More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3319 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3319  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  100 
 
 
326 aa  663    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0205242  normal  0.450742 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4715  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  66.78 
 
 
322 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  decreased coverage  0.00914415 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.81 
 
 
349 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.890437  normal  0.0946211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5943  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.9 
 
 
328 aa  349  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0088  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.51 
 
 
331 aa  312  5.999999999999999e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3295  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.35 
 
 
323 aa  308  5.9999999999999995e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.245111  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1941  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50 
 
 
323 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0800788  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1871  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.17 
 
 
323 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0450  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50.17 
 
 
323 aa  305  7e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.431349  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3954  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.87 
 
 
335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.599308  normal  0.261189 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1744  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.32 
 
 
323 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4882  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  46.91 
 
 
322 aa  296  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0524  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  42.05 
 
 
323 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3118  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  40.27 
 
 
326 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000342277 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2293  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  41.04 
 
 
338 aa  236  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.528549 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1747  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  39.43 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2443  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.16 
 
 
323 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0545  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  39.6 
 
 
346 aa  218  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513841  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3996  trap transporter solute receptor  35.38 
 
 
328 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3871  trap transporter solute receptor, dctp family  35.38 
 
 
328 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3951  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  35.38 
 
 
328 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.725737 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4058  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  35.38 
 
 
328 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.677544  normal  0.748274 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3887  trap transporter solute receptor, dctp family  35.38 
 
 
328 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.96 
 
 
336 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4429  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.28 
 
 
338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0887499  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2458  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.66 
 
 
336 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000179067 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1558  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.25 
 
 
334 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102042  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2952  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.03 
 
 
341 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.74 
 
 
334 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  35.53 
 
 
328 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5721  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.17 
 
 
337 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  34.8 
 
 
328 aa  206  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.6 
 
 
365 aa  206  6e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  35.53 
 
 
328 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.53 
 
 
328 aa  205  7e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  35.53 
 
 
328 aa  205  7e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.53 
 
 
328 aa  205  7e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  35.53 
 
 
328 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3765  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.08 
 
 
334 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0440938  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0755  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.58 
 
 
338 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190213  normal  0.863428 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2480  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.97 
 
 
334 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0858  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.12 
 
 
344 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.729135 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2050  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.45 
 
 
336 aa  202  8e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692281  normal  0.771105 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1873  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.45 
 
 
336 aa  202  8e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4499  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.42 
 
 
336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.851713  normal  0.398115 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2567  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.85 
 
 
337 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0507413  hitchhiker  0.00000000175996 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  34.32 
 
 
328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3387  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.94 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2794  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.17 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.879508 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3588  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.45 
 
 
336 aa  195  9e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.565574  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0416  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.89 
 
 
331 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3764  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.45 
 
 
339 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289423  normal  0.209559 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5330  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.9 
 
 
342 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.44 
 
 
329 aa  192  5e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000633962  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.59 
 
 
337 aa  192  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.93 
 
 
339 aa  186  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482624  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7507  putative TRAP-dicarboxylate transporter, periplasmic component (DctP subunit)  34.8 
 
 
297 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84783  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5723  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.44 
 
 
335 aa  185  9e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5094  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.53 
 
 
338 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122319  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.54 
 
 
338 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.597094 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3326  TRAP transporter - DctP subunit  35.55 
 
 
325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2239  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.56 
 
 
342 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1187  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.09 
 
 
323 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0246361  normal  0.126569 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.45 
 
 
322 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1051  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.94 
 
 
341 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3398  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.43 
 
 
331 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.586433  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0900  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  34.29 
 
 
341 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3661  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  31.43 
 
 
331 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2838  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.7 
 
 
327 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0955544  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1290  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.52 
 
 
331 aa  175  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.877345 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1824  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.62 
 
 
331 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000127835  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4242  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.78 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.271244  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0498  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.54 
 
 
343 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.962606  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4191  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  39.15 
 
 
331 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.960097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1203  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.17 
 
 
323 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.23 
 
 
330 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1169  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.17 
 
 
323 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.061723 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2784  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.62 
 
 
331 aa  170  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.335515  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.69 
 
 
330 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3604  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.65 
 
 
343 aa  170  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1360  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.84 
 
 
347 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.71 
 
 
318 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2280  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.39 
 
 
325 aa  169  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0789  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.4 
 
 
328 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1268  carbon storage regulator  33.02 
 
 
327 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0141406 
 
 
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NC_007963  Csal_0721  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.74 
 
 
328 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_0958  TRAP dicarboxylate transporter  33.33 
 
 
326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.674704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0833  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.39 
 
 
345 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010524  Lcho_3220  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.82 
 
 
324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
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NC_011894  Mnod_5944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.9 
 
 
340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0162589  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_0128  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, binding periplasmic protein (DctP subunit)  30.48 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal 
 
 
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NC_009253  Dred_0407  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.08 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5742  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, binding periplasmic protein (DctP subunit)  34.43 
 
 
332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.551503  normal 
 
 
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NC_007973  Rmet_1150  TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP  29.7 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515964  normal 
 
 
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NC_008554  Sfum_2908  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.09 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000550231  normal  0.0637331 
 
 
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NC_010511  M446_5228  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.89 
 
 
346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379056  normal  0.0433147 
 
 
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NC_008687  Pden_4122  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.02 
 
 
335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.352086  normal 
 
 
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NC_007948  Bpro_0553  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.35 
 
 
336 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
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NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.13 
 
 
330 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_2411  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.94 
 
 
325 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  0.377072 
 
 
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