More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2087 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2087  F0F1 ATP synthase subunit gamma  100 
 
 
291 aa  585  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2935  F0F1 ATP synthase subunit gamma  78.69 
 
 
290 aa  465  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0612014  normal  0.0524462 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0973  F0F1 ATP synthase subunit gamma  76.63 
 
 
289 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2202  F0F1 ATP synthase subunit gamma  76.98 
 
 
289 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2298  F0F1 ATP synthase subunit gamma  76.63 
 
 
289 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1048  F0F1 ATP synthase subunit gamma  72.3 
 
 
296 aa  434  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3817  F0F1 ATP synthase subunit gamma  73.2 
 
 
290 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0342  F0F1 ATP synthase subunit gamma  62.2 
 
 
291 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00305412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6636  F0F1 ATP synthase subunit gamma  64.04 
 
 
292 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7381  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.01 
 
 
292 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0219  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.14 
 
 
293 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.195785 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2923  F0F1 ATP synthase subunit gamma  64.26 
 
 
291 aa  361  8e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112114  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1745  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.85 
 
 
296 aa  360  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0472622  normal  0.162191 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1466  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.73 
 
 
295 aa  360  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.152433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3217  F0F1 ATP synthase subunit gamma  64.26 
 
 
290 aa  359  3e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.400914  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3942  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.61 
 
 
294 aa  354  7.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3653  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.95 
 
 
294 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.641548  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1467  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.82 
 
 
296 aa  351  7e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1733  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.82 
 
 
292 aa  349  3e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.341678  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1800  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.82 
 
 
292 aa  349  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907814  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0622  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.22 
 
 
294 aa  348  5e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1104  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.82 
 
 
292 aa  348  5e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0400801  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4107  F0F1 ATP synthase subunit gamma  62.46 
 
 
293 aa  348  8e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.171115  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1464  ATP synthase F1, gamma subunit  65.42 
 
 
294 aa  345  4e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0322274  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0604  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.49 
 
 
296 aa  342  5e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.141777  normal  0.984338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2079  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60.48 
 
 
291 aa  342  5.999999999999999e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0172  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.11 
 
 
291 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0407  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.93 
 
 
292 aa  338  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.335228 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0113  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.43 
 
 
302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0431  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.56 
 
 
292 aa  334  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0558  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.73 
 
 
291 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.174095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0175  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.25 
 
 
292 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0266  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.73 
 
 
291 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.906352 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0531  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.88 
 
 
292 aa  328  6e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1225  F0F1 ATP synthase subunit gamma  55.85 
 
 
299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2287  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.45 
 
 
291 aa  305  6e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.213985  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4738  F0F1 ATP synthase subunit gamma  54.24 
 
 
294 aa  298  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.439609  decreased coverage  0.00190337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2401  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.73 
 
 
290 aa  294  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1314  F0F1 ATP synthase subunit gamma  53.58 
 
 
293 aa  288  7e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.891662  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2803  ATP synthase F1, gamma subunit  57.77 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1680  F0F1 ATP synthase subunit gamma  52.03 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3459  ATP synthase F1, gamma subunit  48.29 
 
 
292 aa  257  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4496  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.75 
 
 
290 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.869664  normal  0.0447387 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4504  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.07 
 
 
290 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4485  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.07 
 
 
290 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0112  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.44 
 
 
287 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.643325  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3171  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.18 
 
 
288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0210307  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3407  F0F1 ATP synthase subunit gamma  46.23 
 
 
287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.347136  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4349  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.48 
 
 
289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1506  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.67 
 
 
288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4166  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.67 
 
 
283 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.501479  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3151  F0F1 ATP synthase subunit gamma  45.39 
 
 
283 aa  231  9e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3951  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.71 
 
 
287 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4036  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.1 
 
 
287 aa  228  9e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00118016 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4262  F0F1 ATP synthase subunit gamma  42.61 
 
