299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2395 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2395  surface antigen (D15)  100 
 
 
610 aa  1217    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3381  hypothetical protein  38.53 
 
 
594 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2844  surface antigen (D15)  40.81 
 
 
607 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1182  putative outer membrane protein  40.63 
 
 
607 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2621  surface antigen (D15)  38.66 
 
 
627 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.22139  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0245  surface antigen (D15)  38.77 
 
 
598 aa  362  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2679  surface antigen (D15)  37.26 
 
 
627 aa  349  7e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0048  hypothetical protein  36.36 
 
 
639 aa  306  6e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0053  surface antigen (D15)  35.36 
 
 
671 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0047  hypothetical protein  36.2 
 
 
639 aa  305  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.858357  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1521  surface antigen (D15)  33.51 
 
 
643 aa  269  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0423746  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1344  OMP85 family outer membrane protein  28.35 
 
 
653 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3914  surface antigen (D15)  32.43 
 
 
622 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0932494  normal  0.286788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3626  surface antigen (D15)  32.43 
 
 
622 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4088  hypothetical protein  32.18 
 
 
620 aa  216  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2887  surface antigen (D15)  31.81 
 
 
637 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2765  surface antigen (D15)  28.26 
 
 
661 aa  190  8e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2992  surface antigen (D15)  28.09 
 
 
661 aa  189  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26833  normal  0.328272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2888  surface antigen (D15)  27.76 
 
 
661 aa  184  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0875  surface antigen (D15)  28.15 
 
 
677 aa  177  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0433  surface antigen (D15)  29.19 
 
 
595 aa  177  6e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.933362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6386  surface antigen (D15)  29.93 
 
 
663 aa  174  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.130426  normal  0.710466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4224  surface antigen (D15)  28.11 
 
 
653 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.534945  normal  0.496095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6779  surface antigen (D15)  26.01 
 
 
665 aa  170  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0846738  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1129  surface antigen (D15)  30.08 
 
 
776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.155911 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0465  surface antigen (D15)  31.38 
 
 
702 aa  163  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.9475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0384  surface antigen (D15)  31.75 
 
 
615 aa  160  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1716  surface antigen (D15)  27.05 
 
 
653 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2389  surface antigen (D15)  24.47 
 
 
652 aa  146  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2099  surface antigen  26.75 
 
 
632 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2905  surface antigen (D15)  26.89 
 
 
789 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0651948 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0414  surface antigen (D15)  25.54 
 
 
588 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.184452  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2616  surface antigen (D15)  24.59 
 
 
674 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69192 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0165  surface antigen (D15)  26.11 
 
 
647 aa  138  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0071  Outer membrane protein/protective antigen OMA87-like  25.97 
 
 
613 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.299818  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2644  surface antigen (D15)  27.82 
 
 
571 aa  131  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4827  surface antigen (D15)  28.05 
 
 
670 aa  128  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.501728 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2483  surface antigen (D15)  27.84 
 
 
593 aa  127  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.190586  normal  0.165864 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1102  surface antigen (D15)  26.83 
 
 
709 aa  127  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2199  surface antigen (D15)  25.54 
 
 
595 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.230672 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0071  surface antigen (D15)  26.59 
 
 
633 aa  116  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309783  normal  0.034078 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1562  surface antigen (D15)  28.23 
 
 
779 aa  114  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.386994  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1958  outer membrane protein, OMP85 family  25.71 
 
 
576 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1626  surface antigen (D15)  25.71 
 
 
618 aa  96.3  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.200512  hitchhiker  0.00000168183 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2883  surface antigen (D15)  25.13 
 
 
634 aa  95.5  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3560  surface antigen (D15)  25.13 
 
 
634 aa  94.7  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.533072 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0758  surface antigen (D15)  24.37 
 
 
610 aa  92.8  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.419664  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3161  surface antigen (D15)  25.86 
 
 
646 aa  92  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.288715 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1766  surface antigen (D15)  25.89 
 
