More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2502 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2896  FAD-binding oxidoreductase/transferase  83.33 
 
 		 480 aa  825    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0208  FAD linked oxidase domain-containing protein  81.89 
 
 		 477 aa  808    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.23565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2680  FAD linked oxidase domain-containing protein  82.95 
 
 		 477 aa  791    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.152379 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1020  putative glycolate oxidase subunit protein  83.16 
 
 		 477 aa  793    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0835602  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0690  FAD linked oxidase-like  77.75 
 
 		 481 aa  764    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.895548  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2502  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  100 
 
 		 482 aa  982    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.207618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4399  FAD linked oxidase domain-containing protein  69.12 
 
 		 484 aa  683    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177563  normal  0.114484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3033  FAD linked oxidase domain-containing protein  65.25 
 
 		 477 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.491318  normal  0.0473445 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4582  FAD linked oxidase domain protein  64.67 
 
 		 477 aa  622  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000242662  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0450  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  62.5 
 
 		 479 aa  608  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0494  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.85 
 
 		 479 aa  598  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5786  glycolate oxidase subunit GlcD  61.19 
 
 		 477 aa  597  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0394  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.21 
 
 		 479 aa  597  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0534989  normal  0.413776 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2550  FAD linked oxidase domain-containing protein  60.55 
 
 		 486 aa  592  1e-168  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4325  FAD linked oxidase domain-containing protein  65.03 
 
 		 477 aa  590  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.73889  normal  0.0799258 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0859  FAD linked oxidase domain protein  63.81 
 
 		 477 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0884  FAD linked oxidase domain protein  62.53 
 
 		 477 aa  565  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.931044 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0923  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.31 
 
 		 477 aa  565  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0282812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0991  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58 
 
 		 497 aa  554  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0782856  normal  0.327269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4137  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  55.46 
 
 		 497 aa  538  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1321  FAD linked oxidase domain protein  55.25 
 
 		 497 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1827  FAD linked oxidase-like  55.25 
 
 		 497 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.049746  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1870  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.65 
 
 		 502 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.200444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2581  FAD linked oxidase  55.25 
 
 		 497 aa  524  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.209325 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4736  FAD linked oxidase-like  53.94 
 
 		 497 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.369244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0364  FAD linked oxidase-like  54.39 
 
 		 498 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3010  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53.96 
 
 		 498 aa  510  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1695  FAD linked oxidase domain protein  52.7 
 
 		 495 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.84126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3204  FAD linked oxidase-like  54.82 
 
 		 497 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0161  glycolate oxidase, subunit GlcD  53.1 
 
 		 498 aa  503  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0407483  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0180  glycolate oxidase, subunit GlcD  52.89 
 
 		 498 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.74675  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1899  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53.3 
 
 		 496 aa  500  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1662  glycolate oxidase, subunit GlcD  53.32 
 
 		 497 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0495  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.22 
 
 		 496 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  50.43 
 
 		 503 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1268  FAD linked oxidase domain protein  49.04 
 
 		 497 aa  458  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3555  glycolate oxidase, subunit GlcD  50.44 
 
 		 499 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0997  FAD linked oxidase domain protein  49.68 
 
 		 498 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2219  glycolate oxidase subunit GlcD  51.32 
 
 		 499 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000941234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2159  glycolate oxidase subunit GlcD  50.22 
 
 		 499 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1501  glycolate oxidase, GlcD subunit  49.78 
 
 		 484 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0901528  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3331  glycolate oxidase subunit GlcD  51.61 
 
 		 499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000167182 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43330  glycolate oxidase subunit GlcD  50.22 
 
 		 499 aa  448  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0203  glycolate oxidase subunit GlcD  51.32 
 
 		 499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.60934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3745  glycolate oxidase subunit GlcD  49.89 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2306  glycolate oxidase subunit GlcD  49.78 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2018  glycolate oxidase subunit GlcD  49.45 
 
