More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0403 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03190  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufB)  82.49 
 
 
394 aa  655    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00381408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03856  protein chain elongation factor EF-Tu (duplicate of tufA)  82.49 
 
 
394 aa  656    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000229508  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0374  translation elongation factor Tu  82.49 
 
 
394 aa  655    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155333  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4015  translation elongation factor Tu  82.49 
 
 
394 aa  656    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000705833  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2859  elongation factor Tu  79.55 
 
 
396 aa  642    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165187  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2871  elongation factor Tu  79.55 
 
 
396 aa  642    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.373737  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0440  elongation factor Tu  77.83 
 
 
397 aa  641    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0580271  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0452  elongation factor Tu  77.83 
 
 
397 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536518  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1059  elongation factor Tu  85.1 
 
 
396 aa  703    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0877336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2374  elongation factor Tu  85.1 
 
 
396 aa  703    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3021  elongation factor Tu  86.62 
 
 
396 aa  712    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.000000542381  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3041  elongation factor Tu  86.62 
 
 
396 aa  712    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0080343  normal  0.096278 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3186  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000468547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3171  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000406645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0199  elongation factor Tu  81.57 
 
 
394 aa  648    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000563397  hitchhiker  0.000127621 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0217  elongation factor Tu  80.46 
 
 
394 aa  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0229  elongation factor Tu  80.2 
 
 
394 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0624  translation elongation factor Tu  78.99 
 
 
397 aa  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000430921  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2634  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000354854  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2649  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000546153  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0380  elongation factor Tu  84.34 
 
 
396 aa  676    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0392  elongation factor Tu  84.34 
 
 
396 aa  676    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0355  elongation factor Tu  84.6 
 
 
396 aa  677    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0367  elongation factor Tu  84.6 
 
 
396 aa  677    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4550  elongation factor Tu  78.99 
 
 
397 aa  658    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0141185  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0305  elongation factor Tu  88.38 
 
 
396 aa  707    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.58276e-16  normal  0.0546751 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0317  elongation factor Tu  88.38 
 
 
396 aa  707    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.28692e-16  hitchhiker  0.000217605 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3182  elongation factor Tu  88.07 
 
 
396 aa  718    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00127613  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3196  elongation factor Tu  88.07 
 
 
396 aa  718    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0526973  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0391  elongation factor Tu  100 
 
 
396 aa  802    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.578399  decreased coverage  0.00326089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0403  elongation factor Tu  100 
 
 
396 aa  802    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000926456  normal  0.170531 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1362  elongation factor Tu  78.54 
 
 
396 aa  654    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.641297 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3778  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3794  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000750152  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2326  elongation factor Tu  81.31 
 
 
396 aa  682    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000632593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2338  elongation factor Tu  81.31 
 
 
396 aa  682    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000797106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5081  elongation factor Tu  78.34 
 
 
397 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406478  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5093  elongation factor Tu  78.34 
 
 
397 aa  645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000584025  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1707  elongation factor Tu  76.4 
 
 
391 aa  635    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.901691  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1714  elongation factor Tu  76.4 
 
 
391 aa  635    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3432  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000234353  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3445  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000180875  normal  0.0858427 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0281  elongation factor Tu  82.49 
 
 
396 aa  645    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000467767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0293  elongation factor Tu  82.49 
 
 
396 aa  645    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000243398  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0752  elongation factor Tu  89.39 
 
 
396 aa  735    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.993523  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0765  elongation factor Tu  89.39 
 
 
396 aa  735    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0667226  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0756  elongation factor Tu  77.16 
 
 
391 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.097757  normal  0.469461 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4538  elongation factor Tu  87.56 
 
 
396 aa  679    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000878057  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3070  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000360276  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3084  elongation factor Tu  87.88 
 
 
396 aa  717    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000577807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1584  elongation factor Tu  78.68 
 
 
396 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1947  elongation factor Tu  78.68 
 
