247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2159 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_0199  Na+/H+ antiporter NhaC  69.56 
 
 		 494 aa  676    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2159  Na+/H+ antiporter NhaC  100 
 
 		 484 aa  953    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.318681  normal  0.208932 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1769  Na+/H+ antiporter NhaC  69.87 
 
 		 496 aa  633  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.679407  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2476  Na+/H+ antiporter NhaC  64.72 
 
 		 502 aa  629  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.629323  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03793  Na+/H+ antiporter, NhaC family protein  64.36 
 
 		 495 aa  620  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0133  NahC family Na(+)/H(+) antiporter  70.09 
 
 		 496 aa  615  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2832  Na+/H+ antiporter NhaC  69.54 
 
 		 496 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.164293 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0548  Na+/H+ antiporter NhaC  53.86 
 
 		 510 aa  457  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0362545  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0896  Na+/H+ antiporter NhaC  46.9 
 
 		 489 aa  424  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0310  Na+/H+ antiporter  40.93 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.186537  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0313  Na+/H+ antiporter  40.93 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000868354  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0435  Na+/H+ antiporter NhaC  40.51 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00534613  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0326  Na+/H+ antiporter NhaC  40.72 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000241995  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0341  Na+/H+ antiporter NhaC  40.72 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.142546  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0435  Na+/H+ antiporter NhaC  40.51 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0372  Na+/H+ antiporter NhaC  40.72 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0321  Na+/H+ antiporter NhaC  40.65 
 
 		 473 aa  363  3e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2723  Na+/H+ antiporter NhaC  41.93 
 
 		 472 aa  362  7.0000000000000005e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0388  Na+/H+ antiporter NhaC  40.43 
 
 		 473 aa  361  2e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0450556  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4931  Na+/H+ antiporter NhaC  40.22 
 
 		 473 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.312276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02004  putative Na+/H+ antiporter NnaC  41.23 
 
 		 491 aa  341  1e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.194925  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1400  Na+/H+ antiporter NhaC  38.8 
 
 		 509 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.226086  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1995  Na+/H+ antiporter NhaC  41.21 
 
 		 506 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00594855  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2457  Na+/H+ antiporter NhaC  37.87 
 
 		 494 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2820  Na+/H+ antiporter NhaC  40.23 
 
 		 457 aa  319  9e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.609382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4486  Na+/H+ antiporter NhaC  37.15 
 
 		 514 aa  319  9e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2809  Na+/H+ antiporter NhaC  36.99 
 
 		 492 aa  311  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0607804  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002927  Na+/H+ antiporter NhaC  37.31 
 
 		 477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0434616  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1635  Na+/H+ antiporter NhaC  37.45 
 
 		 467 aa  310  4e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0565201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03022  Na+/H+ antiporter  37.2 
 
 		 478 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4232  Na+/H+ antiporter NhaC  40.77 
 
 		 457 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.845886  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1004  Na+/H+ antiporter NhaC  40.77 
 
 		 457 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1622  Na+/H+ antiporter  36.59 
 
 		 481 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000132012  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1780  Na+/H+ antiporter NhaC  37.36 
 
 		 467 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.714234  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3564  Na+/H+ antiporter NhaC  37.36 
 
 		 467 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3649  Na+/H+ antiporter NhaC  37.34 
 
 		 488 aa  305  8.000000000000001e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1840  Na+/H+ antiporter NhaC  37.13 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1636  Na+/H+ antiporter NhaC  37.36 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00822114  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1894  Na+/H+ antiporter NhaC  37.36 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0115106  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1614  Na+/H+ antiporter (NhaC)  37.36 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.213996  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1586  Na+/H+ antiporter  37.59 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1766  Na+/H+ antiporter NhaC  37.36 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1414  Na+/H+ antiporter NhaC  37.95 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0300822  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1816  Na+/H+ antiporter NhaC  37.36 
 
 		 467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3953  Na+/H+ antiporter NhaC  40.47 
 
 		 457 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0490  Na+/H+ antiporter NhaC  35.67 
 
 		 499 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3226  Na+/H+ antiporter NhaC  39.35 
 
 		 465 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0736  Na+/H+ antiporter NhaC  39.29 
 
 		 467 aa  301  1e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000132088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1725  Na+/H+ antiporter NhaC  37.3 
 
 		 482 aa  301  2e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3405  Na+/H+ antiporter NhaC  37.07 
 
 		 491 aa  300  4e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.190303  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2671  Na+/H+ antiporter NhaC  36.44 
 
 		 474 aa  300  4e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2636  Na+/H+ antiporter NhaC  35.96 
 
 		 482 aa  299  6e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0344  Na+/H+ antiporter NhaC  35.21 
 
