133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3288 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3288  phage tail Collar  100 
 
 
175 aa  353  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.890287  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3326  forkhead-associated  63.07 
 
 
176 aa  222  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3328  UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl- meso-diaminopimelate ligase  54.29 
 
 
169 aa  189  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435703 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3287  phage tail Collar  55.17 
 
 
172 aa  189  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4954  tail collar domain-containing protein  54.29 
 
 
171 aa  187  5.999999999999999e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2607  Tail Collar domain protein  52.3 
 
 
175 aa  186  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.948957 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3286  phage tail Collar  53.71 
 
 
168 aa  186  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2684  phage tail collar domain-containing protein  54.12 
 
 
171 aa  186  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0111921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4989  tail collar domain-containing protein  52.84 
 
 
173 aa  185  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3327  phenylacrylic acid decarboxylase  52.22 
 
 
174 aa  180  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4880  Tail Collar domain protein  51.93 
 
 
181 aa  180  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382325  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1338  Tail Collar domain protein  50.57 
 
 
173 aa  180  8.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3173  tail collar domain-containing protein  52.22 
 
 
179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0996292  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1982  Tail Collar domain protein  49.21 
 
 
189 aa  175  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2009  Tail Collar domain protein  49.21 
 
 
189 aa  175  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.410779  normal  0.314034 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0169  tail collar domain-containing protein  49.75 
 
 
199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0939231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0165  phage tail collar domain-containing protein  49.75 
 
 
199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5801  tail collar domain-containing protein  50.87 
 
 
173 aa  171  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.334192 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3488  tail collar domain-containing protein  46.15 
 
 
182 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4190  phage tail collar domain-containing protein  49.25 
 
 
199 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2641  phage tail collar domain-containing protein  50.86 
 
 
195 aa  170  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.262211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0735  Tail Collar domain protein  52.84 
 
 
173 aa  169  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0185  microcystin dependent protein  47.73 
 
 
176 aa  169  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3551  phage tail collar domain-containing protein  47.74 
 
 
199 aa  167  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1337  Tail Collar domain protein  47.49 
 
 
171 aa  167  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2682  phage tail collar domain-containing protein  48.57 
 
 
169 aa  167  7e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0278651  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2455  phage tail Collar  49.72 
 
 
176 aa  164  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0736  Tail Collar domain protein  51.15 
 
 
172 aa  164  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1099  tail collar domain-containing protein  50 
 
 
179 aa  164  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4424  hypothetical protein  47.51 
 
 
181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1917  phage tail collar domain-containing protein  47.16 
 
 
176 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319876  hitchhiker  0.0068131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3490  tail collar domain-containing protein  47.22 
 
 
178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.310018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0117  hypothetical protein  48.59 
 
 
177 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  0.412841 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2640  phage tail collar domain-containing protein  49.14 
 
 
199 aa  162  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.167373 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1294  Tail Collar domain protein  51.7 
 
 
173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.911705 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1336  Tail Collar domain protein  46.89 
 
 
169 aa  161  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1293  Tail Collar domain protein  46.55 
 
 
172 aa  160  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.606643 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1349  phage tail collar domain-containing protein  46.41 
 
 
181 aa  158  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4953  tail collar domain-containing protein  50.28 
 
 
165 aa  157  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.294288  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1098  tail collar domain-containing protein  47.28 
 
 
183 aa  156  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.958881  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3729  phage tail Collar  43.15 
 
 
198 aa  155  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0351559  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4955  tail collar domain-containing protein  45.45 
 
 
170 aa  154  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2608  Tail Collar domain protein  44.77 
 
 
170 aa  151  5.9999999999999996e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1292  Tail Collar domain protein  47.19 
 
 
167 aa  150  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.640114 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0184  microcystin dependent protein  42.39 
 
 
183 aa  149  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2453  phage tail Collar  45.98 
 
 
166 aa  148  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.661314  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1454  Phage tail Collar  40.68 
 
 
178 aa  147  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.809591  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4988  tail collar domain-containing protein  44.94 
 
 
163 aa  146  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2683  phage tail collar domain-containing protein  43.03 
 
 
163 aa  144  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0312734  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1014  phage tail Collar  44.38 
 
 
180 aa  144  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00907435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1350  phage tail collar domain-containing protein  43.75 
 
