More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2407 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2407  glycosyl transferase, group 1  100 
 
 
404 aa  813    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2849  glycosyl transferase, group 1  52.93 
 
 
407 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.639359  normal  0.534113 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0840  glycosyl transferase, group 1  51.64 
 
 
401 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.609699  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1084  putative glycosyl transferase, group 1 family protein  51.52 
 
 
405 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2745  glycosyl transferase, group 1  51.52 
 
 
405 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.712111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2906  glycosyl transferase group 1  49.75 
 
 
400 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.61318 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3139  glycosyl transferase, group 1 family protein  50.5 
 
 
400 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.425615 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2575  glycosyl transferase, group 1  50.5 
 
 
411 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2716  glycosyl transferase group 1  50.13 
 
 
400 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3566  glycosyl transferase group 1  44.55 
 
 
407 aa  344  2e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1004  putative glycosyl transferase, group 1 family protein  46.77 
 
 
408 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.531302 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3184  glycosyl transferase, group 1  43.22 
 
 
400 aa  249  9e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.845721  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2547  glycosyl transferase group 1  34 
 
 
414 aa  239  9e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5286  glycosyl transferase group 1  35.71 
 
 
409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1433  glycosyl transferase, group 1 family protein  34.41 
 
 
409 aa  210  4e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.985375  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1851  glycosyl transferase group 1  34.83 
 
 
406 aa  209  8e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1001  glycosyl transferase group 1  31.41 
 
 
411 aa  204  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1812  glycosyl transferase, group 1  33.85 
 
 
406 aa  192  6e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1377  glycosyl transferase, group 1 family protein  31.34 
 
 
407 aa  188  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.728152  normal  0.862724 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2371  glycosyl transferase, group 1  34.92 
 
 
430 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64695  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3107  glycosyl transferase group 1  33.08 
 
 
426 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1424  glycosyl transferase group 1  31.68 
 
 
440 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02000  glycosyltransferase  33.58 
 
 
452 aa  146  8.000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1501  glycosyl transferase, group 1  32.17 
 
 
412 aa  145  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3400  O-antigen polymerase  32.4 
 
 
403 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0359  glycosyl transferase group 1  29.87 
 
 
410 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2192  glycosyl transferase, group 1  30.81 
 
 
437 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111626  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3085  glycosyl transferase group 1  26.98 
 
 
409 aa  136  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4331  glycosyl transferase group 1  28.16 
 
 
422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0666241 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4271  glycosyl transferase group 1  28.16 
 
 
422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2433  glycosyl transferase, group 1  28.09 
 
 
417 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.287149 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5245  glycosyl transferase, group 1  30.83 
 
 
410 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.844139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0615  glycosyl transferase, group 1  28.3 
 
 
420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0722468  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0766  glycosyl transferase group 1  28.3 
 
 
420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3906  glycosyl transferase, group 1  29.71 
 
 
416 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3576  glycosyl transferase group 1  32.41 
 
 
415 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2884  glycosyl transferase group 1  31.2 
 
 
417 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1993  putative glycosyltransferase  29.8 
 
 
414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00985671  normal  0.577803 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2976  glycosyl transferase group 1  32.34 
 
 
417 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.82983  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0738  glycosyltransferase-like  30.98 
 
 
443 aa  126  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2261  glycosyl transferase, group 1  28.12 
 
 
410 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2826  glycosyl transferase group 1  33.75 
 
 
426 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.342836 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0282  glycosyl transferase group 1  32.64 
 
 
364 aa  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4244  glycosyl transferase, group 1  27.68 
 
 
417 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.772955 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0205  glycosyl transferase, group 1  30.59 
 
 
454 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3926  glucosyltransferase  28.33 
 
 
411 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0407  glycosyl transferase group 1  40.7 
 
 
750 aa  106  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2372  glycosyl transferase, group 1  41.88 
 
 
383 aa  106  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.732911  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2440  putative colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaL  28.37 
 
 
406 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000788378 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01950  predicted glycosyl transferase  28.19 
 
 
406 aa  106  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01939  hypothetical protein  28.19 
 
 
406 aa  106  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.156433  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2333  putative colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaL  28.54 
 
