86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3279 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3279  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  286  5.0000000000000004e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.627727 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3147  hypothetical protein  51.2 
 
 		 246 aa  127  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.075945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3700  hypothetical protein  47.96 
 
 		 161 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2773  hypothetical protein  38.98 
 
 		 144 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.474482  hitchhiker  0.00136931 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2666  hypothetical protein  38.98 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000306187  normal  0.191163 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0582  putative lipoprotein  38.4 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000375847  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2599  hypothetical protein  38.14 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000664036  hitchhiker  0.00000856257 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16840  putative lipoprotein  42.61 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1675  hypothetical protein  38.74 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0121  hypothetical protein  41.41 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1465  putative lipoprotein  42.61 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004013  lipoprotein-related protein  40 
 
 		 144 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01451  hypothetical protein  36.72 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1373  hypothetical protein  35 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0504546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4709  putative lipoprotein  33.09 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1394  hypothetical protein  43.18 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.031757  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2593  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  42.68 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2630  hypothetical protein  42.57 
 
 		 297 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.427988 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1969  putative lipoprotein  43.02 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.612911  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3082  lipoprotein-related protein  52.24 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.185373  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0695  hypothetical protein  42.5 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0686  hypothetical protein  42.5 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1523  hypothetical protein  39.53 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0159792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1492  hypothetical protein  39.53 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000310821  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1487  hypothetical protein  39.53 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0816292  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2859  hypothetical protein  39.53 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00929385  hitchhiker  0.00000000043608 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3216  putative lipoprotein  35.92 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.696284  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3075  putative lipoprotein  35.92 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000475601  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2552  hypothetical protein  35.87 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3035  hypothetical protein  35.92 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.288853  normal  0.111602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1471  hypothetical protein  38.89 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0482642  hitchhiker  0.000540477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4204  hypothetical protein  35.65 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1519  putative lipoprotein  35.65 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.345658  normal  0.713007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1125  lipoprotein  35.65 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1083  putative lipoprotein  42.68 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4099  lipoprotein  35.65 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0743  hypothetical protein  36.46 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1620  hypothetical protein  31.03 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1695  hypothetical protein  31.03 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.362042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0212  hypothetical protein  28.57 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1369  hypothetical protein  26.32 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.741634  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1729  hypothetical protein  30.77 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1913  hypothetical protein  29.89 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0921  glycoprotein/polysaccharide metabolism  33.03 
 
 		 189 aa  53.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.226366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0509  putative lipoprotein  33.94 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0506  putative lipoprotein  33.94 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000703673  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0525  putative lipoprotein  33.94 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0465904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0568  hypothetical protein  33.94 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0515  putative lipoprotein  33.94 
 
 		 189 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2470  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  35.71 
 
 		 282 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0121591  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1194  hypothetical protein  32.14 
 
 		 228 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1689  hypothetical protein  29.89 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.729509  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00405  predicted outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3156  conserved hypothetical protein  32.11 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858149  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00409  hypothetical protein  32.11 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2555  hypothetical protein  25.62 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0489  putative lipoprotein  32.11 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3162  glycoprotein/polysaccharide metabolism  32.11 
 
 		 190 aa  52  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0497  putative lipoprotein  32.11 
 
 		 190 aa  52  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0543  putative lipoprotein  32.11 
 
 		 185 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0530  putative lipoprotein  32.11 
 
 		 190 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2785  hypothetical protein  31.93 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0379372  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2835  hypothetical protein  29.67 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.849691  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2960  hypothetical protein  29.67 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.946654  normal  0.485074 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1541  hypothetical protein  29.67 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2817  hypothetical protein  29.67 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.323587  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2790  hypothetical protein  27.59 
 
 		 132 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0273206  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3205  hypothetical protein  26.4 
 
 		 143 aa  50.4  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0205729  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1112  putative lipoprotein  36.84 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000897823  hitchhiker  0.00000162029 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0115  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  33.96 
 
 		 478 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0115  hypothetical protein  33.96 
 
 		 478 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1671  hypothetical protein  28.74 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000194021  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3209  hypothetical protein  28.74 
 
 		 131 aa  47  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000120435  unclonable  0.0000000114703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1467  hypothetical protein  25 
 
 		 129 aa  46.2  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000434659  decreased coverage  0.0000172083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3930  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  29.31 
 
 		 274 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3248  lipoprotein  34.34 
 
 		 194 aa  45.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3278  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  29.31 
 
 		 280 aa  44.7  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1135  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  35.21 
 
 		 234 aa  44.7  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.566591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0558  hypothetical protein  25.93 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1063  lipoprotein  32.32 
 
 		 193 aa  43.9  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1889  hypothetical protein  31.4 
 
 		 159 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2721  hypothetical protein  25.29 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.921595  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1548  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  26.72 
 
 		 305 aa  42  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510236 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3054  lipoprotein  36.96 
 
 		 185 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0385716  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0054  hypothetical protein  31.48 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0738  hypothetical protein  29.63 
 
 		 141 aa  40.8  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.98341  normal  0.262809 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>