99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3873 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3873  mannonate dehydratase  100 
 
 		 389 aa  799    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.432429 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3675  mannonate dehydratase  55.87 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4920  mannonate dehydratase  55.61 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4548  mannonate dehydratase  55.61 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4849  mannonate dehydratase  55.61 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.908596 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04191  mannonate dehydratase  55.87 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5828  mannonate dehydratase  55.61 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04153  hypothetical protein  55.87 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3742  mannonate dehydratase  55.24 
 
 		 389 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.179437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4792  mannonate dehydratase  54.83 
 
 		 394 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3387  mannonate dehydratase  54.57 
 
 		 394 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.20257 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3480  mannonate dehydratase  54.57 
 
 		 394 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3307  mannonate dehydratase  54.83 
 
 		 394 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.041841  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3317  mannonate dehydratase  54.83 
 
 		 394 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0151391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3381  mannonate dehydratase  54.83 
 
 		 394 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.151265  normal  0.591924 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2767  mannonate dehydratase  54.73 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0275489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1501  mannonate dehydratase  55.03 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3238  mannonate dehydratase  56.66 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0975  mannonate dehydratase  54.48 
 
 		 396 aa  437  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.271202  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2778  mannonate dehydratase  53.79 
 
 		 397 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1509  mannonate dehydratase  53.79 
 
 		 397 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4191  mannonate dehydratase  54.01 
 
 		 394 aa  431  1e-120  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.549185  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2699  mannonate dehydratase  53.79 
 
 		 397 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0987  mannonate dehydratase  55.35 
 
 		 398 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3323  mannonate dehydratase  55.09 
 
 		 398 aa  430  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1596  mannonate dehydratase  52.74 
 
 		 394 aa  427  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.011047  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4112  mannonate dehydratase  53.79 
 
 		 394 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2980  mannonate dehydratase  56.02 
 
 		 391 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100646  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2778  mannonate dehydratase  53.52 
 
 		 391 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.492601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4123  mannonate dehydratase  53.91 
 
 		 395 aa  416  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1059  mannonate dehydratase  52.16 
 
 		 399 aa  417  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6196  mannonate dehydratase  51.82 
 
 		 393 aa  415  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34220  D-mannonate dehydratase  54.57 
 
 		 392 aa  409  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1314  mannonate dehydratase  51.56 
 
 		 398 aa  403  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0136  mannonate dehydratase  49.61 
 
 		 394 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0645545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4095  mannonate dehydratase  49.62 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.780136  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1273  mannonate dehydratase  47.46 
 
 		 397 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00133457  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4306  mannonate dehydratase  50.13 
 
 		 401 aa  394  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.555799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0977  mannonate dehydratase  51.9 
 
 		 398 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0397618  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2262  mannonate dehydratase  48.15 
 
 		 391 aa  385  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.192874 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3648  mannonate dehydratase  48.87 
 
 		 399 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63309  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4498  mannonate dehydratase  49.49 
 
 		 404 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0165988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1891  mannonate dehydratase  47.62 
 
 		 395 aa  379  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2123  mannonate hydrolase  49.75 
 
 		 398 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0406  mannonate dehydratase  50.13 
 
 		 404 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0773  mannonate dehydratase  49.25 
 
 		 406 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0669875  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2429  mannonate dehydratase  48.99 
 
 		 406 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.328404  normal  0.0532217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3897  mannonate dehydratase  47.57 
 
 		 397 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.472347  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3684  mannonate dehydratase  48.08 
 
 		 402 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.110179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4843  mannonate dehydratase  47.62 
 
 		 925 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0781213  hitchhiker  0.00115783 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6490  mannonate dehydratase  47.95 
 
 		 395 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0814  mannonate dehydratase  48.72 
 
 		 401 aa  361  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0764  mannonate dehydratase  48.72 
 
 		 401 aa  360  3e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5061  mannonate dehydratase  48.47 
 
 		 402 aa  358  9.999999999999999e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.586896 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1858  mannonate dehydratase  49.61 
 
 		 393 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0429612  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6000  mannonate dehydratase  47.44 
 
 		 395 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1995  mannonate dehydratase  44.27 
 
 		 387 aa  341  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4047  mannonate dehydratase  39.22 
 
 		 345 aa  276  6e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0856  mannonate dehydratase  37.5 
 
 		 363 aa  263  3e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1358  mannonate dehydratase  38.87 
 
 		 352 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0361193 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3876  mannonate dehydratase  38.82 
 
 		 351 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.854128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4493  mannonate dehydratase  38.82 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5811  mannonate dehydratase  38.82 
 
 		 351 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.791972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4154  mannonate dehydratase  38.56 
 
 		 350 aa  259  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.650866  normal  0.674436 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5748  mannonate dehydratase  38.3 
 
 		 352 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.118484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0947  mannonate dehydratase  38.7 
 
 		 348 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1674  mannonate dehydratase  35.71 
 
 		 348 aa  249  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0878  mannonate dehydratase  37.95 
 
 		 360 aa  249  4e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0855  mannonate dehydratase  37.95 
 
 		 360 aa  249  4e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0430  mannonate dehydratase  37.66 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.174722 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1306  mannonate dehydratase  35.28 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0140  mannonate dehydratase  36.83 
 
 		 360 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2289  mannonate dehydratase  38.9 
 
 		 351 aa  239  9e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0702  mannonate dehydratase  36.18 
 
 		 348 aa  235  8e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1745  mannonate dehydratase  36.98 
 
 		 354 aa  235  1.0000000000000001e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2699  mannonate dehydratase  35.31 
 
 		 371 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1601  mannonate dehydratase  33.59 
 
 		 356 aa  223  4e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.475603  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1061  mannonate dehydratase  36.25 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2038  mannonate dehydratase  33.25 
 
 		 355 aa  215  9.999999999999999e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2667  mannonate dehydratase  35.68 
 
 		 373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0595  Mannonate dehydratase  28.16 
 
 		 373 aa  140  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858512  normal  0.118058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3895  Mannonate dehydratase  28.76 
 
 		 370 aa  137  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.616803 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4207  Mannonate dehydratase  29.17 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.99596  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4672  Mannonate dehydratase  41.48 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2239  Mannonate dehydratase  28.41 
 
 		 317 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.314413 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0869  Mannonate dehydratase  25.96 
 
 		 314 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3719  Mannonate dehydratase  26.59 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.320611  normal  0.458256 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1821  mannonate dehydratase  32.95 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.640781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2506  Mannonate dehydratase  35.84 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.636671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1160  mannonate dehydratase  32.08 
 
 		 342 aa  99.4  9e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5616  mannonate dehydratase  38.66 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.68726  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4342  mannonate dehydratase  34.75 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4519  D-mannonate dehydratase  26.99 
 
 		 331 aa  69.3  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310044  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1690  Mannonate dehydratase  34.06 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.24599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1876  Mannonate dehydratase  34.06 
 
 		 324 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463874  normal  0.188716 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4211  Mannonate dehydratase  32.98 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.653585  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3907  Mannonate dehydratase  31.75 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00606211  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1408  Mannonate dehydratase  34.62 
 
 		 375 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0118662  normal  0.71543 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1069  Mannonate dehydratase  32.05 
 
 		 375 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>