More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0645 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0645  dihydroorotate dehydrogenase 2  100 
 
 
337 aa  668    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0506  dihydroorotate dehydrogenase 2  69.64 
 
 
337 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1213  dihydroorotate dehydrogenase 2  68.34 
 
 
358 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104048 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1317  dihydroorotate dehydrogenase 2  68.05 
 
 
344 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1678  dihydroorotate dehydrogenase 2  66.17 
 
 
345 aa  441  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.289485 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2593  dihydroorotate dehydrogenase 2  68.06 
 
 
335 aa  437  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144879  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2511  dihydroorotate dehydrogenase 2  66.47 
 
 
345 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0626314  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1619  dihydroorotate dehydrogenase 2  66.18 
 
 
344 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1928  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.59 
 
 
365 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0930584  normal  0.0310876 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1476  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.39 
 
 
356 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1455  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.39 
 
 
356 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2507  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.37 
 
 
353 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1600  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.41 
 
 
365 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.2537  normal  0.306495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1664  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.18 
 
 
344 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0155607 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1730  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.07 
 
 
353 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658492  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0768  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.88 
 
 
345 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0837713  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1253  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.88 
 
 
345 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1809  dihydroorotate dehydrogenase 2  66.17 
 
 
342 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.505366  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1978  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.88 
 
 
345 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1825  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.88 
 
 
342 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.833484  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0394  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.88 
 
 
345 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350718  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1736  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.88 
 
 
345 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.575545  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1164  dihydroorotate oxidase A  65.4 
 
 
347 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1074  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.39 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1554  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.39 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  63.99 
 
 
343 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.02785  decreased coverage  0.00223675 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4696  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.39 
 
 
356 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.226545  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2706  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.72 
 
 
349 aa  413  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2309  dihydroorotate dehydrogenase  62.8 
 
 
343 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  62.5 
 
 
339 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1530  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.03 
 
 
330 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.95205 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18900  dihydroorotate dehydrogenase 2  63.99 
 
 
347 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.388059  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2095  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.54 
 
 
340 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0895487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3011  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.61 
 
 
340 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000990874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1613  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.24 
 
 
341 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000426002 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1750  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.82 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1606  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.24 
 
 
341 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.806586  normal  0.155671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3645  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.54 
 
 
369 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0741  dihydroorotate oxidase  62.83 
 
 
344 aa  396  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3988  dihydroorotate dehydrogenase 2  60.23 
 
 
348 aa  396  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.055299  normal  0.021613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2087  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.9 
 
 
342 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1549  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.02 
 
 
336 aa  394  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02339  dihydroorotate dehydrogenase 2  59 
 
 
336 aa  391  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1342  dihydroorotate oxidase A  62.2 
 
 
371 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24640  dihydroorotate dehydrogenase 2  61.61 
 
 
342 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2155  dihydroorotate dehydrogenase 2  63.11 
 
 
358 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1080  Dihydroorotate oxidase  60.77 
 
 
344 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106041  normal  0.333003 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0934  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.66 
 
 
344 aa  388  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003436  dihydroorotate dehydrogenase  58.82 
 
 
336 aa  388  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2174  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.93 
 
 
336 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000792039  normal  0.661729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1912  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.26 
 
 
339 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.103041  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2439  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.96 
 
 
339 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00949  dihydroorotate dehydrogenase  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000020271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2698  Dihydroorotate oxidase  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2651  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000533982  hitchhiker  0.00158114 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2555  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.982288  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2800  dihydroorotate dehydrogenase  57.14 
 
 
336 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.30241  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1109  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000226851  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2432  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.96 
 
 
339 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2552  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.96 
 
 
339 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.050028 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1054  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000778438  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1984  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  385  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2644  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178452  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00956  hypothetical protein  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000162497  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1060  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116654  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2194  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.78 
 
 
339 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2372  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.63 
 
 
336 aa  386  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000164605  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1037  dihydroorotate oxidase  58.81 
 
 
340 aa  387  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.177591  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1099  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000085324  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2592  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.49 
 
 
339 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1646  dihydroorotate dehydrogenase  58.21 
 
 
335 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.353277  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1788  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.04 
 
 
336 aa  384  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0427694  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1284  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.12 
 
 
344 aa  381  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.718117  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1133  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000040512  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2858  dihydroorotate dehydrogenase 2  59.94 
 
 
350 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547026  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1016  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845277  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1681  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.59 
 
 
339 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0429717  normal  0.0725537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1756  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.59 
 
 
339 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.341837  normal  0.144271 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1724  dihydroorotate dehydrogenase 2  64.67 
 
 
351 aa  384  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.59 
 
 
339 aa  382  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287133  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1098  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.16 
 
 
336 aa  383  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.730125  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1120  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00333644  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1167  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.33 
 
 
336 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0101504  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1740  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.86 
 
 
336 aa  379  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0560923  normal  0.0257615 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1730  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.06 
 
 
339 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1101  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.12 
 
 
344 aa  381  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1463  dihydroorotate oxidase  58.75 
 
 
340 aa  379  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0318461 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1677  dihydroorotate dehydrogenase  58.21 
 
 
335 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2061  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.44 
 
 
336 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1457  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.74 
 
 
336 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2138  dihydroorotate dehydrogenase 2  59.76 
 
 
344 aa  375  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1593  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.96 
 
 
339 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000395197  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2455  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.5 
 
 
359 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.17369  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.77 
 
 
350 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1650  dihydroorotate dehydrogenase 2  60 
 
 
351 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2132  dihydroorotate dehydrogenase 2  59.7 
 
 
351 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.968408  normal  0.0597535 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2143  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.49 
 
 
351 aa  370  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2220  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.89 
 
 
339 aa  371  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.78 
 
 
351 aa  371  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1048  dihydroorotate dehydrogenase  57.14 
 
 
377 aa  369  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>