More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3390 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3390  aldo/keto reductase  100 
 
 
322 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.404506 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3226  pyridoxal 4-dehydrogenase  52.47 
 
 
339 aa  319  5e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0159  Pyridoxal 4-dehydrogenase  49.54 
 
 
339 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00969615  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0153  Pyridoxal 4-dehydrogenase  49.85 
 
 
339 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408044  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0846  aldo/keto reductase  42.95 
 
 
339 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559318  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2433  aldo/keto reductase  44.16 
 
 
329 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6915  Pyridoxal 4-dehydrogenase  44.98 
 
 
346 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0866383  normal  0.474905 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1251  pyridoxal 4-dehydrogenase  41.67 
 
 
323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4297  pyridoxal 4-dehydrogenase  41.74 
 
 
346 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.962411 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2111  aldo/keto reductase  41.25 
 
 
340 aa  240  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.550176  normal  0.711591 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1225  aldo/keto reductase  41.61 
 
 
338 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.244441  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2959  putative aldo/keto reductase family protein  44 
 
 
346 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5474  Pyridoxal 4-dehydrogenase  40.71 
 
 
323 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146746  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1995  aldo/keto reductase  43.24 
 
 
341 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0351  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  42.91 
 
 
354 aa  235  9e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0945  pyridoxal 4-dehydrogenase  42.57 
 
 
341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6342  pyridoxal 4-dehydrogenase  41.29 
 
 
339 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0173988  normal  0.700637 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2190  putative aldo/keto oxidoreductase  39.81 
 
 
338 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.496704  hitchhiker  0.00616653 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6327  pyridoxal 4-dehydrogenase  39.29 
 
 
338 aa  228  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8210  oxidoreductase  43.55 
 
 
314 aa  225  9e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6096  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  39.76 
 
 
343 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.221329  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5131  oxidoreductase  41.56 
 
 
334 aa  221  9e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03262  oxidoreductase  40 
 
 
348 aa  216  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4190  Pyridoxal 4-dehydrogenase  38.64 
 
 
338 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0161773 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0762  Pyridoxal 4-dehydrogenase  39.1 
 
 
321 aa  213  1.9999999999999998e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0357  pyridoxal 4-dehydrogenase  39.33 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2212  aldo/keto reductase  41.22 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6471  aldo/keto reductase  42.58 
 
 
338 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217137  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6706  aldo/keto reductase  42.58 
 
 
338 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.167828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1823  putative aldo/keto reductase  38.73 
 
 
328 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6312  pyridoxal 4-dehydrogenase  42.26 
 
 
338 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.222603 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4948  aldo/keto reductase  39.69 
 
 
326 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0576267  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3523  aldo/keto reductase  41.37 
 
 
340 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.292973  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1461  Pyridoxal 4-dehydrogenase  41.91 
 
 
313 aa  206  4e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.386468  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00660  predicted oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein  38.71 
 
 
373 aa  205  8e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4072  Pyridoxal 4-dehydrogenase  40.31 
 
 
334 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.354561 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1187  aldo/keto reductase  38.41 
 
 
333 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.274889 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1547  pyridoxal 4-dehydrogenase  41.2 
 
 
348 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.977746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0396  aldo/keto reductase  45.77 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.625327  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1596  aldo/keto reductase  40.58 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.828633  normal  0.769261 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0238  aldo/keto reductase  39.42 
 
 
334 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05370  predicted oxidoreductase, aryl-alcohol dehydrogenase like protein  40.06 
 
 
328 aa  196  5.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6554  pyridoxal 4-dehydrogenase  39.12 
 
 
339 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.712011 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1609  aldo/keto reductase  36.76 
 
 
334 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2031  pyridoxal 4-dehydrogenase  36.8 
 
 
336 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4195  Pyridoxal 4-dehydrogenase  38.61 
 
 
345 aa  192  8e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0851417 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4755  aldo/keto reductase  38.33 
 
