267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0035 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_R0029  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122456  normal  0.962051 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0033  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.548624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.566627 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0053  tRNA-Gly  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0029  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.649765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0023  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0047  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.722029  normal  0.0798457 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4296  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514839  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4344  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0932654  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0017  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6044  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0049  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.203565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0839  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.343418  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0015  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0016  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0070  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1789  tRNA-Gly  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.212776  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0054  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.82132  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1978  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2245  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0028  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.433481  normal  0.466553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0044  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0739  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.158339  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2331  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0152091  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2253  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.986427  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0031  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000029648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0046  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.098729  normal  0.38061 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1545  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2165  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0891  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  92.45 
 
 		 777 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.101452  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1730  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.873105  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1755  tRNA-Gly  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0050  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00165947  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0044  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00255441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0072  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0073  tRNA-Gly  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.611784  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1033  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.573646  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  88.33 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2170  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.105241  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0031  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0043  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0622835 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0037  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0254902  normal  0.171485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0031  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0675454  normal  0.168417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0020  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000165408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0028  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000313605  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0025  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0017  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000592681  hitchhiker  0.00000010486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0069  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.494624  hitchhiker  0.00109102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0028  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.706726  normal  0.167752 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0855  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>