57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0167 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0167  glutaredoxin family protein  100 
 
 
130 aa  264  4e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.08495 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0951  glutaredoxin  60.63 
 
 
147 aa  157  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40724  normal  0.0261252 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1032  glutaredoxin  57.48 
 
 
130 aa  150  5.9999999999999996e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.783959  normal  0.67876 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1103  glutaredoxin family protein  50 
 
 
130 aa  148  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000207624  normal  0.596308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2379  glutaredoxin family protein  53.08 
 
 
130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4059  glutaredoxin  50.77 
 
 
130 aa  136  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05393  hypothetical protein  50.83 
 
 
119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2745  glutaredoxin  48.78 
 
 
122 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0841717  normal  0.856746 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0816  putative glutaredoxin  49.58 
 
 
119 aa  126  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001457  glutaredoxin  46.67 
 
 
119 aa  123  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1400  glutaredoxin  47.15 
 
 
123 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.111122  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3889  glutaredoxin  47.15 
 
 
123 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.280842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1430  glutaredoxin  46.34 
 
 
123 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11658  normal  0.297548 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1822  glutaredoxin  46.34 
 
 
123 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0545572  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42020  hypothetical protein  45.97 
 
 
123 aa  117  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3567  hypothetical protein  45.16 
 
 
123 aa  117  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2410  glutaredoxin  42.74 
 
 
123 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2487  glutaredoxin  45.76 
 
 
118 aa  110  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0780124  normal  0.16751 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2579  glutaredoxin  46.15 
 
 
118 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.201508 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2417  glutaredoxin  45.76 
 
 
118 aa  110  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.656384  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1594  glutaredoxin  47.01 
 
 
118 aa  110  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1562  glutaredoxin  46.15 
 
 
118 aa  110  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1899  glutaredoxin  41.94 
 
 
123 aa  110  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.508072 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1688  glutaredoxin  46.15 
 
 
118 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1673  glutaredoxin  45.69 
 
 
118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2797  hypothetical protein  44.92 
 
 
118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1710  glutaredoxin  45.3 
 
 
118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.382993  normal  0.506968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2669  glutaredoxin  45.69 
 
 
118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0368347  normal  0.0510929 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2005  glutaredoxin  46.61 
 
 
118 aa  108  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.916013  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1540  ATP-dependent helicase HrpB  44.83 
 
 
121 aa  108  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1598  glutaredoxin  40.17 
 
 
118 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.328495  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1714  hypothetical protein  44.35 
 
 
123 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1830  glutaredoxin  44.44 
 
 
118 aa  106  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0383849  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2758  glutaredoxin  43.59 
 
 
118 aa  104  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.334545  normal  0.0243575 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3634  hypothetical protein  41.53 
 
 
124 aa  104  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.466049  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2034  hypothetical protein  45.08 
 
 
125 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144107  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3628  glutaredoxin  41.88 
 
 
118 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3222  glutaredoxin  50.52 
 
 
115 aa  98.2  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1844  hypothetical protein  42.98 
 
 
121 aa  94  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.322707 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1501  glutaredoxin  41.03 
 
 
118 aa  94  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.676522  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0827  putative glutaredoxin  53.42 
 
 
89 aa  88.2  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0213  glutaredoxin  43.53 
 
 
118 aa  66.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.989623  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5304  glutaredoxin  43.33 
 
 
148 aa  57  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11170  glutaredoxin  37.18 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0976  glutaredoxin  36.59 
 
 
105 aa  56.2  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1175  glutaredoxin  32.5 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29383  predicted protein  36.14 
 
 
309 aa  52  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.066564  normal  0.454968 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07400  glutaredoxin-like protein  44.3 
 
 
82 aa  51.2  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12420  glutaredoxin-like protein  41.18 
 
 
82 aa  50.8  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1950  glutaredoxin  43.24 
 
 
80 aa  50.4  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000181605  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2195  glutathione S-transferase domain-containing protein  34.07 
 
 
284 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1084  glutaredoxin  32.53 
 
 
103 aa  47.8  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1387  glutaredoxin  35.29 
 
 
77 aa  47.8  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.252635  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1787  glutaredoxin  33.73 
 
 
84 aa  45.8  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.75758  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2423  glutaredoxin  28.75 
 
 
85 aa  44.7  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0847  glutaredoxin  31.33 
 
 
84 aa  42  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.352603  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2107  glutaredoxin  30.49 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.367569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>