 
177 aa  144  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1453  Phage tail Collar  45.95 
 
 
187 aa  143  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4900  Tail Collar domain protein  44.97 
 
 
192 aa  142  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.129965  normal  0.134722 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1013  phage tail Collar  40.91 
 
 
176 aa  142  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0295632  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2328  hypothetical protein  48.26 
 
 
199 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00000000740366  normal  0.751095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0674  tail collar domain-containing protein  43.59 
 
 
195 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.855114  hitchhiker  0.003962 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2454  phage tail Collar  48.04 
 
 
165 aa  142  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.45663  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1348  phage tail collar domain-containing protein  43.02 
 
 
205 aa  142  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4047  phage tail collar domain-containing protein  43.09 
 
 
180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5865  Tail Collar domain protein  41.84 
 
 
196 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0932535  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0737  Tail Collar domain protein  46.55 
 
 
167 aa  138  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2329  hypothetical protein  45.4 
 
 
197 aa  137  7e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000218448  normal  0.931598 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0116  hypothetical protein  43.16 
 
 
182 aa  137  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.964945  normal  0.411116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5803  tail collar domain-containing protein  44.44 
 
 
180 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.444578 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0186  microcystin dependent protein  40.33 
 
 
181 aa  135  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1012  phage tail Collar  44.69 
 
 
176 aa  134  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0947871  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03559  microcystin dependent protein  41.71 
 
 
178 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.536453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2872  microcystin dependent  41.9 
 
 
179 aa  132  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000497886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4987  tail collar domain-containing protein  42.94 
 
 
157 aa  132  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1097  tail collar domain-containing protein  40.64 
 
 
181 aa  131  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal  0.740743 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0118  hypothetical protein  41.81 
 
 
173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.595481 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4899  Tail Collar domain protein  42.39 
 
 
183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142286  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0155  Phage tail Collar  41.75 
 
 
195 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2609  Tail Collar domain protein  41.28 
 
 
170 aa  128  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.247685  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03558  microcystin dependent protein  40 
 
 
175 aa  128  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1455  Phage tail Collar  39.56 
 
 
186 aa  125  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.349612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6119  Tail Collar domain protein  45.66 
 
 
172 aa  124  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1668  phage tail collar domain-containing protein  39.7 
 
 
196 aa  123  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000114685  normal  0.438569 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03557  microcystin dependent protein  41.3 
 
 
181 aa  123  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5866  Tail Collar domain protein  39.69 
 
 
195 aa  117  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255471  normal  0.964644 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5802  tail collar domain-containing protein  39.88 
 
 
166 aa  116  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.435853 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1669  phage tail collar domain-containing protein  38.05 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000343584  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0167  phage tail collar domain-containing protein  41.55 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4046  phage tail collar domain-containing protein  43.17 
 
 
179 aa  111  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4898  Tail Collar domain protein  35.29 
 
 
184 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.705005  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3002  phage tail Collar  35.55 
 
 
210 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.592982 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0053  phage tail collar domain-containing protein  34.13 
 
 
209 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4253  tail collar domain-containing protein  33.99 
 
 
207 aa  104  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0588212  normal  0.934019 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4767  phage tail collar domain-containing protein  70.97 
 
 
80 aa  98.6  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.428551 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4048  phage tail collar domain-containing protein  41.57 
 
 
179 aa  98.2  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4722  phage tail collar domain-containing protein  67.21 
 
 
80 aa  94  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2124  Tail Collar domain protein  71.43 
 
 
84 aa  91.3  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.258175 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4236  phage tail collar domain-containing protein  34.48 
 
 
203 aa  89.4  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.290715  normal  0.365652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4235  phage tail collar domain-containing protein  33.33 
 
 
204 aa  88.2  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.296558  normal  0.173151 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5259  hypothetical protein  31.08 
 
 
224 aa  87  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0135116  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0703  Tail Collar domain protein  34.5 
 
 
264 aa  80.9  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2887  Tail Collar domain protein  60 
 
 
80 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00705187  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2491  Tail Collar domain protein  53.23 
 
 
80 aa  75.5  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0754  phage tail collar domain-containing protein  50.77 
 
 
80 aa  71.6  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0440878  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0486  Tail Collar domain protein  53.12 
 
 
87 aa  70.9  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>