More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3462 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1541  putative amidohydrolase 3  61.02 
 
 		 648 aa  735    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.260198  normal  0.229672 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3462  amidohydrolase 3  100 
 
 		 650 aa  1313    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0420  amidohydrolase-like  50.88 
 
 		 581 aa  571  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4036  amidohydrolase 3  51.62 
 
 		 601 aa  572  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0100  hypothetical protein  52.56 
 
 		 604 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004324  metal-dependent hydrolase  50.18 
 
 		 581 aa  545  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1885  Amidohydrolase 3  47.11 
 
 		 587 aa  523  1e-147  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.5166  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2075  putative lipoprotein  47.06 
 
 		 585 aa  509  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.860152  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1124  amidohydrolase 3  41.83 
 
 		 625 aa  391  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70056  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2185  Amidohydrolase 3  32.84 
 
 		 563 aa  316  8e-85  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0760  amidohydrolase 3  35.05 
 
 		 592 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3458  hypothetical protein  32.88 
 
 		 601 aa  241  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55725  normal  0.0698709 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0578  amidohydrolase 3  31.51 
 
 		 545 aa  241  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0005  twin-arginine translocation pathway signal  32.59 
 
 		 584 aa  232  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0803  Amidohydrolase 3  29.93 
 
 		 564 aa  230  6e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.379476 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3353  amidohydrolase 3  32.41 
 
 		 583 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742336  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10562  hypothetical protein  32.24 
 
 		 537 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.036236 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0597  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  29.65 
 
 		 575 aa  206  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0742  amidohydrolase 3  31.32 
 
 		 536 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838024  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0736  amidohydrolase 3  31.32 
 
 		 536 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0656369  normal  0.367651 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0756  amidohydrolase 3  31.32 
 
 		 536 aa  204  3e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.398429  normal  0.248868 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0635  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  29.47 
 
 		 575 aa  203  6e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3171  amidohydrolase 3  26.35 
 
 		 539 aa  192  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3417  Amidohydrolase 3  31.63 
 
 		 545 aa  190  5.999999999999999e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.151731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7493  amidohydrolase family  32.05 
 
 		 564 aa  189  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0605616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3250  amidohydrolase 3  31.41 
 
 		 542 aa  187  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383305  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5168  amidohydrolase 3  31.53 
 
 		 541 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.54245 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3333  amidohydrolase 3  31.64 
 
 		 538 aa  184  3e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.827227 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7627  amidohydrolase-like  29.53 
 
 		 555 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137819 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3788  amidohydrolase 3  29.82 
 
 		 543 aa  184  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4287  amidohydrolase 3  31.63 
 
 		 544 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.275898  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3053  amidohydrolase family  26.91 
 
 		 574 aa  182  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2637  Amidohydrolase 3  27.55 
 
 		 533 aa  181  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2609  amidohydrolase 3  31.27 
 
 		 548 aa  180  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.506547 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4766  amidohydrolase 3  30.04 
 
 		 545 aa  178  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5757  amidohydrolase:amidohydrolase-like  30.63 
 
 		 547 aa  177  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6052  amidohydrolase 3  30.05 
 
 		 555 aa  177  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.863749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6181  putative amidohydrolase  31.58 
 
 		 542 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0743865  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4035  Amidohydrolase 3  30.55 
 
 		 556 aa  175  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.787006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0108  Amidohydrolase 3  30.63 
 
 		 547 aa  176  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.134206  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2366  Amidohydrolase 3  31.07 
 
 		 553 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.662277  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3443  amidohydrolase 3  28.7 
 
 		 556 aa  174  5e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.6586 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0426  Amidohydrolase 3  28.52 
 
 		 539 aa  174  6.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0505  amidohydrolase  28.26 
 
 		 543 aa  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.122193  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4359  Amidohydrolase 3  27.39 
 
 		 552 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.747715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5666  amidohydrolase 3  28.84 
 
 		 554 aa  171  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498872  normal  0.0259745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4740  amidohydrolase 3  28.4 
 
 		 589 aa  167  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.185447 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4295  amidohydrolase 3  28.57 
 
 		 557 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1985  amidohydrolase 3  28.41 
 
 		 554 aa  166  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1013  Amidohydrolase 3  30.86 
 
