More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0173 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009727  CBUD_0293  glycine dehydrogenase subunit 2  65.42 
 
 		 491 aa  644    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0348  glycine dehydrogenase subunit 2  68.74 
 
 		 488 aa  655    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0173  glycine dehydrogenase subunit 2  100 
 
 		 483 aa  985    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2547  glycine dehydrogenase subunit 2  69.71 
 
 		 486 aa  675    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0210  glycine dehydrogenase subunit 2  78.12 
 
 		 500 aa  788    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1900  glycine dehydrogenase subunit 2  65.42 
 
 		 491 aa  644    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1716  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  73.75 
 
 		 503 aa  705    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.658933 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1194  glycine dehydrogenase subunit 2  73.33 
 
 		 488 aa  682    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2755  glycine dehydrogenase subunit 2  76.65 
 
 		 496 aa  733    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1561  glycine dehydrogenase subunit 2  66.32 
 
 		 491 aa  640    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0128  glycine dehydrogenase subunit 2  65.55 
 
 		 484 aa  632  1e-180  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0113  glycine dehydrogenase subunit 2  65.55 
 
 		 484 aa  634  1e-180  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2580  glycine dehydrogenase subunit 2  64.46 
 
 		 511 aa  623  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025975  normal  0.0266723 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0982  glycine dehydrogenase subunit 2  61.01 
 
 		 508 aa  553  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1096  glycine dehydrogenase subunit 2  61.01 
 
 		 483 aa  553  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.962704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0216  glycine dehydrogenase subunit 2  56.08 
 
 		 490 aa  508  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2359  glycine dehydrogenase subunit 2  55.28 
 
 		 485 aa  503  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000690583  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0229  glycine dehydrogenase subunit 2  54.09 
 
 		 484 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0974  glycine dehydrogenase subunit 2  51.96 
 
 		 477 aa  494  9.999999999999999e-139  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1942  glycine dehydrogenase subunit 2  54.73 
 
 		 485 aa  489  1e-137  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000124327  hitchhiker  0.000000296653 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1798  glycine dehydrogenase subunit 2  55.79 
 
 		 487 aa  483  1e-135  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1887  glycine dehydrogenase subunit 2  52.81 
 
 		 481 aa  483  1e-135  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1914  glycine dehydrogenase subunit 2  50.62 
 
 		 478 aa  482  1e-135  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.453538  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1658  glycine dehydrogenase subunit 2  53.33 
 
 		 481 aa  480  1e-134  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4036  glycine dehydrogenase subunit 2  53.51 
 
 		 487 aa  476  1e-133  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2871  glycine dehydrogenase subunit 2  54.02 
 
 		 489 aa  476  1e-133  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0723  glycine dehydrogenase subunit 2  53.09 
 
 		 484 aa  472  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0355451  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4303  glycine dehydrogenase subunit 2  51.75 
 
 		 491 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000146938  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4129  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.289534  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3969  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000695556  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3979  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00103268  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4245  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0127  glycine dehydrogenase subunit 2  51.33 
 
 		 508 aa  465  9.999999999999999e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4447  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00139398  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0903  glycine dehydrogenase subunit 2  51.44 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000134487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23410  glycine dehydrogenase subunit 2  51.98 
 
 		 479 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0423957  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1357  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  53 
 
 		 483 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4337  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00444907  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4356  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000339939  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1624  glycine dehydrogenase subunit 2  53 
 
 		 482 aa  463  1e-129  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2913  glycine dehydrogenase subunit 2  51.86 
 
 		 491 aa  465  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000385002  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4080  glycine dehydrogenase subunit 2  50.82 
 
 		 491 aa  462  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000357312  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0710  glycine dehydrogenase subunit 2  50.42 
 
 		 474 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0734  glycine dehydrogenase subunit 2  50.42 
 
 		 474 aa  457  1e-127  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0249  glycine dehydrogenase subunit 2  51.44 
 
 		 491 aa  456  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.494038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1100  glycine dehydrogenase subunit 2  50.52 
 
 		 502 aa  455  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1593  glycine dehydrogenase subunit 2  50.1 
 
 		 490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.243089  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1626  glycine dehydrogenase subunit 2  50.1 
 
 		 490 aa  454  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1541  glycine dehydrogenase subunit 2  50.41 
 
 		 486 aa  454  1.0000000000000001e-126  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.136529  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1351  glycine dehydrogenase subunit 2  51.65 
 
 		 482 aa  445  1.0000000000000001e-124  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.3112 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0179  glycine dehydrogenase subunit 2  50.93 
 
 		 482 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.505753  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2748  glycine dehydrogenase subunit 2  47.84 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2623  glycine dehydrogenase subunit 2  51.14 
 