 
287 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.201982  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4631  ATP synthase F1, gamma subunit  42.57 
 
 
294 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.553634  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0184  ATP synthase, subunit gamma (H(+)-transporting two-sector ATPase)  42.62 
 
 
295 aa  224  2e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2379  F0F1 ATP synthase subunit gamma  41.24 
 
 
282 aa  222  4.9999999999999996e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.013052 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2213  F0F1 ATP synthase subunit gamma  42.66 
 
 
289 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3365  F0F1 ATP synthase subunit gamma  42.91 
 
 
290 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0605  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0910315  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2383  F0F1 ATP synthase subunit gamma  44.26 
 
 
298 aa  218  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2194  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43 
 
 
291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0986  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.81 
 
 
290 aa  216  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.522997  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0948  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.6 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3132  F0F1 ATP synthase subunit gamma  43.6 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0602  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40.4 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0313525  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1060  ATP synthase F1, gamma subunit  39.66 
 
 
286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2187  F0F1 ATP synthase subunit gamma  42.24 
 
 
294 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6524  ATP synthase F1, gamma subunit  38.72 
 
 
297 aa  210  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0082  ATP synthase F1, gamma subunit  42.66 
 
 
287 aa  209  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.863328  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2543  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40.34 
 
 
291 aa  209  6e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2704  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40.67 
 
 
291 aa  208  7e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2138  ATP synthase F1, gamma subunit  41.56 
 
 
295 aa  208  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0316  ATP synthase F1, gamma subunit  42.39 
 
 
309 aa  206  5e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03065  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  38 
 
 
289 aa  204  2e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0298  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40.6 
 
 
295 aa  203  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0501032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0513  F0F1 ATP synthase subunit gamma  42.18 
 
 
290 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.601675 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0986  F0F1 ATP synthase subunit gamma  41.61 
 
 
290 aa  203  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.502088  normal  0.629784 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4333  ATP synthase F1, gamma subunit  37.04 
 
 
345 aa  203  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00821812  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2331  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40 
 
 
291 aa  203  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2583  ATP synthase F1, gamma subunit  40 
 
 
292 aa  202  5e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4792  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40.14 
 
 
281 aa  202  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1266  F0F1 ATP synthase subunit gamma  42.18 
 
 
290 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1984  F0F1 ATP synthase subunit gamma  40 
 
 
290 aa  202  7e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.553877  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7249  ATP synthase F1, gamma subunit  40.2 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000178532  normal  0.626732 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0397  ATP synthase F1, gamma subunit  39.02 
 
 
293 aa  198  7.999999999999999e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6063  ATP synthase F1, gamma subunit  41.23 
 
 
305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17810  ATP synthase F1, gamma subunit  39.53 
 
 
287 aa  196  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2326  ATP synthase F1, gamma subunit  39.37 
 
 
286 aa  194  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0244217  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2758  ATP synthase F1, gamma subunit  39.59 
 
 
287 aa  194  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2830  F0F1 ATP synthase subunit gamma  41.02 
 
 
293 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2845  ATP synthase F1, gamma subunit  37.62 
 
 
308 aa  192  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.771118 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2166  ATP synthase F1, gamma subunit  39.37 
 
 
287 aa  192  7e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.95002  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0064  ATP synthase F1, gamma subunit  40.14 
 
 
291 aa  192  7e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4113  F0F1 ATP synthase subunit gamma  38.85 
 
 
286 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0282058  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0021  F0F1 ATP synthase subunit gamma  38.44 
 
 
289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00147934  hitchhiker  0.00122657 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3339  ATP synthase F1 subuint gamma  36.28 
 
 
315 aa  190  2.9999999999999997e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4046  F0F1 ATP synthase subunit gamma  39.52 
 
 
286 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.359211  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4071  F0F1 ATP synthase subunit gamma  38.8 
 
 
295 aa  189  5e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0711089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>