More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0394 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0394  50S ribosomal protein L11  100 
 
 		 143 aa  285  1e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.904146  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0264  50S ribosomal protein L11  90.21 
 
 		 143 aa  267  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0928671  normal  0.597405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0255  50S ribosomal protein L11  90.21 
 
 		 143 aa  267  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3435  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  266  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0613372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0315  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  266  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000167318  normal  0.214276 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2771  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  266  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305976  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0336  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  266  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0811079  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0237  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  266  8e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.0118731 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3465  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108139  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2645  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0183792  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3790  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00415541  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1910  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000051235  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3080  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0268541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3758  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00142247  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3182  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000133089  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3820  50S ribosomal protein L11  89.51 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2852  50S ribosomal protein L11  88.11 
 
 		 143 aa  261  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.393005  normal  0.399654 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3455  50S ribosomal protein L11P  88.81 
 
 		 143 aa  261  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175537  normal  0.270352 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0268  50S ribosomal protein L11P  87.41 
 
 		 143 aa  259  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00815832  hitchhiker  0.0013988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0302  50S ribosomal protein L11  87.41 
 
 		 143 aa  259  8e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0441199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3349  ribosomal protein L11  88.11 
 
 		 143 aa  258  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.533999  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3656  50S ribosomal protein L11  86.71 
 
 		 143 aa  258  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00490061  hitchhiker  0.000000708999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0308  50S ribosomal protein L11  86.71 
 
 		 143 aa  256  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00601669  normal  0.0251359 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0584  50S ribosomal protein L11  88.11 
 
 		 143 aa  256  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0042  50S ribosomal protein L11  86.01 
 
 		 143 aa  256  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000150349  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0038  50S ribosomal protein L11  85.92 
 
 		 143 aa  254  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000123599  hitchhiker  0.0000000000171978 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2971  50S ribosomal protein L11  84.62 
 
 		 143 aa  253  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.621539 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3318  50S ribosomal protein L11  84.62 
 
 		 143 aa  253  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586189  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3038  50S ribosomal protein L11  84.62 
 
 		 143 aa  253  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0450649 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4446  50S ribosomal protein L11  86.01 
 
 		 144 aa  253  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.258046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0506  50S ribosomal protein L11  86.01 
 
 		 143 aa  251  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.783549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3338  50S ribosomal protein L11  84.62 
 
 		 143 aa  251  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3193  50S ribosomal protein L11  84.62 
 
 		 143 aa  251  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.177211  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3644  50S ribosomal protein L11  85.31 
 
 		 144 aa  251  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.416555 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3901  50S ribosomal protein L11  83.92 
 
 		 143 aa  245  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3250  50S ribosomal protein L11  83.92 
 
 		 143 aa  245  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4535  50S ribosomal protein L11  83.22 
 
 		 143 aa  243  6e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.438276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3596  ribosomal protein L11  81.82 
 
 		 143 aa  243  6.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.374228  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3871  ribosomal protein L11  82.52 
 
 		 143 aa  243  8e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0755  50S ribosomal protein L11  84.51 
 
 		 143 aa  243  8e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2180  ribosomal protein L11  80.42 
 
 		 143 aa  242  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2260  50S ribosomal protein L11  82.52 
 
 		 143 aa  242  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.44071  normal  0.728931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0708  50S ribosomal protein L11  81.12 
 
 		 143 aa  240  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0465712  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1062  ribosomal protein L11  80.42 
 
 		 143 aa  239  6e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0402568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2335  50S ribosomal protein L11  76.92 
 
 		 143 aa  233  9e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.345629  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0745  50S ribosomal protein L11  76.06 
 
 		 142 aa  232  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00286512  normal  0.949117 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3920  50S ribosomal protein L11  76.22 
 
 		 143 aa  228  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.848211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0447  50S ribosomal protein L11P  75.52 
 
 		 143 aa  226  6e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0826  50S ribosomal protein L11  74.13 
 
