  40.07 
 
 
306 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1291  ribonuclease BN  42.57 
 
 
311 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.31772 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3201  ribonuclease BN  38.58 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.248041 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04098  ribonuclease BN  38.96 
 
 
320 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5700  ribonuclease BN  38.43 
 
 
305 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0471671 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2352  ribonuclease BN  37.59 
 
 
305 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0042  BrkB-like serum-resistance protein  34.98 
 
 
294 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.363004  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1738  ribonuclease BN  36.77 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.554379  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1806  ribonuclease BN  36.77 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0324  ribonuclease BN  37.25 
 
 
314 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1517  ribonuclease BN  37.04 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0258  ribonuclease BN  35.25 
 
 
331 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0221  ribonuclease BN  34.3 
 
 
334 aa  123  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2696  ribonuclease BN  30.33 
 
 
322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3407  ribonuclease BN  30.33 
 
 
322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.57313  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0169  ribonuclease BN  34.74 
 
 
305 aa  113  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0417869  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0151  ribonuclease BN  37.25 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.688141  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3965  ribonuclease BN  29.29 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2561  ribonuclease RN  25 
 
 
276 aa  106  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.842929  normal  0.307691 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3282  ribonuclease BN  25.19 
 
 
306 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2802  ribonuclease BN  28.53 
 
 
368 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4026  ribonuclease BN  28.57 
 
 
302 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.194003 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0077  ribonuclease BN  25 
 
 
307 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1406  ribonuclease BN  25.19 
 
 
320 aa  89.4  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.573356  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4558  ribonuclease  27.27 
 
 
411 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.176119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51960  ribonuclease  27.27 
 
 
411 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384323 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0302  ribonuclease BN  27.54 
 
 
298 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223678  hitchhiker  0.000000133239 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0630  putative ribonuclease BN  24.91 
 
 
538 aa  70.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.883121 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6469  ribonuclease  29.56 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1456  putative ribonuclease BN  27.8 
 
 
442 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1434  ribonuclease BN  27.8 
 
 
442 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.50654  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0974  ribonuclease BN, putative  27.8 
 
 
442 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315544  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  22.68 
 
 
525 aa  69.3  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  22.68 
 
 
525 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4601  ribonuclease BN  27.41 
 
 
443 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1793  ribonuclease BN  28.63 
 
 
442 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0942  ribonuclease BN  26.02 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1862  ribonuclease BN  26.02 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.618695  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1707  tRNA-processing ribonuclease BN  26.02 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1685  tRNA-processing ribonuclease BN  26.02 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.417952  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1377  ribonuclease BN  26.54 
 
 
443 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763301  normal  0.704772 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1475  ribonuclease BN  26.02 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4092  ribonuclease BN  27.24 
 
 
290 aa  66.6  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2618  YihY family protein  26.02 
 
 
437 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1337  putative ribonuclease BN  26.54 
 
 
443 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4238  ribonuclease BN  27.24 
 
 
290 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.89383  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4260  ribonuclease BN  27.24 
 
 
290 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4416  ribonuclease BN  27.24 
 
 
290 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>