88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0038 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0038  hypothetical protein  100 
 
 
37 aa  78.2  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.201612 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0037  transcription termination factor Rho  80 
 
 
419 aa  58.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.245355 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  70.59 
 
 
419 aa  51.2  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  65.71 
 
 
419 aa  50.8  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0949  transcription termination factor Rho  78.57 
 
 
420 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.545356 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  64.71 
 
 
418 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  64.71 
 
 
418 aa  48.9  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2210  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1126  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.722702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1855  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2217  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0809447  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1365  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0123945  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2375  transcription termination factor Rho  81.48 
 
 
420 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1187  transcription termination factor Rho  71.43 
 
 
420 aa  47.4  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.481707 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2118  transcription termination factor Rho  71.43 
 
 
420 aa  47.4  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  60 
 
 
419 aa  47.4  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5130  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923516  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 
420 aa  46.6  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1123  transcription termination factor Rho  71.43 
 
 
420 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.117933  normal  0.145069 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
421 aa  47  0.0001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1829  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156095  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1767  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548344  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  61.76 
 
 
418 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1444  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.440911  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6250  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156064  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 
420 aa  46.6  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  84 
 
 
420 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1031  transcription termination factor Rho  71.43 
 
 
420 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0464905  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  76 
 
 
484 aa  45.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
447 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  65.62 
 
 
421 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
506 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
422 aa  46.2  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2806  transcription termination factor Rho  60 
 
 
420 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
418 aa  45.4  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1824  transcription termination factor Rho  71.43 
 
 
422 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.025276  normal  0.0977479 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 
419 aa  45.4  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  45.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2363  transcription termination factor Rho  71.43 
 
 
422 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016195  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
436 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 
419 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
429 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
428 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 
419 aa  44.7  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 
421 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2135  transcription termination factor Rho  67.86 
 
 
420 aa  44.3  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0173843  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
434 aa  44.3  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
436 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 
421 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
436 aa  43.9  0.0008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  43.9  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 
421 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
447 aa  43.9  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03719  transcription termination factor Rho  58.82 
 
 
629 aa  43.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
422 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1282  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 
430 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0183251  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
422 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
422 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
422 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2863  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
423 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799607  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  42.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0198  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 
402 aa  42  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3676  transcription termination factor Rho  58.82 
 
 
583 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.939305 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3453  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 
423 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 
421 aa  41.6  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0309  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 
419 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  59.38 
 
 
421 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  50 
 
 
418 aa  41.2  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  50 
 
 
419 aa  40.4  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 
418 aa  40.4  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
419 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5019  transcription termination factor Rho  53.12 
 
 
473 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000339489  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2899  transcription termination factor Rho  68 
 
 
420 aa  40.4  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.321036  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2158  transcription termination factor Rho  52.94 
 
 
564 aa  40  0.01  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.156319  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>