41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2725 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2725  exopolysaccharide synthesis, ExoD  100 
 
 		 195 aa  380  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3669  exopolysaccharide synthesis ExoD  47.83 
 
 		 192 aa  135  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.715246  hitchhiker  0.0000593914 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0449  exopolysaccharide synthesis, ExoD  42.42 
 
 		 200 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1251  ABC transporter permease  38.46 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.531282  normal  0.725571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4613  exopolysaccharide synthesis, ExoD  39.11 
 
 		 222 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1256  exopolysaccharide synthesis ExoD  39.55 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0776833  normal  0.796011 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3324  Exopolysaccharide synthesis ExoD  30.96 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.183092  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0922  Exopolysaccharide synthesis ExoD  30.96 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.93119e-33 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3868  molybdate ABC transporter inner membrane protein  31.84 
 
 		 195 aa  91.3  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175484  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4172  exopolysaccharide synthesis, ExoD  31.28 
 
 		 195 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.000786793  normal  0.185707 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4082  hypothetical protein  29.05 
 
 		 195 aa  85.1  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.269354  normal  0.0311141 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2718  exopolysaccharide synthesis, ExoD  31.22 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4900  exopolysaccharide synthesis ExoD  31.91 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.1432  normal  0.877879 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01796  Exopolysaccharide synthesis, ExoD  26.35 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0457786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1981  ABC transporter permease  27.49 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.328917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1428  exopolysaccharide synthesis protein ExoD  25.65 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1368  exopolysaccharide synthesis protein  25.65 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0481317  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01278  probable exopolysaccharide synthesis protein  31.14 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.183403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2501  exopolysaccharide synthesis, ExoD  28.85 
 
 		 191 aa  67.8  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116546  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2346  exopolysaccharide synthesis, ExoD  29.08 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4269  exopolysaccharide synthesis ExoD  26.99 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.528198  decreased coverage  0.0088823 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3754  Exopolysaccharide synthesis ExoD  26.74 
 
 		 189 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1022  exopolysaccharide synthesis, ExoD  26.55 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0915242 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1099  hypothetical protein  23.35 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0151  exopolysaccharide synthesis protein ExoD-related protein  21.11 
 
 		 218 aa  52.4  0.000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1096  hypothetical protein  22.95 
 
 		 200 aa  52.4  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0769  exopolysaccharide synthesis protein  23.89 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0140556  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3452  Exopolysaccharide synthesis ExoD  26.09 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0150  exopolysaccharide synthesis protein ExoD-related protein  20.33 
 
 		 218 aa  48.9  0.00005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0307  exopolysaccharide synthesis, ExoD  25.71 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3473  exopolysaccharide synthesis ExoD  26.44 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4959  exopolysaccharide synthesis ExoD  27.91 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.938152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1212  Exopolysaccharide synthesis ExoD  28.32 
 
 		 201 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1242  Exopolysaccharide synthesis ExoD  28.32 
 
 		 201 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1027  Exopolysaccharide synthesis ExoD  23.03 
 
 		 220 aa  45.1  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4949  Exopolysaccharide synthesis ExoD  23.78 
 
 		 198 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.811076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5360  hypothetical protein  28.39 
 
 		 317 aa  43.9  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.290755  hitchhiker  0.00309893 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6438  exopolysaccharide synthesis ExoD  28.3 
 
 		 223 aa  43.5  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1827  exopolysaccharide synthesis, ExoD  26.35 
 
 		 227 aa  42  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5009  exoD protein  28.24 
 
 		 212 aa  41.6  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2869  exopolysaccharide synthesis, ExoD  24.42 
 
 		 220 aa  41.2  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>