43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3546 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3546  BRO-like  100 
 
 		 191 aa  393  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301745  normal  0.324893 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3552  BRO-like  100 
 
 		 191 aa  393  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.815124  normal  0.1258 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1644  BRO domain-containing protein  31.34 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0834656  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1083  BRO family protein  32.82 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100944  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2513  BRO, N-terminal  32.85 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0512852  normal  0.446294 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1367  prophage antirepressor  26.39 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.0000000214644  unclonable  1.53039e-25 
 
 
-
 
NC_004310  BR0258  BRO family protein  32.06 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0789  BRO, N-terminal  31.2 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000825833 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0278  BRO family protein  32.06 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000343854  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0797  BRO, N-terminal  32.71 
 
 		 111 aa  58.9  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.651064  hitchhiker  0.00000114436 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1804  prophage antirepressor  26.74 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0898  prophage antirepressor  30.97 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.798648  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2795  prophage antirepressor-like  30.97 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.441436  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0524  prophage antirepressor  31.39 
 
 		 259 aa  54.3  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1741  prophage antirepressor-like  29.49 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.729676  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0554  prophage antirepressor  29.81 
 
 		 269 aa  53.5  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.239939  hitchhiker  0.000124341 
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3150  prophage antirepressor  27.13 
 
 		 206 aa  52.8  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1322  prophage antirepressor  26.42 
 
 		 236 aa  51.6  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000035001  n/a   
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5813  prophage antirepressor  25.81 
 
 		 256 aa  51.6  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1867  prophage antirepressor  30 
 
 		 272 aa  50.4  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000186522  normal  0.142835 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1616  hypothetical protein  31.96 
 
 		 151 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0345712  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0803  prophage antirepressor  27.62 
 
 		 257 aa  50.1  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000145423  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1877  prophage LambdaSa2, antirepressor protein, putative  24.74 
 
 		 236 aa  49.7  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0256664  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3254  prophage antirepressor  30.47 
 
 		 270 aa  49.3  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000711854  decreased coverage  0.00000000000000707487 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3791  prophage antirepressor  29.81 
 
 		 283 aa  48.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3740  prophage antirepressor  29.81 
 
 		 283 aa  48.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1181  prophage antirepressor  30.1 
 
 		 188 aa  48.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000354678  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4013  BRO domain-containing protein  30.69 
 
 		 284 aa  47.8  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1740  BRO-like protein  26.05 
 
 		 254 aa  47.4  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000880579  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1235  prophage antirepressor  29.13 
 
 		 263 aa  47.4  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000298657  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1161  hypothetical protein  31.91 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330342  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1649  BRO-like protein  25.98 
 
 		 265 aa  47  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000543299  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1398  prophage antirepressor  26.05 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.178309  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1874  prophage antirepressor  25.21 
 
 		 299 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000268327  normal  0.0527213 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3521  BRO, N-terminal  27.27 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000239324  decreased coverage  0.000343043 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1000  BRO family protein  35.29 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.173667  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3440  prophage antirepressor  26.8 
 
 		 285 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000105678  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1165  prophage antirepressor  26.67 
 
 		 149 aa  43.5  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2642  hypothetical protein  30.68 
 
 		 252 aa  43.1  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.226633  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2402  prophage antirepressor  23.53 
 
 		 230 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2133  phage antirepressor protein  27.88 
 
 		 244 aa  42  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2135  phage-encoded protein  24.72 
 
 		 260 aa  41.6  0.007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000332219  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1555  antirepressor protein  24.09 
 
 		 292 aa  41.2  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0345805  hitchhiker  0.000277946 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>