152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0840 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0840  putative cytochrome c5  100 
 
 		 157 aa  316  7e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.674138  normal  0.844917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  50.6 
 
 		 266 aa  94  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0624  putative cytochrome c5  52.7 
 
 		 87 aa  89.4  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.617853  normal  0.467758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  47.73 
 
 		 298 aa  85.1  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  48.78 
 
 		 297 aa  84  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  48.75 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  47.73 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  48.24 
 
 		 300 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  46.43 
 
 		 148 aa  80.5  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  47.5 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  46.34 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  47.5 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  47.5 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  47.5 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  43.68 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  43.68 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  37.78 
 
 		 294 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  50 
 
 		 167 aa  77.4  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  40 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  48.24 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  38.61 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  43.33 
 
 		 163 aa  75.5  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  48.78 
 
 		 297 aa  74.7  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  44.71 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  49.41 
 
 		 300 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  44.19 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 112 aa  72.4  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 275 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  38.71 
 
 		 216 aa  71.2  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2067  cytochrome c family protein  45 
 
 		 164 aa  70.9  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2262  cytochrome c family protein  45 
 
 		 164 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2122  cytochrome c family protein  45 
 
 		 164 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  43.68 
 
 		 179 aa  70.5  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  43.68 
 
 		 180 aa  70.5  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  48.19 
 
 		 299 aa  70.5  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0988  cytochrome c family protein  43.75 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.219411  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  43.01 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2318  cytochrome c family protein  45.45 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  46.05 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  44.71 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  41.89 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  39.73 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  43.06 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  42.7 
 
 		 225 aa  67  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  37.18 
 
 		 131 aa  67  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  41.38 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  42.86 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  39.19 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5103  cytochrome c-type protein  37.65 
 
 		 100 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  40 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  35.63 
 
 		 97 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  38.32 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  37.84 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  41.67 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4834  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 202 aa  63.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62683  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  45.21 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2303  cytochrome c class I  41.67 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165947  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  34.12 
 
 		 100 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  42.11 
 
 		 161 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3197  cytochrome c, class I  42.5 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  41.1 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0125  cytochrome c-type protein  34.12 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  42.31 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0142  cytochrome c5-like protein  34.12 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  36.05 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2353  cytochrome c class I  36.08 
 
 		 101 aa  61.2  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0054  cytochrome c-type protein  35.29 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0227  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.495989  hitchhiker  0.00493696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0232  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  37.84 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  27.91 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  37.84 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  35 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  37.35 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  39.73 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4918  putative cytochrome c family protein  40.79 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.840892  hitchhiker  0.00914524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  38.96 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  37.18 
 
 		 111 aa  58.9  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  38.03 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0200  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.657824  normal  0.710005 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  38.75 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0050  cytochrome c class I  36.71 
 
 		 232 aa  57.8  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  32.95 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0362  cytochrome c5-like protein  35.8 
 
 		 195 aa  57.8  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000104978  hitchhiker  0.00044408 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>