 		 143 aa  224  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0222387  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06120  50S ribosomal protein L11  73.43 
 
 		 143 aa  224  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08720  50S ribosomal protein L11  74.13 
 
 		 143 aa  224  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.444282  hitchhiker  0.00204472 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2335  50S ribosomal protein L11  71.33 
 
 		 143 aa  224  4e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00025621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0410  50S ribosomal protein L11  74.83 
 
 		 143 aa  223  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0119247  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5090  50S ribosomal protein L11  74.13 
 
 		 143 aa  223  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000105007  normal  0.538153 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2040  50S ribosomal protein L11  76.92 
 
 		 143 aa  221  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000854354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0869  ribosomal protein L11  76.22 
 
 		 143 aa  221  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0920  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  221  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000795353  hitchhiker  0.00000174139 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2200  50S ribosomal protein L11  71.83 
 
 		 169 aa  220  4.9999999999999996e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723697  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0615  ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  219  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.956774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4559  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  219  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275981  normal  0.0500923 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0443  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273232  unclonable  0.00000025949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0473  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.015667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0476  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000067383  normal  0.0123717 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1891  50S ribosomal protein L11  74.83 
 
 		 143 aa  219  9.999999999999999e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.110948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4760  50S ribosomal protein L11  72.73 
 
 		 143 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000974914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0284  ribosomal protein L11  73.94 
 
 		 142 aa  218  1.9999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000710656  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2181  50S ribosomal protein L11  74.83 
 
 		 143 aa  218  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.296163  normal  0.0253858 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2111  50S ribosomal protein L11  71.13 
 
 		 169 aa  218  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000939777  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00692  50S ribosomal protein L11  72.03 
 
 		 148 aa  217  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000124233  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04534  50S ribosomal protein L11  70.42 
 
 		 142 aa  215  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142899  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4287  50S ribosomal protein L11  70.63 
 
 		 144 aa  214  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000848232  hitchhiker  0.000000453889 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0486  50S ribosomal protein L11  72.54 
 
 		 142 aa  213  8e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0527955  hitchhiker  0.00000142246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0315  50S ribosomal protein L11  72.54 
 
 		 142 aa  213  8e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.116049  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4773  50S ribosomal protein L11  70.92 
 
 		 142 aa  209  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0832253  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2726  50S ribosomal protein L11  69.01 
 
 		 142 aa  208  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000093206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0594  ribosomal protein L11  70.42 
 
 		 142 aa  208  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000269533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0312  ribosomal protein L11  69.93 
 
 		 143 aa  207  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000294677  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03859  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000538182  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4012  ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000866586  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4471  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000366824  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4216  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.8656399999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03812  hypothetical protein  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000676745  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4523  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4555  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.011622  hitchhiker  0.000000000000800119 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4042  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000015229  hitchhiker  0.00267408 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4431  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000394212  hitchhiker  0.00000226734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4478  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00436527  hitchhiker  0.00122683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4359  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00156245  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4391  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000058803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5448  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000790923  hitchhiker  0.00174431 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4481  50S ribosomal protein L11  69.5 
 
 		 142 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0148745  decreased coverage  0.00000000000000460315 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002169  LSU ribosomal protein L11p (L12e)  68.31 
 
 		 142 aa  206  6e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000075143  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00229  50S ribosomal protein L11  68.31 
 
 		 142 aa  206  9e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3735  ribosomal protein L11  68.09 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.257354  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0201  50S ribosomal protein L11  68.09 
 
 		 142 aa  206  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0265653  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1866  50S ribosomal protein L11  67.36 
 
 		 145 aa  204  2e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000205229  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0323  50S ribosomal protein L11  68.06 
 
 		 145 aa  205  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00428348  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2870  50S ribosomal protein L11  66.9 
 
 		 142 aa  205  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000138901  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0193  50S ribosomal protein L11  68.09 
 
 		 142 aa  205  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000186819  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3889  ribosomal protein L11  68.09 
 
 		 142 aa  205  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0323173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>