More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0384 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 592 aa  1146    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  45.02 
 
 		 573 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  44.15 
 
 		 562 aa  430  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  42.29 
 
 		 572 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  38.79 
 
 		 635 aa  342  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  41.99 
 
 		 571 aa  335  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  39.06 
 
 		 581 aa  333  6e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  40.36 
 
 		 616 aa  327  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  35.1 
 
 		 613 aa  311  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  36.75 
 
 		 607 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  36.75 
 
 		 607 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  36.75 
 
 		 607 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  37.39 
 
 		 606 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  36.83 
 
 		 606 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  35.68 
 
 		 613 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  36.19 
 
 		 607 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  35.45 
 
 		 613 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  36.56 
 
 		 607 aa  302  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  37.34 
 
 		 590 aa  299  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  35.61 
 
 		 607 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  35.61 
 
 		 607 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  37.71 
 
 		 575 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.93 
 
 		 645 aa  296  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  35.53 
 
 		 642 aa  293  6e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  37.39 
 
 		 645 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.52 
 
 		 574 aa  290  4e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  38.79 
 
 		 587 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  35.11 
 
 		 574 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  34.66 
 
 		 573 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  34.49 
 
 		 573 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  32.99 
 
 		 575 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  33.91 
 
 		 573 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  34.35 
 
 		 575 aa  269  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  34.09 
 
 		 573 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  34.54 
 
 		 556 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  37.2 
 
 		 616 aa  266  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  36.66 
 
 		 520 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  35.94 
 
 		 586 aa  265  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  35.5 
 
 		 595 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  37.83 
 
 		 609 aa  252  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  34.81 
 
 		 620 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  35.79 
 
 		 584 aa  250  6e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  35.04 
 
 		 625 aa  247  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  32.25 
 
 		 585 aa  247  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  35.48 
 
 		 594 aa  240  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  35.67 
 
 		 595 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  35.7 
 
 		 599 aa  233  9e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  34.86 
 
 		 584 aa  233  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  35.51 
 
 		 574 aa  231  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  33.4 
 
 		 591 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.52 
 
 		 582 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  33.46 
 
 		 603 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.46 
 
 		 553 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  25.55 
 
 		 606 aa  178  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 594 aa  178  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.09 
 
 		 564 aa  178  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  34.11 
 
 		 551 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  32.12 
 
 		 619 aa  170  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  46.15 
 
 		 494 aa  158  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.57 
 
 		 574 aa  157  7e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  44.38 
 
 		 495 aa  143  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  38.01 
 
 		 603 aa  127  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  26.03 
 
 		 568 aa  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  40.38 
 
 		 464 aa  123  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  26.33 
 
 		 573 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  33.33 
 
 		 619 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  28.12 
 
 		 621 aa  120  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  28.12 
 
 		 621 aa  120  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.16 
 
 		 566 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 		 621 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 		 566 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  29.28 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  35.04 
 
 		 595 aa  112  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  33.05 
 
 		 632 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  24.21 
 
 		 567 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  31.54 
 
 		 610 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.54 
 
 		 610 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  30.53 
 
 		 562 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  30.4 
 
 		 566 aa  106  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  32.16 
 
 		 572 aa  106  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  31.62 
 
 		 566 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.56 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 607 aa  105  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  26.72 
 
 		 572 aa  104  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  36.47 
 
 		 642 aa  103  7e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.98 
 
 		 557 aa  103  8e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  30.4 
 
 		 579 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2747  TPR repeat-containing protein  32.16 
 
 		 617 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538174  normal  0.232228 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26 
 
 		 572 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  30.8 
 
 		 583 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  28.52 
 
 		 677 aa  100  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  28.8 
 
 		 617 aa  99.8  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  25.38 
 
 		 573 aa  98.2  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  35.33 
 
 		 593 aa  97.8  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>