More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0477 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0477  RNAse PH  100 
 
 		 244 aa  491  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1080  ribonuclease PH  74.47 
 
 		 246 aa  374  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  72.77 
 
 		 241 aa  352  4e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  74.58 
 
 		 238 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  74.58 
 
 		 238 aa  351  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2477  ribonuclease PH  72.03 
 
 		 239 aa  349  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.804398  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  72.03 
 
 		 238 aa  348  3e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  71.85 
 
 		 241 aa  346  2e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1339  ribonuclease PH  70.54 
 
 		 243 aa  344  6e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  71.19 
 
 		 238 aa  343  2e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0043  ribonuclease PH  69.92 
 
 		 238 aa  342  4e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  69.01 
 
 		 243 aa  341  8e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  71.19 
 
 		 244 aa  340  9e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  69.01 
 
 		 246 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0518  ribonuclease PH  69.01 
 
 		 246 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  69.01 
 
 		 246 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  67.9 
 
 		 246 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0923  ribonuclease PH  70.76 
 
 		 244 aa  338  2.9999999999999998e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027923 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  67.9 
 
 		 246 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  68.18 
 
 		 246 aa  337  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  67.63 
 
 		 246 aa  337  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  68.18 
 
 		 246 aa  337  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1584  ribonuclease PH  69.96 
 
 		 243 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2403  ribonuclease PH  68.18 
 
 		 246 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2098  ribonuclease PH  69.53 
 
 		 243 aa  334  7e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3017  ribonuclease PH  69.53 
 
 		 243 aa  334  7e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109379  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  69.53 
 
 		 243 aa  334  7e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  69.53 
 
 		 243 aa  334  7e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  69.53 
 
 		 243 aa  334  7e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  69.53 
 
 		 243 aa  334  7e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2951  ribonuclease PH  69.1 
 
 		 243 aa  333  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  68.09 
 
 		 238 aa  332  4e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4325  ribonuclease PH  68.51 
 
 		 243 aa  328  5.0000000000000004e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3579  ribonuclease PH  65.98 
 
 		 253 aa  325  5e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.114203  normal  0.335877 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1629  ribonuclease PH  67.53 
 
 		 243 aa  323  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.230363  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  68.53 
 
 		 241 aa  322  4e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  67.09 
 
 		 239 aa  320  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0066  ribonuclease PH  64.14 
 
 		 238 aa  316  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  67.98 
 
 		 241 aa  313  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4361  ribonuclease PH  65.8 
 
 		 239 aa  312  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  hitchhiker  0.00892611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  65.53 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  65.11 
 
 		 238 aa  306  2.0000000000000002e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  66.96 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  64.76 
 
 		 239 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  66.52 
 
 		 239 aa  304  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  67.97 
 
 		 242 aa  304  7e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  67.97 
 
 		 242 aa  304  7e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0758  ribonuclease PH  66.67 
 
 		 241 aa  301  6.000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0845  ribonuclease PH  66.67 
 
 		 241 aa  301  6.000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0385  ribonuclease PH  63.03 
 
 		 239 aa  301  7.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0971657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  65.64 
 
 		 237 aa  300  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3463  ribonuclease PH  64.5 
 
 		 237 aa  300  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  64.32 
 
 		 237 aa  298  6e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  62.98 
 
 		 238 aa  298  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  63.36 
 
 		 240 aa  297  9e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4024  ribonuclease PH  72.38 
 
 		 243 aa  297  9e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  64.04 
 
 		 240 aa  297  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  63.6 
 
 		 240 aa  297  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2442  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 239 aa  296  2e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.987543  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  62.34 
 
 		 242 aa  295  3e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  64.32 
 
 		 237 aa  295  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  62.45 
 
 		 239 aa  295  7e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  63.6 
 
 		 240 aa  294  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  62.13 
 
 		 243 aa  293  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  63.88 
 
 		 239 aa  293  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  63.88 
 
 		 237 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  63.88 
 
 		 237 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  63.88 
 
 		 237 aa  293  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  63.44 
 
 		 237 aa  292  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  62.28 
 
 		 239 aa  292  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  62.77 
 
 		 243 aa  291  5e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  63.16 
 
 		 240 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  63.44 
 
 		 237 aa  291  6e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  63.16 
 
 		 240 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2365  ribonuclease PH  59.92 
 
 		 239 aa  290  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3479  ribonuclease PH  58.9 
 
 		 239 aa  290  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.36463 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  61.97 
 
 		 238 aa  290  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  63.16 
 
 		 240 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  62.56 
 
 		 237 aa  290  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  60.59 
 
 		 239 aa  289  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15390  ribonuclease PH  58.44 
 
 		 246 aa  289  2e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.547924  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1795  ribonuclease PH  61.6 
 
 		 238 aa  289  3e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0594826  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0010  ribonuclease PH  62.72 
 
 		 239 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000167054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0006  ribonuclease PH  60.78 
 
 		 239 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173681 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1782  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 239 aa  288  5.0000000000000004e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0405  ribonuclease PH  61.28 
 
 		 237 aa  288  7e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0254  ribonuclease PH  62.87 
 
 		 238 aa  287  9e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1994  ribonuclease PH  59.47 
 
 		 235 aa  287  1e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1989  ribonuclease PH  59.47 
 
 		 235 aa  287  1e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  64.76 
 
 		 238 aa  287  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3580  ribonuclease PH  62.5 
 
 		 238 aa  286  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4568  ribonuclease PH  63.88 
 
 		 237 aa  287  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000188043 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2191  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.184109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  61.09 
 
 		 241 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0381  ribonuclease PH  66.03 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0395  ribonuclease PH  66.03 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000781282 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0369  ribonuclease PH  66.03 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0370  ribonuclease PH  66.03 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  63.88 
 
 		 237 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  59.92 
 
 		 238 aa  286  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>