 		 548 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.668342  normal  0.733638 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1040  amidohydrolase 3  31.48 
 
 		 590 aa  166  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.80433  normal  0.260287 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09378  Predicted metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  26.44 
 
 		 540 aa  164  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2426  amidohydrolase 3  29.21 
 
 		 549 aa  164  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0987019 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0134  amidohydrolase-like  29.68 
 
 		 547 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0927  amidohydrolase 3  28.48 
 
 		 582 aa  160  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1934  Amidohydrolase 3  26.87 
 
 		 557 aa  159  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3052  amidohydrolase 3  28.8 
 
 		 546 aa  158  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.35545  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1491  Amidohydrolase 3  30.82 
 
 		 537 aa  158  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0764832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1859  amidohydrolase 3  27.78 
 
 		 549 aa  156  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0480  Amidohydrolase 3  27.8 
 
 		 544 aa  156  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000298357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1793  hypothetical protein  30.16 
 
 		 539 aa  155  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3404  Amidohydrolase 3  31.21 
 
 		 586 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000897209  hitchhiker  0.00001315 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3832  amidohydrolase 3  29.39 
 
 		 556 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.988411 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2427  amidohydrolase 3  28.7 
 
 		 543 aa  152  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0799616  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1950  amidohydrolase 3  29.29 
 
 		 530 aa  151  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2289  amidohydrolase 3  29.14 
 
 		 579 aa  150  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0970  Amidohydrolase 3  27.93 
 
 		 616 aa  150  7e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.31521  hitchhiker  0.000183819 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0032  Amidohydrolase 3  25.82 
 
 		 527 aa  149  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2586  amidohydrolase 3  28.49 
 
 		 537 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0687512  normal  0.83708 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2000  twin-arginine translocation pathway signal  25.94 
 
 		 638 aa  147  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3234  Amidohydrolase 3  27.47 
 
 		 543 aa  146  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.926046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4281  Amidohydrolase 3  27.88 
 
 		 601 aa  146  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240414  normal  0.834979 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34970  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  29.43 
 
 		 541 aa  145  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134464  normal  0.645084 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1290  Amidohydrolase 3  28.4 
 
 		 603 aa  144  5e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0346185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0834  amidohydrolase 3  28.1 
 
 		 555 aa  144  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2078  hypothetical protein  24.45 
 
 		 576 aa  143  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1097  amidohydrolase  28.76 
 
 		 568 aa  143  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4125  amidohydrolase 3  29.17 
 
 		 544 aa  141  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.101406  normal  0.239825 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1904  Amidohydrolase 3  24.04 
 
 		 520 aa  140  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1321  Amidohydrolase 3  28.06 
 
 		 532 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000608926 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1362  Amidohydrolase 3  27.35 
 
 		 569 aa  137  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3346  amidohydrolase family  25.66 
 
 		 568 aa  136  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0333  Amidohydrolase 3  25.36 
 
 		 526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4594  putative secreted protein  27.84 
 
 		 522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2765  amidohydrolase  30.27 
 
 		 543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1018  amidohydrolase-like  29.03 
 
 		 541 aa  135  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.121748 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1068  Amidohydrolase 3  27.27 
 
 		 563 aa  135  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185986 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1441  amidohydrolase 3  26.97 
 
 		 583 aa  135  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.822576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1028  amidohydrolase 3  27.78 
 
 		 565 aa  134  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.868104  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2329  Amidohydrolase 3  28.24 
 
 		 530 aa  133  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.108595 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3513  Amidohydrolase 3  25.51 
 
 		 608 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3204  amidohydrolase 3  25.25 
 
 		 580 aa  131  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0492365  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3759  amidohydrolase 3  28.52 
 
 		 529 aa  132  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0535  Amidohydrolase 3  28.82 
 
 		 539 aa  130  6e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1668  Amidohydrolase 3  27.88 
 
 		 660 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2245  amidohydrolase 3  24.79 
 
 		 596 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.320188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7010  amidohydrolase 3  28.19 
 
 		 629 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816572 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2836  amidohydrolase 3  24.39 
 
 		 597 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214714 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1988  amidohydrolase 3  28.81 
 
 		 535 aa  128  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.118371  normal  0.562077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4051  amidohydrolase 3  27.6 
 
 		 620 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>