 		 499 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0160  FAD linked oxidase domain protein  46.59 
 
 		 483 aa  442  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2687  glycolate oxidase subunit GlcD  49.12 
 
 		 499 aa  439  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1885  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  47.32 
 
 		 492 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.78076  hitchhiker  0.00459775 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2369  FAD linked oxidase domain protein  48.9 
 
 		 481 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7454  glycolate oxidase subunit GlcD  48.46 
 
 		 499 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.108738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1650  glycolate oxidase subunit D  46.2 
 
 		 492 aa  437  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.054636 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5643  glycolate oxidase subunit GlcD  48.03 
 
 		 499 aa  438  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170782  normal  0.475418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6392  glycolate oxidase subunit GlcD  47.81 
 
 		 499 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0173  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  48.02 
 
 		 485 aa  437  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2219  glycolate oxidase subunit GlcD  48.46 
 
 		 499 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.165204  hitchhiker  0.00964982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70690  glycolate oxidase subunit GlcD  49.34 
 
 		 499 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2202  glycolate oxidase subunit GlcD  49.45 
 
 		 499 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1637  FAD linked oxidase domain protein  49.22 
 
 		 503 aa  433  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.114103  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2833  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  45.61 
 
 		 484 aa  433  1e-120  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02848  glycolate oxidase subunit, FAD-linked  47.81 
 
 		 499 aa  431  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139975  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0717  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.81 
 
 		 499 aa  431  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0721  glycolate oxidase subunit GlcD  47.81 
 
 		 499 aa  431  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2666  glycolate oxidase FAD-linked subunit oxidoreductase  46.07 
 
 		 497 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3047  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.34 
 
 		 488 aa  430  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.767313  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0702  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.65 
 
 		 497 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138361 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2496  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  46.3 
 
 		 499 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0047  glycolate oxidase, subunit GlcD  49.12 
 
 		 483 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.424124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3152  glycolate oxidase subunit GlcD  47.81 
 
 		 496 aa  431  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3439  glycolate oxidase subunit GlcD  47.81 
 
 		 496 aa  431  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3257  glycolate oxidase subunit GlcD  47.81 
 
 		 496 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2867  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.34 
 
 		 488 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02798  hypothetical protein  47.81 
 
 		 499 aa  431  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160001  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0250  FAD linked oxidase-like  46.87 
 
 		 497 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579749  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1894  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.23 
 
 		 500 aa  430  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140191 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0734  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.87 
 
 		 497 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.651197  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6132  glycolate oxidase subunit GlcD  49.55 
 
 		 499 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3304  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.11 
 
 		 490 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.563604  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2902  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  46.72 
 
 		 497 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.495619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0650  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.27 
 
 		 497 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0851  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.29 
 
 		 495 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.139503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3342  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.93 
 
 		 497 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3820  FAD linked oxidase-like  46.22 
 
 		 497 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0635309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2652  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.27 
 
 		 497 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0276  glycolate oxidase subunit GlcD  47.4 
 
 		 490 aa  427  1e-118  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3296  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  46.93 
 
 		 497 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1291  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.37 
 
 		 497 aa  428  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0822  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.29 
 
 		 495 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0624  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.27 
 
 		 497 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.864789  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0558  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.17 
 
 		 486 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.517434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1914  FAD linked oxidase domain protein  49.19 
 
 		 485 aa  425  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0185125  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2414  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.93 
 
 		 497 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3315  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  48.61 
 
 		 496 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.422643  hitchhiker  0.00320306 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2953  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.57 
 
 		 488 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.094701  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3330  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  46.93 
 
 		 497 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.510979  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2601  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.93 
 
 		 497 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0221  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.96 
 
 		 501 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.120176  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4091  glycolate oxidase, subunit GlcD  45.75 
 
 		 492 aa  424  1e-117  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0296969 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0331  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.93 
 
 		 497 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>