99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3492 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_3830  Beta-galactosidase  62.76 
 
 		 632 aa  821    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.247674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3492  Beta-galactosidase  100 
 
 		 635 aa  1300    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1239  beta-galactosidase  60.54 
 
 		 635 aa  777    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.527812  normal  0.0426112 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2015  Beta-galactosidase  49.53 
 
 		 657 aa  626  1e-178  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000219156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2811  Beta-galactosidase  52.5 
 
 		 646 aa  623  1e-177  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.206861 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1938  Beta-galactosidase  51.13 
 
 		 664 aa  620  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.949653  normal  0.422519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3245  Beta-galactosidase  51.72 
 
 		 673 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2394  Beta-galactosidase  51.95 
 
 		 645 aa  605  9.999999999999999e-173  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1623  Beta-galactosidase  46.93 
 
 		 649 aa  607  9.999999999999999e-173  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.015305  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1557  Beta-galactosidase  46.93 
 
 		 649 aa  607  9.999999999999999e-173  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.127402  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5742  beta-galactosidase  50.24 
 
 		 642 aa  604  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585873  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4585  Beta-galactosidase  49.05 
 
 		 660 aa  587  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2352  Beta-galactosidase  47.8 
 
 		 660 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0870691  normal  0.136979 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4931  Beta-galactosidase  48.9 
 
 		 663 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5486  Beta-galactosidase  48.53 
 
 		 663 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761989  hitchhiker  0.000330975 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5657  Beta-galactosidase  47.53 
 
 		 664 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00663858  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5202  Beta-galactosidase  47.53 
 
 		 664 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.856038  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4578  Beta-galactosidase  46.68 
 
 		 664 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144299 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3197  Beta-galactosidase  47.2 
 
 		 661 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271106  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6327  Beta-galactosidase  48.73 
 
 		 656 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6027  Beta-galactosidase  48.1 
 
 		 656 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal  0.994275 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3288  Beta-galactosidase  46.6 
 
 		 656 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4877  Beta-galactosidase  46.6 
 
 		 656 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713772  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3892  Beta-galactosidase  39.09 
 
 		 669 aa  447  1.0000000000000001e-124  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.113241  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2868  Glycoside hydrolase family 42 domain protein  41.18 
 
 		 700 aa  443  1e-123  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2829  Beta-galactosidase  46.26 
 
 		 714 aa  432  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130721  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2144  Beta-galactosidase  36.71 
 
 		 652 aa  429  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.267505  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3638  Beta-galactosidase  36.65 
 
 		 644 aa  343  5.999999999999999e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0419  Beta-galactosidase  30.49 
 
 		 609 aa  318  2e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0901  Beta-galactosidase  32.58 
 
 		 685 aa  317  5e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.240206 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3022  Beta-galactosidase  37.95 
 
 		 653 aa  303  6.000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2173  Beta-galactosidase  31.9 
 
 		 660 aa  296  8e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0412  Beta-galactosidase  32.77 
 
 		 662 aa  290  5.0000000000000004e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.322295 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0530  Beta-galactosidase  33.82 
 
 		 672 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2516  Beta-galactosidase  35.8 
 
 		 670 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0051  Beta-galactosidase  34.63 
 
 		 663 aa  282  2e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2028  Beta-galactosidase  33.91 
 
 		 697 aa  281  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.119513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7700  Beta-galactosidase  31.2 
 
 		 667 aa  278  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0520455  normal  0.819106 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4676  Beta-galactosidase  32.77 
 
 		 680 aa  278  3e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0617  Beta-galactosidase  31.4 
 
 		 677 aa  276  7e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1927  Beta-galactosidase  28.14 
 
 		 679 aa  273  9e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000283864  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4935  Beta-galactosidase  31.73 
 
 		 639 aa  271  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0997823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3325  Beta-galactosidase  34.18 
 
 		 671 aa  266  8e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0011475  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10120  beta-galactosidase  32.23 
 
 		 697 aa  263  6.999999999999999e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0838655 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2151  Beta-galactosidase  32.57 
 
 		 685 aa  262  2e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.355264  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06640  beta-galactosidase  33.55 
 
 		 701 aa  261  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.639566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03990  beta-galactosidase  31.94 
 
 		 685 aa  260  4e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03930  beta-galactosidase  32.01 
 
 		 682 aa  258  2e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2736  Beta-galactosidase  30.82 
 
 		 657 aa  258  3e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.174628  normal  0.346028 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1764  Beta-galactosidase  35.33 
 
