More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3716 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3716  hypothetical protein  100 
 
 		 314 aa  629  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.102831 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3510  hypothetical protein  72.01 
 
 		 314 aa  383  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.00000000651854  decreased coverage  0.0000592213 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3187  hypothetical protein  49.31 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4197  hypothetical protein  29.23 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504073  normal  0.975042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2441  hypothetical protein  30.54 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.204703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6086  hypothetical protein  27.61 
 
 		 338 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.859457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  28.78 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  28.78 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5205  extra-cytoplasmic solute receptor  25.75 
 
 		 330 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375676  normal  0.234222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  29.89 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  29.89 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  30.69 
 
 		 356 aa  96.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2221  hypothetical protein  28.72 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  32.03 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3532  hypothetical protein  28 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  26.54 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  28.31 
 
 		 333 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3832  extra-cytoplasmic solute receptor  27.03 
 
 		 322 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4218  hypothetical protein  28.84 
 
 		 317 aa  92.4  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4073  extra-cytoplasmic solute receptor  26.35 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000509768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  28.14 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3265  hypothetical protein  27.92 
 
 		 323 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2123  hypothetical protein  28.29 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.176092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1931  hypothetical protein  27.85 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03750  extra-cytoplasmic solute receptor, Bug family  26.71 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.549978  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1128  putative tricarboxylate transporter, periplasmic ligand binding protein (TctC subunit))  28.57 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3438  hypothetical protein  28.4 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0699421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  26.33 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0835  hypothetical protein  28.87 
 
 		 351 aa  89.4  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal  0.0225936 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1712  hypothetical protein  26.46 
 
 		 325 aa  89  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.407863  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  24.76 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1657  hypothetical protein  25.46 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.129303  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5298  hypothetical protein  24.59 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5356  extra-cytoplasmic solute receptor  27.24 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.018742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  29.18 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1438  hypothetical protein  30.86 
 
 		 330 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0990  twin-arginine translocation pathway signal  28.42 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.242855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3678  hypothetical protein  30.2 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1253  hypothetical protein  29.02 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2777  hypothetical protein  27.56 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.89737  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1958  hypothetical protein  27.36 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.654771  normal  0.486973 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4494  hypothetical protein  25.82 
 
 		 330 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125803 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  25.48 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  27.86 
 
 		 325 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6283  hypothetical protein  28.13 
 
 		 321 aa  86.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120039  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5060  hypothetical protein  27.27 
 
 		 331 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  26.53 
 
 		 330 aa  86.3  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4947  extra-cytoplasmic solute receptor  27.1 
 
 		 327 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1164  hypothetical protein  27.68 
 
 		 332 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1755  hypothetical protein  27.19 
 
 		 325 aa  86.3  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.191519  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0201  hypothetical protein  28.41 
 
 		 335 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3056  hypothetical protein  28.52 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176831  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0284  hypothetical protein  28.43 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0498  hypothetical protein  25.69 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0709  hypothetical protein  25.32 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1898  hypothetical protein  29.81 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.931279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1696  hypothetical protein  27.3 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.910733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0880  hypothetical protein  25.59 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.824369  normal  0.406505 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0826  hypothetical protein  25 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  26.3 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0994  hypothetical protein  27.04 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0298  hypothetical protein  27.74 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3716  hypothetical protein  29.03 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.128099  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4142  hypothetical protein  26.37 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.627286  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0623  hypothetical protein  24.69 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1257  hypothetical protein  25.96 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7860  hypothetical protein  25.73 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1078  hypothetical protein  27.04 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.058258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4644  hypothetical protein  27.2 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.206487  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1953  hypothetical protein  27.37 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4969  extra-cytoplasmic solute receptor  26.17 
 
 		 364 aa  83.2  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332662  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0434  hypothetical protein  25.25 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000234827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1992  hypothetical protein  29.34 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3901  hypothetical protein  29.7 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1792  hypothetical protein  29.34 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3568  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0291  hypothetical protein  29.19 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1395  hypothetical protein  29.46 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.107231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2596  hypothetical protein  27.65 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523201  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3011  twin-arginine translocation pathway signal  26.17 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.219906  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4413  hypothetical protein  26.47 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112259  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4354  hypothetical protein  28.62 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110423  normal  0.165755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2092  twin-arginine translocation pathway signal  27.13 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.061194  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3122  hypothetical protein  26.69 
 
 		 343 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00641753  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3894  hypothetical protein  27.54 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0107663  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5105  hypothetical protein  29.35 
 
 		 329 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1368  hypothetical protein  27.8 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.391308  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3496  hypothetical protein  27.01 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.192421 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1672  hypothetical protein  26.75 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0669762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3558  hypothetical protein  25.19 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3163  hypothetical protein  26.4 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000218374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  27.14 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1429  hypothetical protein  30.15 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  26.94 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  27.78 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2588  hypothetical protein  28.12 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507235  hitchhiker  0.00568903 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  27.14 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3801  extra-cytoplasmic solute receptor  26.22 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.828068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3798  hypothetical protein  28.33 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.366926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1383  hypothetical protein  25.53 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>