45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3526 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3526  succinate dehydrogenase subunit D  100 
 
 		 123 aa  241  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2866  hypothetical protein  52.85 
 
 		 123 aa  133  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0810  succinate dehydrogenase subunit D  46.34 
 
 		 123 aa  112  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0568  putative succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  41.46 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0825505 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0975  succinate dehydrogenase subunit D  42.28 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0087  hypothetical protein  42.28 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.5065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2635  putative succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  42.28 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2958  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor  32.54 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0363094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3245  succinate dehydrogenase subunit D  32.52 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3691  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  31.5 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3979  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  31.45 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.705456  normal  0.476216 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4277  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  35 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.692368  normal  0.965438 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2847  succinate dehydrogenase subunit D  37.8 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3601  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  35 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3893  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  35 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1831  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  32.23 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.405977  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1903  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein, putative  32.23 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0952  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor  33.06 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.676521  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4136  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor  29.84 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1333  succinate dehydrogenase subunit D  30.95 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934114 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1966  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor  35.04 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.192092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2750  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  30.83 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6039  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  29.17 
 
 		 137 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0685536 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0089  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  31.2 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0326  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.06 
 
 		 140 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7245  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  29.31 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396127  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3617  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.41 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0610127  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0217  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  27.35 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.294581  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3564  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  31.9 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2108  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  31.09 
 
 		 140 aa  51.6  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1549  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein, putative  30.77 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.591464  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0071  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.35 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0045  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.03 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1745  succinate dehydrogenase subunit D  28.33 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.287201  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0480  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.91 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.74591 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2799  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28.7 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3031  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  33.33 
 
 		 134 aa  44.7  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3020  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.87 
 
 		 127 aa  44.3  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0343  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  34.92 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0458  succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein  29.9 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.152846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1203  succinate dehydrogenase subunit D  30.19 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.767553  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1434  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor  28.32 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0379  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit  34.13 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1311  succinate dehydrogenase subunit D  29.06 
 
 		 129 aa  40.4  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0693068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0229  succinate dehydrogenase subunit D  28.21 
 
 		 124 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0481798  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>