165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2930 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2930  cation efflux protein  100 
 
 		 216 aa  429  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.696433 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2332  cation efflux protein  53.77 
 
 		 211 aa  206  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0275575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3481  cation efflux protein  55 
 
 		 213 aa  198  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1655  hypothetical protein  51.63 
 
 		 210 aa  194  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.460988  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2983  cation efflux protein  50.48 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24510  cation efflux protein  48.11 
 
 		 212 aa  184  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.647904  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2151  cation efflux protein  52.72 
 
 		 208 aa  184  9e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.659948  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0136  cation efflux protein  58.33 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2573  cation efflux protein  54.5 
 
 		 216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3833  cation efflux protein  55.12 
 
 		 213 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0953841  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1006  cation efflux protein  45.79 
 
 		 216 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1666  cation efflux protein  51.5 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3409  cation efflux protein  50.46 
 
 		 236 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1371  cation efflux protein  48.7 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1534  cation efflux protein  43.48 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2054  cation efflux protein  43.63 
 
 		 208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2424  cation efflux permease, putative  43.63 
 
 		 208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1156  cation efflux protein  46.6 
 
 		 205 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2301  cation efflux protein  46.31 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.827843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3109  cation efflux protein  43.98 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278802  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1521  hypothetical protein  46.53 
 
 		 204 aa  159  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.164003  normal  0.204362 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2157  cation efflux protein  49.06 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000839381 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1162  cation diffusion facilitator family transporter  43.26 
 
 		 266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355876  normal  0.529733 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0994  Co/Zn/Cd efflux system component  54.44 
 
 		 207 aa  154  7e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.425343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2444  cation efflux protein  46.57 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3968  cation efflux protein  49.73 
 
 		 283 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01511  hypothetical protein  37.02 
 
 		 209 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2560  hypothetical protein  43.9 
 
 		 214 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2867  cation efflux protein  34.78 
 
 		 232 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000803001  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1956  putative RND efflux system protein  33.5 
 
 		 207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1855  cation efflux protein  33.5 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0409  cation efflux protein  38.42 
 
 		 204 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0094  cation efflux protein  33.68 
 
 		 203 aa  106  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.19773  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2025  cation efflux protein  33.18 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.82929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1294  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.99 
 
 		 298 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3210  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.99 
 
 		 298 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166333  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1922  cation efflux protein  36.96 
 
 		 208 aa  99.4  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00533628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3474  cation efflux system permease, putative  37.35 
 
 		 298 aa  96.7  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.522677  normal  0.0952346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1104  CDF family heavy metal efflux protein  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1118  CDF family heavy metal efflux protein  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2903  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1605  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2911  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0391  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0883  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.738381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2326  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.75 
 
 		 298 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02025  Cation efflux protein  31.22 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.550382  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0890  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  37.72 
 
 		 258 aa  95.5  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4003  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  36.14 
 
 		 298 aa  95.1  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2141  cation efflux protein  34.85 
 
 		 201 aa  95.1  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2374  Co/Zn/Cd efflux system component  36.41 
 
 		 272 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575054 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1408  cation efflux system permease, putative  36.14 
 
 		 298 aa  93.6  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0195  cation efflux system permease, putative  35.54 
 
 		 298 aa  92  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0221  cation efflux system permease, putative  35.54 
 
 		 298 aa  92  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2838  cation efflux protein  37.57 
 
 		 269 aa  91.7  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1972  cation efflux system permease, putative  34.13 
 
 		 301 aa  91.3  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0694  Co/Zn/Cd efflux system component  32.42 
 
 		 297 aa  90.5  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3334  Co/Zn/Cd efflux system component  39.43 
 
 		 272 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0471  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  35.54 
 
 		 298 aa  90.5  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4157  Co/Zn/Cd efflux system component  32.35 
 
 		 299 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.162332 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0229  cation efflux system permease, putative  34.13 
 
 		 301 aa  89.4  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0699  cation efflux protein  33.88 
 
 		 276 aa  88.6  6e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3144  Co/Zn/Cd efflux system component  37.71 
 
 		 272 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3273  CDF family heavy metal/H(+) antiporter  34.36 
 
 		 298 aa  87.4  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00248567  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0859  Co/Zn/Cd efflux system component  35.23 
 
 		 303 aa  85.1  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.850247  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4140  putative transporter  33.84 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2355  RND OM export protein  35.35 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2575  cation efflux protein  35.23 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3624  cation efflux protein  34.43 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.383775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3962  cation efflux protein  34.43 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0859119  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5509  cation efflux protein  35.23 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1827  cation efflux protein  35.26 
 
 		 199 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241991  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4214  Co/Zn/Cd efflux system component  30.48 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4511  cation efflux protein  32.66 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3093  cation efflux protein  28.18 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4424  cation efflux protein  32.2 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0765  putative transporter  31.47 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.161184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5042  cation efflux protein  37.97 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0391811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0679  transporter  33.51 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0574717 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0166  Co/Zn/Cd efflux system component protein  27.62 
 
 		 312 aa  65.1  0.0000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.157738  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0504  cation efflux protein  33.01 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1960  Co/Zn/Cd efflux system component  31.33 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0317044  normal  0.78534 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25900  cation diffusion facilitator family transporter  30 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3643  cation efflux protein  33.53 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0262252 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3207  Co/Zn/Cd efflux system component  26.7 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.750321  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2073  cation efflux protein  32.48 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.279262  normal  0.0942444 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0770  cation diffusion facilitator family transporter  24 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.031653  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2211  cation diffusion facilitator family transporter  29.44 
 
 		 302 aa  58.5  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.284177 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1788  cation efflux protein  34.54 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3754  cation efflux protein  36.42 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2056  cation efflux protein  29.38 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0243028  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4903  cation diffusion facilitator family transporter  29.53 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2582  cation efflux protein  26.6 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3445  cation efflux protein  34.43 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632489 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13910  cation diffusion facilitator family transporter  28.9 
 
 		 303 aa  54.7  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3496  cation diffusion facilitator family transporter  33.5 
 
 		 300 aa  53.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.844675 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4059  cation diffusion facilitator family transporter  29.33 
 
 		 305 aa  52.8  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.552828  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0545  cation diffusion facilitator family transporter  29.74 
 
 		 315 aa  52  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1507  cation diffusion facilitator family transporter  25.35 
 
 		 306 aa  51.6  0.000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0924835  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0383  cation diffusion facilitator family transporter  23.04 
 
 		 284 aa  50.8  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0330741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>