More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3275 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3275  transposase orfB  100 
 
 
68 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3500  Integrase catalytic region  66.15 
 
 
265 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0344  Integrase catalytic region  66.13 
 
 
289 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1082  Integrase catalytic region  66.13 
 
 
289 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5378  Integrase catalytic region  66.13 
 
 
289 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3817  Integrase catalytic region  66.13 
 
 
289 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1055  Integrase catalytic region  66.13 
 
 
289 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4908  integrase catalytic subunit  66.13 
 
 
283 aa  84.3  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.168017 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3415  integrase catalytic subunit  66.1 
 
 
282 aa  82  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5097  integrase catalytic subunit  60 
 
 
286 aa  82  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.545434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1009  transposase  62.9 
 
 
225 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0800  IstB ATP binding domain-containing protein  67.27 
 
 
174 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.844919 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3557  hypothetical protein  60.66 
 
 
195 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1827  hypothetical protein  60.66 
 
 
195 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1167  integrase catalytic subunit  58.06 
 
 
284 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_776  transposase  59.32 
 
 
271 aa  77  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1310  transposase  59.32 
 
 
267 aa  77  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_90  transposase  59.32 
 
 
267 aa  77  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8384  hypothetical protein  57.63 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1290  Integrase catalytic region  51.35 
 
 
309 aa  72.4  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1028  Integrase catalytic region  50.77 
 
 
276 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0273  integrase catalytic subunit  59.26 
 
 
231 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0115  integrase catalytic subunit  59.26 
 
 
231 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1301  integrase catalytic subunit  59.26 
 
 
231 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0289  integrase catalytic subunit  59.26 
 
 
231 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0205  putative insertion element protein  61.54 
 
 
240 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0142  putative insertion element protein  61.54 
 
 
240 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0210  putative insertion element protein  61.54 
 
 
240 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.401167 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3531  integrase catalytic region  59.62 
 
 
278 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1494  Integrase catalytic region  57.69 
 
 
278 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3381  Integrase catalytic region  57.69 
 
 
278 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4814  Integrase catalytic region  53.45 
 
 
250 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0441  putative insertion element protein  51.72 
 
 
111 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3995  Integrase catalytic region  50.88 
 
 
251 aa  62  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3338  integrase catalytic region  54.39 
 
 
250 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5069  hypothetical protein  65.12 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3519  hypothetical protein  63.64 
 
 
96 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.696579 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1111  integrase catalytic subunit  48.08 
 
 
273 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.461857  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0138  integrase catalytic subunit  49.12 
 
 
276 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1484  integrase catalytic subunit  49.12 
 
 
276 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2821  integrase catalytic subunit  49.12 
 
 
276 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0120  hypothetical protein  54.05 
 
 
205 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1301  integrase catalytic subunit  47.37 
 
 
276 aa  48.1  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17090  transposase  53.85 
 
 
267 aa  48.1  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.200015  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08090  transposase  53.85 
 
 
267 aa  48.1  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.757215 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22000  transposase  53.85 
 
 
267 aa  48.1  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.208093 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  45 
 
 
280 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2425  integrase catalytic subunit  44.07 
 
 
276 aa  47.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.043442  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  46.55 
 
 
279 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_65  transposase  68.97 
 
 
209 aa  47  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1333  transposase  68.97 
 
 
209 aa  47  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5526  Integrase catalytic region  46.3 
 
 
260 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4475  Integrase catalytic region  47.73 
 
 
263 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1112  Integrase catalytic region  46.3 
 
 
260 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.323234 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2624  integrase protein  44.44 
 
 
237 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.947279  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3223  integrase protein  44.44 
 
 
237 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0342368  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3526  integrase protein  44.44 
 
 
237 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0130406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3728  integrase protein  44.44 
 
 
237 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0958  integrase catalytic region  54.55 
 
 
263 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  45.16 
 
 
273 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  45.16 
 
 
273 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  45.16 
 
 
273 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  45.16 
 
 
273 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  45.16 
 
 
273 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05623  transposase  41.67 
 
 
305 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1303  transposase  41.67 
 
 
305 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0298  IS407A, transposase OrfB  42.37 
 
 
277 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000127276  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0167  IS407A, transposase OrfB  42.37 
 
 
277 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000489876  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4719  integrase catalytic region  42.37 
 
 
277 aa  43.9  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.557613  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3877  A, transposase OrfB  42.37 
 
 
277 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3049  transposase IS3/IS911 family protein  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1523  A, transposase OrfB  40.68 
 
 
165 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0441  integrase catalytic region  53.66 
 
 
279 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110873  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3515  hypothetical protein  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0678  transposase IS3/IS911 family protein  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.505807  normal  0.172012 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3275  transcriptional regulator, GntR family  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000360291  normal  0.033149 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3237  hypothetical protein  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0336824  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2633  integrase catalytic region  53.66 
 
 
279 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348098  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0317  hypothetical protein  40.82 
 
 
141 aa  43.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6105  integrase catalytic region  53.66 
 
 
279 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4739  integrase catalytic region  53.66 
 
 
279 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2926  integrase catalytic region  53.66 
 
 
279 aa  43.5  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3411  hypothetical protein  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.042682  normal  0.457317 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3374  hypothetical protein  52.73 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1492  ISRSO14-transposase orfB protein  46.94 
 
 
275 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0134955  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2283  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64128  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1112  integrase, catalytic region  69.23 
 
 
148 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.329084  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0751  A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0450  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2820  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.670832  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2841  A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000375956  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2852  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3193  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00220403  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3523  A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0008  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00464552  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0023  IS1404 transposase  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0026  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0068  IS1404 transposase  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.438744  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0117  IS407A, transposase OrfB  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0159  IS1404 transposase  40.68 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>