More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0348 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0348  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  431  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  63.4 
 
 		 232 aa  229  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.89 
 
 		 232 aa  227  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  61.86 
 
 		 232 aa  223  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  59.69 
 
 		 232 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  59.69 
 
 		 232 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  59.69 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  59.69 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  59.69 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  59.69 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  59.69 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  59.69 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  59.69 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  60.2 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  60.2 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  59.69 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  60.2 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  59.18 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  58.42 
 
 		 235 aa  216  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  56.92 
 
 		 226 aa  215  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  59.18 
 
 		 232 aa  215  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 209 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  60.82 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 209 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 209 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  60.31 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.32 
 
 		 234 aa  208  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  60.11 
 
 		 234 aa  208  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.32 
 
 		 234 aa  207  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  55.44 
 
 		 225 aa  207  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.87 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  55.44 
 
 		 225 aa  206  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.87 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  54.36 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  54.36 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.92 
 
 		 225 aa  205  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.36 
 
 		 225 aa  205  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  52.82 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.4 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.4 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.89 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  54.4 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  55.61 
 
 		 230 aa  201  5e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.89 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  53.89 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.37 
 
 		 248 aa  197  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.12 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  53.37 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  53.5 
 
 		 236 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  56.12 
 
 		 234 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3557  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  56.7 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10580  Response regulator  51.02 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  51.27 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  50.77 
 
 		 231 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  50.26 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  49.74 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  50.26 
 
 		 231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  52.82 
 
 		 231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5920  two component transcriptional regulator  52.28 
 
 		 247 aa  181  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  50.26 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1666  two component transcriptional regulator  48.98 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  49.74 
 
 		 230 aa  178  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.75 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 241 aa  174  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  49.24 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0450  two component transcriptional regulator  52.43 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153023  normal  0.103513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  48.22 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.77 
 
 		 240 aa  171  6.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  46.94 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  46.11 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.1 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 235 aa  169  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.55 
 
 		 231 aa  167  7e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1587  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.39 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.7 
 
 		 235 aa  167  9e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.4 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.91 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4253  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 224 aa  164  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  48.58 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  50.56 
 
 		 228 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  44.85 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.19 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3117  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.03 
 
 		 204 aa  162  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000837248  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  48.68 
 
 		 240 aa  162  3e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.44 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  48.19 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  48.19 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  48.19 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.74 
 
 		 229 aa  161  9e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  49.51 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  43.72 
 
 		 244 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  49.44 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  48.72 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  45.83 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>