 
334 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.856524  normal  0.741595 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5300  pyridoxal 4-dehydrogenase  38.33 
 
 
334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.180992 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5706  aldo/keto reductase  38.17 
 
 
339 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6070  aldo/keto reductase  38.17 
 
 
339 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.734568  normal  0.816383 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3429  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  37.37 
 
 
336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3210  aldo/keto reductase family oxidoreductase  37.37 
 
 
336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.581444  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3188  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  37.37 
 
 
336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3463  aldo/keto reductase family oxidoreductase  37.37 
 
 
336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.580843  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4717  aldo/keto reductase family oxidoreductase  36.96 
 
 
336 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5079  aldo/keto reductase family oxidoreductase  36.96 
 
 
336 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1060  pyridoxal 4-dehydrogenase  36.51 
 
 
337 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3116  D-threo-aldose 1-dehydrogenase  37.04 
 
 
336 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674953  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3441  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  37.04 
 
 
336 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0369  aldo/keto reductase  38.13 
 
 
332 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.811379  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33900  Aldo/Keto reductase with a Twin-arginine translocation pathway signal  34.7 
 
 
378 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5096  aldo/keto reductase  32.89 
 
 
308 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00292864  normal  0.179601 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3075  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  34.39 
 
 
350 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1289  Pyridoxal 4-dehydrogenase  33.55 
 
 
395 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.911185  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0799  aldo/keto reductase  32.03 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.601126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3152  pyridoxal 4-dehydrogenase  36.14 
 
 
299 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3006  aldo/keto reductase  28.97 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.314963  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4422  aldo/keto reductase  30.7 
 
 
323 aa  122  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000370601  normal  0.543562 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31498  predicted protein  29.97 
 
 
356 aa  122  8e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.532767  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1422  aldo/keto reductase  26.79 
 
 
317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3434  pyridoxal 4-dehydrogenase  29.75 
 
 
323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0581734 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1922  aldo/keto reductase  26.85 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0272  aldo/keto reductase  27.62 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1416  aldo/keto reductase  29.11 
 
 
309 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1644  aldo/keto reductase  28.04 
 
 
323 aa  104  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.539861  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3459  aldo/keto reductase  29.07 
 
 
325 aa  104  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.221025 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2224  aldo/keto reductase  27.96 
 
 
326 aa  102  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2264  aldo/keto reductase  27.64 
 
 
306 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2804  aldo/keto reductase  28.24 
 
 
315 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0361  aldo/keto reductase  28.34 
 
 
306 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3304  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  27.27 
 
 
311 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00236042 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1866  aldo/keto reductase  27.27 
 
 
311 aa  96.3  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2141  aldo/keto reductase  27.58 
 
 
326 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02650  aldo/keto reductase  28.2 
 
 
317 aa  94  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2005  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  25.71 
 
 
311 aa  92.8  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2080  aldo/keto reductase family oxidoreductase  26.96 
 
 
311 aa  92  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0058504  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1815  aldo/keto reductase family oxidoreductase  26.33 
 
 
311 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.809952  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01740  predicted oxidoreductase  28.62 
 
 
326 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01728  hypothetical protein  28.62 
 
 
326 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0244  aldo/keto reductase family oxidoreductase  28.01 
 
 
312 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2116  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  25.67 
 
 
311 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.638189  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1871  aldo/keto reductase  28.62 
 
 
326 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0202934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2495  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  29.57 
 
 
326 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1995  aldo/keto reductase family oxidoreductase  28.62 
 
 
326 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1855  aldo/keto reductase family oxidoreductase  29.57 
 
 
326 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0511443  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03950  aldo/keto reductase  26.14 
 
 
312 aa  90.1  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.168395  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3927  aldo/keto reductase  27.04 
 
 
304 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.185405  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2056  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  28.92 
 
 
327 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0299722 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1831  aldo/keto reductase family oxidoreductase  26.02 
 
 
311 aa  88.2  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0869  putative oxidoreductase  24.64 
 
 
325 aa  87.8  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>