 		 522 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0163  glycine dehydrogenase subunit 2  50.31 
 
 		 486 aa  444  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.546611  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2496  glycine dehydrogenase subunit 2  52.16 
 
 		 486 aa  444  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2717  glycine dehydrogenase subunit 2  50.93 
 
 		 522 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0336  glycine dehydrogenase subunit 2  52.15 
 
 		 481 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1242  glycine dehydrogenase subunit 2  50.72 
 
 		 492 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1518  glycine dehydrogenase subunit 2  51.87 
 
 		 480 aa  438  1e-121  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2596  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  46.44 
 
 		 491 aa  436  1e-121  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2281  glycine dehydrogenase subunit 2  49.21 
 
 		 518 aa  437  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.900236  hitchhiker  0.00000786383 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1105  glycine dehydrogenase subunit 2  50.1 
 
 		 483 aa  437  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0171  glycine dehydrogenase subunit 2  50.41 
 
 		 487 aa  436  1e-121  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.939374 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2525  glycine dehydrogenase subunit 2  51.13 
 
 		 522 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1522  glycine dehydrogenase subunit 2  49.7 
 
 		 517 aa  435  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.689584  normal  0.0405623 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2002  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  49.79 
 
 		 484 aa  432  1e-120  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1980  glycine dehydrogenase subunit 2  51.32 
 
 		 486 aa  434  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2671  glycine dehydrogenase subunit 2  49.69 
 
 		 481 aa  431  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3152  glycine dehydrogenase subunit 2  50.52 
 
 		 481 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0700  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  50.88 
 
 		 481 aa  431  1e-119  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1579  glycine dehydrogenase subunit 2  48.67 
 
 		 488 aa  430  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0223  glycine dehydrogenase subunit 2  52.27 
 
 		 481 aa  431  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0566189 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0398  glycine dehydrogenase subunit 2  51.05 
 
 		 479 aa  428  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1593  glycine dehydrogenase subunit 2  50.41 
 
 		 478 aa  428  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574541  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1652  glycine dehydrogenase subunit 2  51.35 
 
 		 481 aa  425  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00329218  normal  0.261135 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1691  glycine dehydrogenase subunit 2  51.87 
 
 		 481 aa  424  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0190164  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2458  glycine dehydrogenase subunit 2  48.05 
 
 		 505 aa  424  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0392  glycine dehydrogenase subunit 2  50.31 
 
 		 479 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.607987 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0789  glycine dehydrogenase subunit 2  50.61 
 
 		 482 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0378  glycine dehydrogenase subunit 2  49.39 
 
 		 481 aa  410  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3048  glycine dehydrogenase subunit 2  49.9 
 
 		 504 aa  402  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.932595  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1665  glycine dehydrogenase subunit 2  49.78 
 
 		 496 aa  400  9.999999999999999e-111  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00835735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0691  glycine dehydrogenase subunit 2  51.21 
 
 		 526 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3753  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  50.42 
 
 		 512 aa  397  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0902964 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1898  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  47.65 
 
 		 508 aa  393  1e-108  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1118  glycine dehydrogenase subunit 2  50.11 
 
 		 507 aa  394  1e-108  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3185  glycine dehydrogenase subunit 2  49.54 
 
 		 471 aa  394  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00205794  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2208  glycine dehydrogenase subunit 2  49.46 
 
 		 526 aa  393  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.283964  normal  0.12448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4383  glycine dehydrogenase subunit 2  49.15 
 
 		 527 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2697  glycine dehydrogenase subunit 2  47.76 
 
 		 524 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1896  glycine dehydrogenase subunit 2  49.78 
 
 		 471 aa  386  1e-106  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.273631 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1867  glycine dehydrogenase subunit 2  48.31 
 
 		 517 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.359855  normal  0.134496 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0736  glycine dehydrogenase subunit 2  46.39 
 
 		 518 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.101381 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4144  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  49.56 
 
 		 474 aa  380  1e-104  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.142549  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1853  glycine dehydrogenase subunit 2  47.05 
 
 		 519 aa  375  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0670601  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0396  aminotransferase class V  48.04 
 
 		 499 aa  375  1e-102  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1610  glycine dehydrogenase subunit 2  48.57 
 
 		 476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.731117  normal  0.416595 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7698  glycine dehydrogenase subunit 2  40.98 
 
 		 519 aa  357  2.9999999999999997e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.539443 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1214  glycine dehydrogenase subunit 2  46.22 
 
 		 514 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467458 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2314  Glycine dehydrogenase (decarboxylating)  46.88 
 
 		 507 aa  355  1e-96  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>