 		 686 aa  257  5e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00394177  normal  0.0245324 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3970  Beta-galactosidase  29.98 
 
 		 678 aa  257  5e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115571  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1976  Beta-galactosidase  31.18 
 
 		 679 aa  253  5.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.344903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0973  Beta-galactosidase  32.58 
 
 		 686 aa  251  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815982  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0918  beta-galactosidase  32.58 
 
 		 686 aa  251  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.995798  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2209  Beta-galactosidase  33.44 
 
 		 711 aa  250  4e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114104 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0378  Beta-galactosidase  30.49 
 
 		 687 aa  250  5e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.946155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3125  Beta-galactosidase  31.01 
 
 		 671 aa  249  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0401597 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06550  beta-galactosidase  30.3 
 
 		 687 aa  249  1e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.753424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2323  Beta-galactosidase  34.33 
 
 		 710 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1280  Beta-galactosidase  32.99 
 
 		 685 aa  248  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00156008  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5560  Beta-galactosidase  31.62 
 
 		 667 aa  246  6.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.3655 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3298  Beta-galactosidase  36.4 
 
 		 681 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.452192  decreased coverage  0.00169341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1287  Beta-galactosidase  32.16 
 
 		 701 aa  244  3e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.686384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0926  beta-galactosidase  28.8 
 
 		 691 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0833623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2648  Beta-galactosidase  34.68 
 
 		 710 aa  243  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2962  Beta-galactosidase  30.44 
 
 		 685 aa  243  9e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000633248  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2397  Beta-galactosidase  31.25 
 
 		 690 aa  243  1e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.421729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2642  Beta-galactosidase  27.72 
 
 		 669 aa  239  9e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33200  beta-galactosidase  30.05 
 
 		 686 aa  239  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3322  Beta-galactosidase  31.64 
 
 		 706 aa  238  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.511587  normal  0.0501254 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3076  Beta-galactosidase  34.1 
 
 		 682 aa  237  5.0000000000000005e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.345923  normal  0.884247 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0607  Beta-galactosidase  26.83 
 
 		 672 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00254825  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0621  Beta-galactosidase  26.83 
 
 		 672 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.627864  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1317  Beta-galactosidase  29.58 
 
 		 686 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00129022  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1316  Beta-galactosidase  31.86 
 
 		 678 aa  234  3e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2995  Beta-galactosidase  31.52 
 
 		 677 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1193  Beta-galactosidase  31.66 
 
 		 684 aa  234  5e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377483  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1615  beta-galactosidase  31.27 
 
 		 663 aa  233  9e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0289359  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1005  beta-galactosidase  31.29 
 
 		 710 aa  228  2e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.504738  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2891  Beta-galactosidase  29.94 
 
 		 688 aa  228  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0224405  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0311  Beta-galactosidase  29.46 
 
 		 711 aa  228  3e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0181132  normal  0.0282735 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0829  Beta-galactosidase  28.6 
 
 		 687 aa  227  6e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000309351  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0505  Beta-galactosidase  23.95 
 
 		 683 aa  226  9e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000103563  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17050  beta-galactosidase  30.51 
 
 		 686 aa  223  6e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.172156  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0160  beta-galactosidase  29.4 
 
 		 689 aa  221  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0156  beta-galactosidase  29.19 
 
 		 689 aa  220  7.999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1085  Beta-galactosidase  27.14 
 
 		 672 aa  214  2.9999999999999995e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2451  Glycoside hydrolase family 42 domain protein  27.12 
 
 		 686 aa  212  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.987943  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1064  Beta-galactosidase  27.63 
 
 		 683 aa  211  5e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.113261  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2631  Beta-galactosidase  25.9 
 
 		 701 aa  185  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.214804 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34520  beta-galactosidase  27.01 
 
 		 693 aa  177  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.313325  normal  0.443852 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1831  Beta-galactosidase  24.86 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2635  Beta-galactosidase  26.61 
 
 		 669 aa  157  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11630  beta-galactosidase  25.37 
 
 		 699 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.162289  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0845  Beta-galactosidase  23.43 
 
 		 674 aa  138  3.0000000000000003e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0080  glycoside hydrolase family 42 protein  24.34 
 
 		 715 aa  109  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0820956 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5076  Glycoside hydrolase family 42 domain protein  25.45 
 
 		 713 aa  100  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.946735  normal  0.386552 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3380  Glycoside hydrolase family 42 domain protein  24.66 
 
 		 699 aa  80.1  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3268  Beta-xylosidase-like protein  30.11 
 
 		 444 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.309548  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>