 		 506 aa  299  6e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0475  Na+/H+ antiporter NhaC  36.81 
 
 		 505 aa  299  9e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0475  Na+/H+ antiporter NhaC  36.31 
 
 		 509 aa  299  9e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2609  Na+/H+ antiporter NhaC  37.15 
 
 		 478 aa  297  2e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3877  Na+/H+ antiporter  39.59 
 
 		 457 aa  297  3e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.335407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4193  Na+/H+ antiporter NhaC  39.82 
 
 		 457 aa  296  4e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3863  Na+/H+ antiporter  39.37 
 
 		 457 aa  296  5e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3531  Na+/H+ antiporter NhaC  38.56 
 
 		 477 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0661235 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4030  Na+/H+ antiporter NhaC  39.37 
 
 		 457 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.623571  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4345  Na+/H+ antiporter NhaC  39.37 
 
 		 457 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4146  Na+/H+ antiporter NhaC  39.37 
 
 		 457 aa  296  6e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1415  Na+/H+ antiporter NhaC  37.44 
 
 		 502 aa  295  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4256  Na+/H+ antiporter NhaC  39.59 
 
 		 457 aa  295  1e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1834  Na+/H+ antiporter NhaC  42.04 
 
 		 463 aa  292  1e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00796766  normal  0.538801 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1400  Na+/H+ antiporter NhaC  38.06 
 
 		 510 aa  291  2e-77  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000509696  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12540  Na+ antiporter NhaC  38.68 
 
 		 475 aa  289  1e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.859822 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2651  Na+/H+ antiporter NhaC  35.82 
 
 		 464 aa  288  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0793  Na(+)/H(+) antiporter  36.11 
 
 		 469 aa  286  5.999999999999999e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0184  Na+/H+ antiporter NhaC  39.1 
 
 		 470 aa  284  2.0000000000000002e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0528403  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1967  Na+/H+ antiporter NhaC  38.51 
 
 		 484 aa  283  3.0000000000000004e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1856  Na+/H+ antiporter NhaC  38.51 
 
 		 484 aa  283  3.0000000000000004e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4039  Na+/H+ antiporter NhaC  37.63 
 
 		 491 aa  283  4.0000000000000003e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0177  Na+/H+ antiporter NhaC  37.31 
 
 		 471 aa  283  4.0000000000000003e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.286543  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0273  Na+/H+ antiporter NhaC  35.28 
 
 		 475 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0717657 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2709  Na+/H+ antiporter NhaC  38.37 
 
 		 480 aa  277  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1496  Na+/H+ antiporter  36.84 
 
 		 458 aa  272  1e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2552  Na+/H+ antiporter NhaC  36.78 
 
 		 463 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1829  Na+/H+ antiporter NhaC  36.9 
 
 		 461 aa  269  1e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1552  Na+/H+ antiporter NhaC  32.92 
 
 		 474 aa  265  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12548  Na+/H+ antiporter  36.56 
 
 		 501 aa  265  1e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.678652  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1668  Na+/H+ antiporter NhaC  36.14 
 
 		 483 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1609  Na+/H+ antiporter NhaC  36.14 
 
 		 483 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2296  Na+/H+ antiporter NhaC  37.06 
 
 		 487 aa  263  6e-69  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.634393 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1670  Na+/H+ antiporter NhaC  35.93 
 
 		 483 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1733  Na+/H+ antiporter NhaC  35.93 
 
 		 483 aa  263  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1787  Na+/H+ antiporter NhaC  36.46 
 
 		 483 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3617  Na+/H+ antiporter NhaC  36.57 
 
 		 479 aa  261  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.207119 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0166  Na+/H+ antiporter NhaC  36.67 
 
 		 472 aa  259  7e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17400  Na+ antiporter NhaC  34.72 
 
 		 488 aa  258  1e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.694784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00082  Na+/H+ antiporter NhaC  38.61 
 
 		 465 aa  258  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0461  Na+/H+ antiporter NhaC  34.58 
 
 		 483 aa  257  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1043  Na+/H+ antiporter NhaC  34.11 
 
 		 470 aa  257  3e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1609  sodium/proton antiporter  33.96 
 
 		 484 aa  250  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1881  Na+/H+ antiporter NhaC  32.49 
 
 		 465 aa  238  2e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2324  Na+/H+ antiporter NhaC  31.61 
 
 		 466 aa  238  2e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2367  Na+/H+ antiporter NhaC  31.39 
 
 		 466 aa  236  7e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0481816  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2006  Na+/H+ antiporter  32.66 
 
 		 451 aa  228  2e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.16502  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1629  Na+/H+ antiporter NhaC  31.6 
 
 		 482 aa  227  4e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.835214  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>