 
396 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2266  elongation factor Tu  79.04 
 
 
396 aa  658    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2293  elongation factor Tu  79.04 
 
 
396 aa  658    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0336  elongation factor Tu  87.56 
 
 
396 aa  679    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0999082  decreased coverage  0.000417386 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3599  elongation factor Tu  86.04 
 
 
396 aa  700    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0100711  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3797  elongation factor Tu  85.79 
 
 
396 aa  699    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000312567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0929  elongation factor Tu  76.79 
 
 
407 aa  648    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000367222  hitchhiker  0.00313256 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0931  elongation factor Tu  76.79 
 
 
407 aa  648    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000100695  hitchhiker  0.00709672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3450  elongation factor Tu  78.54 
 
 
396 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.939477 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0265  elongation factor Tu  89.65 
 
 
396 aa  733    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000271632  hitchhiker  0.00214055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0277  elongation factor Tu  89.39 
 
 
396 aa  733    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000015281  unclonable  0.000000133625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0254  elongation factor Tu  87.06 
 
 
396 aa  706    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000130058  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4449  elongation factor Tu  87.06 
 
 
396 aa  706    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000257017  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0299  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  715    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000130927  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0312  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  715    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000663244  normal  0.0566649 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2183  translation elongation factor Tu  83.08 
 
 
396 aa  691    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.557033  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3186  elongation factor Tu  78.79 
 
 
396 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3204  elongation factor Tu  78.79 
 
 
396 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1543  elongation factor Tu  78.79 
 
 
396 aa  655    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3324  elongation factor Tu  87.82 
 
 
396 aa  717    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3341  elongation factor Tu  87.82 
 
 
396 aa  717    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0495  elongation factor Tu  78.79 
 
 
394 aa  662    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2761  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14554  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2774  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000183999  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0734  elongation factor Tu  77.16 
 
 
391 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.481957  normal  0.0967794 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2257  elongation factor Tu  87.06 
 
 
396 aa  673    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1262  elongation factor Tu  87.06 
 
 
396 aa  673    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.084043  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0195  elongation factor Tu  81.73 
 
 
394 aa  647    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000854566  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1644  elongation factor Tu  81.73 
 
 
394 aa  647    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.416574  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0185  elongation factor Tu  80.71 
 
 
394 aa  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000201579  hitchhiker  0.00891044 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0197  elongation factor Tu  80.2 
 
 
394 aa  651    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553237  unclonable  0.0000000000241033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0180  elongation factor Tu  80.71 
 
 
394 aa  672    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000449049  hitchhiker  0.00322221 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0192  elongation factor Tu  80.46 
 
 
394 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059163  decreased coverage  0.000414976 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0444  elongation factor Tu  83.59 
 
 
396 aa  670    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0557163  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0456  elongation factor Tu  83.59 
 
 
396 aa  670    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3647  elongation factor Tu  86.55 
 
 
396 aa  705    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0201  elongation factor Tu  86.55 
 
 
396 aa  705    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.590081  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0276  elongation factor Tu  87.82 
 
 
396 aa  682    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000219388  decreased coverage  0.00000000221899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0211  elongation factor Tu  81.57 
 
 
394 aa  648    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000453651  unclonable  0.00000937964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0252  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000268752  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0265  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0194583  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08680  elongation factor Tu  80.86 
 
 
397 aa  677    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000467002  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08830  elongation factor Tu  80.86 
 
 
397 aa  677    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0517061  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0333  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000426715  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0346  elongation factor Tu  87.37 
 
 
396 aa  716    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0260269  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0185  elongation factor Tu  80.46 
 
 
394 aa  669    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000202802  normal  0.069078 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0197  elongation factor Tu  80.46 
 
 
394 aa  669    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000214684  hitchhiker  0.0000000334083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3904  elongation factor Tu  88.07 
 
 
396 aa  683    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.806817 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0665  elongation factor Tu  81.31 
 
 
396 aa  649    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.835908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>