More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2500 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2678  hypothetical protein  72.81 
 
 		 433 aa  655    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.15494 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1018  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  73.29 
 
 		 433 aa  659    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0210  hypothetical protein  74.47 
 
 		 433 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.4758 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0693  hypothetical protein  78.97 
 
 		 446 aa  723    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0962448 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4397  hypothetical protein  75.88 
 
 		 431 aa  672    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.113813 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2500  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  100 
 
 		 439 aa  911    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2894  hypothetical protein  78.5 
 
 		 434 aa  690    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.184588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0396  hypothetical protein  63.81 
 
 		 430 aa  557  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.165591  normal  0.189703 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  62.39 
 
 		 447 aa  553  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3347  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  59.04 
 
 		 465 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5789  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  63.95 
 
 		 431 aa  546  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1868  hypothetical protein  61.98 
 
 		 439 aa  545  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0452  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  61.72 
 
 		 436 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1761  hypothetical protein  62.08 
 
 		 447 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.826688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4650  hypothetical protein  60.72 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.131127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3151  hypothetical protein  58.82 
 
 		 465 aa  530  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.668833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3475  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  58.82 
 
 		 465 aa  531  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1901  hypothetical protein  61.63 
 
 		 445 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3012  hypothetical protein  58.43 
 
 		 435 aa  526  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0361  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  61.61 
 
 		 443 aa  525  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0182  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  59.68 
 
 		 433 aa  522  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0497  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  61.48 
 
 		 436 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.352819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1829  hypothetical protein  56.88 
 
 		 437 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.751801  normal  0.279512 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2548  hypothetical protein  59.12 
 
 		 436 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2579  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  55.63 
 
 		 437 aa  487  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4734  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  55.86 
 
 		 437 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.960339  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4135  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  55.02 
 
 		 437 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1323  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  56.19 
 
 		 437 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2540  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  58.2 
 
 		 432 aa  474  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3202  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  54.69 
 
 		 438 aa  478  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1664  glycolate oxidase subunit, (Fe-S)protein, GlcF  56.85 
 
 		 441 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.118574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0993  hypothetical protein  56.12 
 
 		 431 aa  471  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323587  normal  0.19287 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1266  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  50 
 
 		 437 aa  411  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.791395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1289  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.95 
 
 		 408 aa  348  8e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1190  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.71 
 
 		 408 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2412  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.71 
 
 		 408 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2599  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.71 
 
 		 408 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0329  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.71 
 
 		 408 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0125  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.99 
 
 		 415 aa  346  5e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0581331  normal  0.40576 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3345  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.71 
 
 		 408 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3332  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.71 
 
 		 408 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2516  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45 
 
 		 408 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0531711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0175  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.35 
 
 		 449 aa  345  1e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3298  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.48 
 
 		 408 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2654  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.68 
 
 		 408 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1652  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.3 
 
 		 402 aa  341  2e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0911371 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0244  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  46.4 
 
 		 419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0648  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.81 
 
 		 408 aa  339  5e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0622  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.81 
 
 		 408 aa  339  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0494165  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2039  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.81 
 
 		 402 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1887  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.06 
 
 		 403 aa  337  3.9999999999999995e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0156765 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2793  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.62 
 
 		 417 aa  336  5e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0700  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.05 
 
 		 408 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66224  normal  0.217248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3818  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.97 
 
 		 408 aa  336  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.220496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0188  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.68 
 
 		 410 aa  336  5e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0248  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.05 
 
 		 408 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0932552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0732  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.05 
 
 		 408 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0168  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  46.01 
 
 		 412 aa  335  7e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520354  normal  0.880199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0186  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.77 
 
 		 412 aa  335  7.999999999999999e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2304  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.39 
 
 		 405 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1639  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.36 
 
 		 413 aa  334  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.602692  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2929  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.16 
 
 		 423 aa  333  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0306  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.68 
 
 		 416 aa  333  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3980  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.82 
 
 		 408 aa  333  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3311  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.6 
 
 		 412 aa  333  5e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.530471  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3255  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.2 
 
 		 407 aa  332  8e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3437  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.2 
 
 		 407 aa  331  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02846  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.2 
 
 		 407 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.488957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0719  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.2 
 
 		 407 aa  330  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02796  hypothetical protein  43.2 
 
 		 407 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419463  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3150  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.2 
 
 		 407 aa  330  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0723  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.2 
 
 		 407 aa  330  3e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0718  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.35 
 
 		 408 aa  329  7e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2217  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.26 
 
 		 410 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0481  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.41 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3333  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.35 
 
 		 410 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0308305  hitchhiker  0.000758619 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1360  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.75 
 
 		 416 aa  326  6e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5641  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.69 
 
 		 423 aa  325  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.636346 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1172  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.75 
 
 		 418 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.416394 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1663  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  43.51 
 
 		 416 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.44007  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0044  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  45.15 
 
 		 410 aa  324  2e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1499  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.74 
 
 		 402 aa  323  3e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0363291  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2904  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.56 
 
 		 418 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3640  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  44.84 
 
 		 413 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0773057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3258  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.92 
 
 		 424 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.878957 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5493  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.41 
 
 		 406 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.590714  hitchhiker  0.000600534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2200  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.92 
 
 		 411 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277292  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4940  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.41 
 
 		 406 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0533756 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2498  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.49 
 
 		 414 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1894  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  43.16 
 
 		 421 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3313  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.61 
 
 		 411 aa  316  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0224  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  43.94 
 
 		 410 aa  316  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2221  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.57 
 
 		 413 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2668  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.55 
 
 		 415 aa  316  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.58229  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2157  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  40.93 
 
 		 411 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6394  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.57 
 
 		 409 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0201  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.79 
 
 		 405 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.347897 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2689  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  41.01 
 
 		 419 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430249  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1783  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  42.12 
 
 		 426 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0841  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  40.91 
 
 		 405 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.936764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>