More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3473 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3202  uracil permease  79.87 
 
 
474 aa  741    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324856  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2606  uracil-xanthine permease  82.03 
 
 
478 aa  775    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.03048  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3473  uracil-xanthine permease  100 
 
 
479 aa  935    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.179383  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1667  xanthine permease  39.2 
 
 
450 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2003  uracil-xanthine permease  42.45 
 
 
466 aa  307  2.0000000000000002e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3928  xanthine permease  41.99 
 
 
461 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.570861  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0426  uracil-xanthine permease  38.79 
 
 
458 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3109  uracil-xanthine permease  40.34 
 
 
470 aa  296  4e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.74503  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0161  xanthine permease  41.33 
 
 
451 aa  287  2e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1425  xanthine permease  38.01 
 
 
449 aa  281  2e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000466476  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1668  uracil-xanthine permease  36.8 
 
 
465 aa  273  6e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2645  uracil-xanthine permease  35.04 
 
 
460 aa  268  2e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0384  xanthine permease  36.34 
 
 
452 aa  264  3e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001868  xanthine/uracil permease family protein  36.84 
 
 
462 aa  262  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0385  uracil-xanthine permease  36.34 
 
 
452 aa  262  1e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1426  Xanthine/uracil/vitamin C permease  32.75 
 
 
459 aa  260  4e-68  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000668836  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2284  xanthine/uracil permease family protein  36.58 
 
 
466 aa  259  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2522  xanthine permease  36.78 
 
 
449 aa  258  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140814  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1498  xanthine/uracil/vitamin C permease  36.64 
 
 
427 aa  256  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000560897  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1726  uracil-xanthine permease  34.55 
 
 
452 aa  249  6e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2762  uracil-xanthine permease  36.59 
 
 
500 aa  247  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.648328  normal  0.727682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3698  uracil-xanthine permease  35.39 
 
 
458 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3953  uracil-xanthine permease  35.06 
 
 
462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0883  uracil-xanthine permease  34.84 
 
 
468 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244227  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1913  uracil-xanthine permease  34.32 
 
 
468 aa  242  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00677424  normal  0.0587093 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2223  uracil-xanthine permease  34.04 
 
 
486 aa  242  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9529  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00623  hypothetical protein  35.75 
 
 
463 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4150  uracil-xanthine permease  36.18 
 
 
462 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1592  xanthine permease  35.76 
 
 
438 aa  239  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2436  xanthine/uracil permease  34.56 
 
 
482 aa  239  9e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120352  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0234  uracil-xanthine permease  33.91 
 
 
487 aa  237  3e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.72868  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0538  purine/xanthine transport protein  33.78 
 
 
453 aa  236  5.0000000000000005e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4214  uracil-xanthine permease  35.51 
 
 
462 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02070  putative transporter  35.53 
 
 
468 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.450253 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0629  Xanthine/uracil permease  34.31 
 
 
454 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0040794  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0073  uracil-xanthine permease  33.93 
 
 
464 aa  234  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.134664  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0676  xanthine/uracil permease family protein  33.83 
 
 
465 aa  233  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4873  uracil-xanthine permease  34.41 
 
 
466 aa  232  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.952171  normal  0.0111954 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4182  uracil-xanthine permease  34.41 
 
 
472 aa  232  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0034  xanthine permease  34.41 
 
 
461 aa  232  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.830973  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3954  uracil-xanthine permease  34.16 
 
 
463 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4027  uracil-xanthine permease  34.16 
 
 
463 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4497  uracil-xanthine permease  35.06 
 
 
462 aa  231  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1785  uracil-xanthine permease  36.3 
 
 
484 aa  231  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4133  uracil-xanthine permease  34.16 
 
 
463 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.297531  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3964  uracil-xanthine permease  34.16 
 
 
463 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0039  xanthine permease  34.58 
 
 
461 aa  230  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4073  uracil-xanthine permease  34.16 
 
 
463 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.853642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0772  xanthine/uracil permease family protein  35.01 
 
 
465 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2478  uracil-xanthine permease  35.88 
 
 
431 aa  230  4e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000102506  decreased coverage  0.00126456 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2840  uracil-xanthine permease  35.97 
 
 
458 aa  230  5e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2599  uracil-xanthine permease  36.53 
 
 
459 aa  229  8e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.765117  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2967  xanthine permease  34.12 
 
 
462 aa  229  9e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2573  xanthine/uracil permease  34.55 
 
 
488 aa  229  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0249  xanthine permease  36.79 
 
 
487 aa  229  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3015  xanthine/uracil permease family protein  33.33 
 
 
466 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2224  putative transporter  35.19 
 
 
509 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0810  uracil-xanthine permease  33.33 
 
 
466 aa  227  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3208  xanthine/uracil permease family protein  33.33 
 
 
466 aa  227  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3042  xanthine/uracil permease family protein  33.33 
 
 
466 aa  227  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0826  uracil-xanthine permease  33.33 
 
 
466 aa  227  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4172  xanthine/uracil permease family protein  33.33 
 
 
466 aa  227  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1871  xanthine/uracil permease  36.18 
 
 
506 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168569  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3408  uracil-xanthine permease  34.37 
 
 
462 aa  226  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.604039  normal  0.0616677 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3915  xanthine permease  34.37 
 
 
462 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.53056 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02715  predicted transporter  33.12 
 
 
466 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0795  xanthine permease  35.21 
 
 
505 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868998  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1007  xanthine/uracil permease family protein subfamily  34.37 
 
 
462 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02677  hypothetical protein  33.12 
 
 
466 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92624  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1892  xanthine/uracil permease family protein  34.27 
 
 
462 aa  224  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0349  xanthine/uracil permease family protein  34.27 
 
 
462 aa  224  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1066  xanthine/uracil permease family protein  34.27 
 
 
462 aa  224  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.175912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0801  xanthine/uracil permease family protein  34.27 
 
 
462 aa  224  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1222  xanthine permease  34.27 
 
 
462 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.622756  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1231  xanthine permease  34.27 
 
 
462 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1376  xanthine/uracil permease family protein  35.03 
 
 
509 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.108395  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0261  xanthine permease  35.31 
 
 
825 aa  223  8e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1935  xanthine permease  33.81 
 
 
469 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39014  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1670  xanthine permease  36.22 
 
 
460 aa  222  9.999999999999999e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2526  xanthine permease  36.11 
 
 
458 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4643  xanthine/uracil permease family protein  35.85 
 
 
505 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.422723 
 
 
-
 
NC_002950  PG2148  xanthine/uracil permease family protein  34.41 
 
 
445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2258  xanthine permease  34.99 
 
 
469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2653  uracil-xanthine permease  36.11 
 
 
458 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.139978  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0691  xanthine permease  35.53 
 
 
458 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298309  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4105  xanthine permease  33.71 
 
 
463 aa  221  3e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03512  predicted transporter  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.508451  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0051  uracil-xanthine permease  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5027  xanthine permease  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3865  xanthine permease  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03464  hypothetical protein  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.514946  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4158  xanthine permease  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0057  uracil-xanthine permease  33.71 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0676705 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0266  xanthine permease  34.52 
 
 
489 aa  220  5e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2088  xanthine/uracil transporter  33.91 
 
 
462 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.365471  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3725  uracil-xanthine permease  36.3 
 
 
445 aa  220  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4505  uracil-xanthine permease  35.85 
 
 
505 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.552965  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1738  xanthine permease  34.83 
 
 
440 aa  219  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00633397  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1491  uracil-xanthine permease  34.75 
 
 
440 aa  218  1e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.994687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1340  xanthine permease  34.81 
 
 
466 aa  219  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000141627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>