286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3255 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3255  Urea carboxylase  100 
 
 		 323 aa  649    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.166744  normal  0.612176 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5870  hypothetical protein  71.52 
 
 		 325 aa  477  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2439  putative carboxylase, like RuBisCO, small subunit  70.59 
 
 		 323 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.598305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0126  allophanate hydrolase  58.82 
 
 		 325 aa  384  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.254359  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2922  urea amidolyase related protein  58.39 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2120  urea amidolyase related protein  60.19 
 
 		 323 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00861242  normal  0.545781 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2770  urea amidolyase related protein  58.7 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2860  urea amidolyase related protein  59.24 
 
 		 323 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0238503  normal  0.498047 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4581  urea amidolyase related protein  59.94 
 
 		 338 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625746  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2934  urea amidolyase-related protein  58.92 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131824  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1884  urea amidolyase-related protein  57.63 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2160  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  57.63 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1719  urea amidolyase-like protein  57.32 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6284  allophanate hydrolase  57.01 
 
 		 331 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.331947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0270  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  57.32 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0361  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  57.63 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0897  urea amidolyase-related protein  57.63 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2955  urea amidolyase related protein  56.52 
 
 		 331 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1183  urea amidolyase-related protein  57.63 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2720  Urea amidolyase-related protein  57.68 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.592152  normal  0.72713 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0365  urea amidolyase related protein  56.66 
 
 		 331 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0599  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  56.43 
 
 		 325 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2381  urea amidolyase related protein  55.08 
 
 		 325 aa  348  9e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0009  urea amidolyase related protein  58.17 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.871318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06480  putative hydrolase  53.58 
 
 		 325 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000202222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2477  urea amidolyase related protein  53.33 
 
 		 335 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4042  urea amidolyase related protein  44.58 
 
 		 325 aa  263  2e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.569923  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2061  urea amidolyase related protein  34.12 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.180857  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1596  urea amidolyase related protein  36.34 
 
 		 334 aa  209  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2809  urea amidolyase-like protein  37.42 
 
 		 329 aa  206  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2848  urea amidolyase-like protein  36.79 
 
 		 329 aa  204  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2149  urea amidolyase-related protein  37.42 
 
 		 329 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3101  urea amidolyase-related protein  37.42 
 
 		 329 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3087  urea amidolyase-related protein  36.79 
 
 		 329 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3119  urea amidolyase-related protein  36.79 
 
 		 329 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000401066  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2881  urea amidolyase-related protein  37.11 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3096  urea amidolyase-related protein  37.11 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.379223  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3120  urea amidolyase-related protein  36.16 
 
 		 329 aa  202  8e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2873  urea amidolyase related protein  37.99 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.614704  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1105  urea carboxylase  37.93 
 
 		 1208 aa  199  6e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2373  urea amidolyase related protein  37.65 
 
 		 349 aa  198  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1973  urea amidolyase related protein  37.65 
 
 		 348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2921  urea amidolyase related protein  38.15 
 
 		 309 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2949  urea amidolyase related protein  38.08 
 
 		 356 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.485355  normal  0.639437 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3057  urea amidolyase related protein  37.79 
 
 		 355 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.027939 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2424  allophanate hydrolase subunit 2  37.79 
 
 		 355 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3038  urea amidolyase related protein  37.79 
 
 		 355 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2337  urea amidolyase related protein  36.16 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2904  urea amidolyase related protein  37.5 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.293477 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0448  urea amidolyase-like protein  36.15 
 
 		 359 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2170  hypothetical protein  38.02 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3310  allophanate hydrolase, subunit 2  36.15 
 
 		 371 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3368  allophanate hydrolase, subunit 2  36.15 
 
 		 371 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0265  allophanate hydrolase, subunit 2  36.15 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0143689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2112  allophanate hydrolase, subunit 2  36.15 
 
 		 371 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0253  allophanate hydrolase, subunit 2  36.15 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2980  allophanate hydrolase, subunit 2  36.15 
 
 		 371 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.409998  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0194  Urea amidolyase-related protein  37.68 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3083  urea amidolyase related protein  37.5 
 
 		 356 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3742  urea amidolyase related protein  37.1 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.485682 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0088  allophanate hydrolase subunit 2  36.14 
 
 		 339 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0063  allophanate hydrolase subunit 2  36.89 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1127  putative allophanate hydrolase  37.65 
 
 		 1209 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1256  urea amidolyase related protein  36.71 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0977176  normal  0.848518 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3109  urea amidolyase related protein  35.44 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1215  urea amidolyase related protein  37.58 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.478811  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3033  urea amidolyase related protein  36.99 
 
 		 355 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.74353 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2826  urea amidolyase related protein  37.76 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196428  hitchhiker  0.00928055 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0943  allophanate hydrolase subunit 2  37.5 
 
 		 1212 aa  186  6e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.648902  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2593  urea amidolyase related protein  39.27 
 
 		 326 aa  185  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0229  urea amidolyase-related protein  38.12 
 
 		 359 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6385  allophanate hydrolase subunit 2  37.9 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28452  urea amidolyase  34.85 
 
 		 1822 aa  182  5.0000000000000004e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.407983 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2748  urea carboxylase  34.13 
 
 		 1204 aa  182  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1419  Urea carboxylase  34.55 
 
 		 1207 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0629  allophanate hydrolase, subunit 2  36.91 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1949  urea amidolyase related protein  33.44 
 
 		 328 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000276448  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3979  urea carboxylase  40.2 
 
 		 1203 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0036  biotin carboxylation domain-containing protein  37.99 
 
 		 1203 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879734 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1227  urea amidolyase related protein  35.44 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1358  biotin carboxylation domain-containing protein  39.05 
 
 		 1231 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.306676  normal  0.336229 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00672  predicted enzyme subunit  35.94 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2924  urea amidolyase related protein  35.94 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.126507  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2163  urea carboxylase  33.43 
 
 		 1204 aa  180  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.278684  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2943  urea amidolyase related protein  35.94 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0760  allophanate hydrolase, subunit 2  35.94 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00661  hypothetical protein  35.94 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1168  urea amidolyase related protein  35.83 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000170574  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0737  allophanate hydrolase, subunit 2  36.59 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0074  allophanate hydrolase subunit 2  35.33 
 
 		 1201 aa  179  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.755435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1116  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.83 
 
 		 316 aa  179  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000309284  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0802  allophanate hydrolase, subunit 2  36.28 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.316983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3590  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.51 
 
 		 316 aa  177  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0727  allophanate hydrolase, subunit 2  36.28 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.25799  normal  0.390135 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4366  urea amidolyase related protein  37.65 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2273  urea amidolyase related protein  36.67 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0821  allophanate hydrolase, subunit 2  35.13 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0263857  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0477  allophanate hydrolase, subunit 2  35.87 
 
 		 330 aa  175  9e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230499  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2680  urea carboxylase  37.69 
 
 		 1200 aa  175  9e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0373  urea amidolyase related protein  36.02 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.550706 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>