 
766 aa  90.1  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0726033  normal  0.0207518 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3955  surface antigen (D15)  25.65 
 
 
629 aa  89.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.98923  normal  0.366661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1446  surface antigen (D15)  25.7 
 
 
765 aa  88.6  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.332057 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1231  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  26.11 
 
 
765 aa  87.4  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2577  surface antigen (D15)  25.87 
 
 
765 aa  87  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.489897  normal  0.089041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1658  surface antigen (D15)  24.03 
 
 
640 aa  86.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.586851  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0462  surface antigen (D15)  24.04 
 
 
559 aa  84.7  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0370  Outer membrane protein  25.36 
 
 
588 aa  85.1  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2687  surface antigen (D15)  26.81 
 
 
784 aa  83.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.379638  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2395  surface antigen (D15)  24.51 
 
 
583 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920675  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0833  hypothetical protein  24.79 
 
 
585 aa  82.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0128736  normal  0.270855 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0188  hypothetical protein  23.52 
 
 
607 aa  82.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2892  surface antigen (D15)  24.25 
 
 
583 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.939867 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1443  surface antigen (D15)  24.84 
 
 
791 aa  81.6  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680805  decreased coverage  0.000148941 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1831  surface antigen (D15)  24.53 
 
 
765 aa  80.9  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2890  surface antigen (D15)  24.38 
 
 
580 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.140509  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1412  putative outer membrane signal peptide protein  25.76 
 
 
765 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.272317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2694  hypothetical protein  23.45 
 
 
579 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1873  surface antigen (D15):surface antigen variable number  24 
 
 
784 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.836752  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1752  surface antigen (D15)  22.26 
 
 
593 aa  79  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0254  surface antigen (D15)  23.54 
 
 
683 aa  79.3  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0103892  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2842  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  25.23 
 
 
770 aa  79  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2798  surface antigen (D15)  23.72 
 
 
583 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.150129 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1410  surface antigen (D15)  24.64 
 
 
585 aa  78.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31680  hypothetical protein  24.47 
 
 
579 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373296  normal  0.574321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2478  surface antigen (D15):surface antigen variable number  23.09 
 
 
574 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.171306  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0606  OMP85 family outer membrane protein  21.31 
 
 
591 aa  77  0.0000000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.390129  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1090  hypothetical protein  24.39 
 
 
648 aa  76.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.848771  normal  0.794781 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1969  surface antigen (D15)  24.86 
 
 
573 aa  76.6  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1350  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  25.5 
 
 
750 aa  77  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0760351  normal  0.942125 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0533  surface antigen (D15)  26.49 
 
 
558 aa  75.9  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.478623 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0433  surface antigen protein  22.53 
 
 
573 aa  75.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0183436  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1286  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  24.56 
 
 
765 aa  75.5  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368496  normal  0.747084 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1519  surface antigen (D15)  23.29 
 
 
882 aa  74.7  0.000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4689  outer membrane protein, OMP85 family  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4829  OMP85 family outer membrane protein  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4774  outer membrane protein OMP85 family  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1522  surface antigen (D15)  23.73 
 
 
790 aa  74.7  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0389707  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0398  surface antigen (D15)  34.93 
 
 
577 aa  75.1  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4808  OMP85 family outer membrane protein  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04091  predicted outer membrane protein and surface antigen  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.602065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3772  surface antigen (D15)  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3787  surface antigen (D15)  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.718556  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4474  OMP85 family outer membrane protein  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5738  outer membrane protein, OMP85 family  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4699  OMP85 family outer membrane protein  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04054  hypothetical protein  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.723359  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4861  outer membrane protein, OMP85 family  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28860  outer membrane surface antigen (D15)  25.55 
 
 
555 aa  74.7  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.238861  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4790  OMP85 family outer membrane protein  35.71 
 
 
577 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2749  hypothetical protein  22.09 
 
 
574 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129008  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0671  surface antigen (D15)  24.37 
 
 
612 aa  74.3  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>