 
406 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0154  glycosyl transferase, group 1 family protein  39.31 
 
 
360 aa  104  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0028  LPS glycosyltransferase  28.57 
 
 
373 aa  104  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000218534  hitchhiker  0.00835571 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3106  glycosyl transferase group 1  38.46 
 
 
382 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277853  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1131  glycosyl transferase group 1  30.59 
 
 
904 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.845699  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2743  glycosyl transferase group 1  33.09 
 
 
367 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2757  glycosyl transferase group 1  33.84 
 
 
392 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.110907  normal  0.856034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2282  putative colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaL  28.13 
 
 
406 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000100013 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1938  glycosyl transferase, group 1  30.05 
 
 
401 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.792782  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2225  putative colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaL  26.71 
 
 
406 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.044252  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2078  glycosyl transferase, group 1  32.43 
 
 
377 aa  100  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2326  putative colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaL  27.42 
 
 
406 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.45919  normal  0.147649 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1613  glycosyl transferase group 1  28.67 
 
 
406 aa  100  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0151504  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0691  glycosyl transferase, group 1  32.2 
 
 
377 aa  100  6e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0533386  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1597  glycosyl transferase group 1  28.87 
 
 
406 aa  99.8  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.308201  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2283  glycosyl transferase, group 1  26.1 
 
 
373 aa  99  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1188  colanic acid biosynthesis glycosyl transferase WcaL  28.43 
 
 
406 aa  99.4  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02463  putative glycosyl transferase in colanic acid gene cluster  28.93 
 
 
419 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00021101  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3098  glycosyl transferase group 1  31.18 
 
 
391 aa  98.2  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.1957  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2341  glycosyl transferase, group 1  37.1 
 
 
379 aa  98.6  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.244619  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0256  glycosyl transferase group 1  36.84 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.910371  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1018  colanic acid biosynthesis glycosyl transferase WcaL  28.24 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2798  glycosyl transferase group 1  31.38 
 
 
425 aa  97.8  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0488455  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2861  glycosyl transferase group 1  28.91 
 
 
366 aa  97.4  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2978  colanic acid biosynthesis glycosyl transferase WcaL  28.24 
 
 
406 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0458092  hitchhiker  0.000111113 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0496  glycosyl transferase group 1  38.33 
 
 
409 aa  96.7  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2336  colanic acid biosynthesis glycosyl transferase WcaL  27.78 
 
 
406 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000162166  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6471  glycosyl transferase group 1  31.85 
 
 
405 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214546  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2380  glycosyl transferase, group 1  33.82 
 
 
391 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1977  glycosyl transferase, group 1  33.97 
 
 
403 aa  95.9  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2058  glycosyl transferase group 1  26.7 
 
 
452 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0147128  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0355  glycosyl transferase group 1  28.74 
 
 
364 aa  95.9  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.984651 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2658  glycosyl transferase, group 1  27.93 
 
 
406 aa  95.1  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0783  glycosyl transferase group 1  31.54 
 
 
394 aa  94.4  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.492233  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2328  glycosyl transferase group 1  37.5 
 
 
871 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1602  hypothetical protein  31.68 
 
 
388 aa  94  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0321  glycosyl transferase group 1  32.12 
 
 
388 aa  94  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2152  glycosyl transferase, group 1  32.54 
 
 
387 aa  93.2  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7223  glycosyl transferase group 1  28.91 
 
 
413 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0752663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0693  glycosyl transferase, group 1  34.78 
 
 
360 aa  92.8  8e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00441091  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3883  glycosyl transferase group 1  31.34 
 
 
395 aa  92.8  9e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1562  glycosyl transferase group 1  37.21 
 
 
381 aa  92.4  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.395728  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0348  glycosyl transferase group 1  43.03 
 
 
739 aa  92.4  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0688  glycosyl transferase, group 1  24.83 
 
 
348 aa  92.4  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2379  glycosyl transferase, group 1  29.27 
 
 
381 aa  92  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0058  glycosyl transferase group 1  44.19 
 
 
366 aa  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.145995  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1596  glycosyl transferase, group 1  28.91 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3090  glycosyl transferase, group 1  34.21 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0838  glycosyl transferase, group 1 family protein  31.88 
 
 
419 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>