More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2743 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2743  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  595  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.418739  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.93 
 
 
292 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340693  normal  0.469526 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.21 
 
 
292 aa  341  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.10252 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.48 
 
 
300 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0147  peptide ABC transporter, permease protein  47.13 
 
 
341 aa  315  5e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002584  (GlcNAc)2 ABC transporter permease component 2  48.33 
 
 
341 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2578  ABC-type [(GlcNAc)2] transporter, permease protein  47.13 
 
 
341 aa  313  2.9999999999999996e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03425  hypothetical protein  48.04 
 
 
341 aa  310  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
344 aa  268  1e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1482  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  46.21 
 
 
727 aa  267  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0547  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  46.92 
 
 
327 aa  263  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0218475  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.12 
 
 
331 aa  261  6.999999999999999e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
274 aa  259  3e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.534309  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
331 aa  255  6e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0878076  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1400  ABC transporter related  47.31 
 
 
638 aa  249  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.785888  normal  0.726008 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 
320 aa  249  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 
309 aa  246  4e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.383419  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01330  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.06 
 
 
311 aa  241  1e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
311 aa  240  2e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.79 
 
 
358 aa  238  5.999999999999999e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.471831  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20160  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  46.47 
 
 
621 aa  237  2e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.533008  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.92 
 
 
350 aa  231  8.000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
336 aa  226  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.951442  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
285 aa  220  3e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.107676  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
303 aa  219  3e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.576006 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06410  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.8 
 
 
320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.138967  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
280 aa  218  1e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0590918  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6186  ABC transporter related  43.49 
 
 
590 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
348 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
302 aa  203  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0912  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease components  38.75 
 
 
304 aa  199  6e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.91 
 
 
342 aa  199  7e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7458  peptide ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
281 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
277 aa  186  4e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
289 aa  177  1e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.771808  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
299 aa  178  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.502248  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
273 aa  176  4e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141415  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1613  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.34 
 
 
319 aa  176  5e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
325 aa  176  6e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.289557  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1492  peptide ABC transporter, permease protein  34.18 
 
 
279 aa  172  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
279 aa  172  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.19 
 
 
282 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
287 aa  169  6e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.78 
 
 
285 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
279 aa  168  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.194033 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
281 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
276 aa  168  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
287 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  38.16 
 
 
279 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
280 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7446  ABC transporter, permease  35.77 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913354  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.41 
 
 
306 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
280 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0346829  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1268  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease component  34.87 
 
 
279 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19890  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.82 
 
 
289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00186711  hitchhiker  0.000357505 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17740  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.68 
 
 
331 aa  163  3e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00436739  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
280 aa  162  9e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0043  hypothetical protein  34.34 
 
 
269 aa  161  1e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.728589  normal  0.420247 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.09 
 
 
284 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
280 aa  159  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
280 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
289 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
280 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21760  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.92 
 
 
310 aa  159  6e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0612673  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
302 aa  159  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.27 
 
 
283 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
321 aa  157  2e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.187971  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
285 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.28 
 
 
310 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.28 
 
 
310 aa  155  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
300 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
288 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
818 aa  154  1e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000335755  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
312 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  36.36 
 
 
335 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.09 
 
 
276 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
274 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
273 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266174  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2084  ABC transporter, permease  37.28 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.395639  normal  0.741475 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.74 
 
 
279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
291 aa  152  4e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0926789  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
281 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
304 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
304 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  35.64 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
279 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  35.74 
 
 
867 aa  152  8e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
285 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
307 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>