More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2000 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2000  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 638 aa  1305    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3889  Amidohydrolase 3  45.11 
 
 		 624 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0099  hypothetical protein  37.04 
 
 		 577 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.119429  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2078  hypothetical protein  33.5 
 
 		 576 aa  349  7e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2836  amidohydrolase 3  34.19 
 
 		 597 aa  346  8e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0108  Amidohydrolase 3  32.91 
 
 		 547 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.134206  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6052  amidohydrolase 3  32.38 
 
 		 555 aa  244  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.863749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4359  Amidohydrolase 3  29.73 
 
 		 552 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.747715 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7627  amidohydrolase-like  31.19 
 
 		 555 aa  236  9e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0134  amidohydrolase-like  31.65 
 
 		 547 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4766  amidohydrolase 3  31.73 
 
 		 545 aa  232  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4295  amidohydrolase 3  29.43 
 
 		 557 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1985  amidohydrolase 3  30.27 
 
 		 554 aa  221  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5757  amidohydrolase:amidohydrolase-like  29.87 
 
 		 547 aa  216  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3250  amidohydrolase 3  29.53 
 
 		 542 aa  216  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383305  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5666  amidohydrolase 3  29.23 
 
 		 554 aa  213  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498872  normal  0.0259745 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4287  amidohydrolase 3  30.45 
 
 		 544 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.275898  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10562  hypothetical protein  28.42 
 
 		 537 aa  194  6e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.036236 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0597  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  28.57 
 
 		 575 aa  181  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0100  hypothetical protein  28.6 
 
 		 604 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0005  twin-arginine translocation pathway signal  29.83 
 
 		 584 aa  180  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4036  amidohydrolase 3  27.99 
 
 		 601 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0635  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  28.41 
 
 		 575 aa  179  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0736  amidohydrolase 3  25.75 
 
 		 536 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0656369  normal  0.367651 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0742  amidohydrolase 3  25.75 
 
 		 536 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.838024  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0756  amidohydrolase 3  25.75 
 
 		 536 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.398429  normal  0.248868 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1124  amidohydrolase 3  27.85 
 
 		 625 aa  169  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3404  Amidohydrolase 3  28.14 
 
 		 586 aa  160  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000897209  hitchhiker  0.00001315 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3353  amidohydrolase 3  29.93 
 
 		 583 aa  159  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742336  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3171  amidohydrolase 3  26.44 
 
 		 539 aa  158  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004324  metal-dependent hydrolase  25.91 
 
 		 581 aa  157  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2185  Amidohydrolase 3  25.89 
 
 		 563 aa  152  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3333  amidohydrolase 3  27.43 
 
 		 538 aa  150  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.827227 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3462  amidohydrolase 3  25.94 
 
 		 650 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3968  amidohydrolase 3  22.53 
 
 		 560 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0760  amidohydrolase 3  25.18 
 
 		 592 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0420  amidohydrolase-like  24.96 
 
 		 581 aa  140  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2366  Amidohydrolase 3  29.19 
 
 		 553 aa  139  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.662277  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0803  Amidohydrolase 3  26.96 
 
 		 564 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.379476 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1551  amidohydrolase 3  25.93 
 
 		 542 aa  137  8e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2329  Amidohydrolase 3  28.65 
 
 		 530 aa  136  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.108595 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1013  Amidohydrolase 3  27.58 
 
 		 548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.668342  normal  0.733638 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6181  putative amidohydrolase  26.37 
 
 		 542 aa  135  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0743865  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2609  amidohydrolase 3  28.42 
 
 		 548 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.506547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7493  amidohydrolase family  26.83 
 
 		 564 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0605616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3443  amidohydrolase 3  24.82 
 
 		 556 aa  130  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.6586 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1885  Amidohydrolase 3  24.43 
 
 		 587 aa  130  8.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.5166  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1541  putative amidohydrolase 3  25.83 
 
 		 648 aa  130  9.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.260198  normal  0.229672 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1491  Amidohydrolase 3  25.66 
 
 		 537 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0764832 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3625  amidohydrolase 3  28.62 
 
 		 556 aa  128  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.433177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2885  amidohydrolase 3  27.89 
 
 		 569 aa  127  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00571861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3329  amidohydrolase 3  27.13 
 
 		 583 aa  127  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.842  normal  0.159954 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3380  amidohydrolase 3  27.13 
 
 		 583 aa  127  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3318  twin-arginine translocation pathway signal  27.13 
 
 		 543 aa  126  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.5989  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1793  hypothetical protein  25.8 
 
 		 539 aa  125  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2930  amidohydrolase 3  25.3 
 
 		 606 aa  125  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.143401 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1040  amidohydrolase 3  26.86 
 
 		 590 aa  124  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.80433  normal  0.260287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1096  Amidohydrolase 3  26.84 
 
 		 525 aa  123  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4035  Amidohydrolase 3  26.46 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.787006  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2637  Amidohydrolase 3  23.16 
 
 		 533 aa  122  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1904  Amidohydrolase 3  22.97 
 
 		 520 aa  121  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3185  amidohydrolase 3  26.61 
 
 		 560 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214251  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4051  amidohydrolase 3  25.82 
 
 		 620 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4740  amidohydrolase 3  26.34 
 
 		 589 aa  119  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.185447 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1184  amidohydrolase 3  25.92 
 
 		 544 aa  117  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1018  amidohydrolase-like  25.62 
 
 		 541 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.121748 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1290  Amidohydrolase 3  24.76 
 
 		 603 aa  115  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0346185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2070  amidohydrolase 3  25.95 
 
 		 560 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1934  Amidohydrolase 3  23.63 
 
 		 557 aa  114  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2780  amidohydrolase  25.77 
 
 		 576 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3458  hypothetical protein  35.06 
 
 		 601 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55725  normal  0.0698709 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1574  Amidohydrolase 3  26.27 
 
 		 540 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3053  amidohydrolase family  22.54 
 
 		 574 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1362  Amidohydrolase 3  24.39 
 
 		 569 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0578  amidohydrolase 3  25.98 
 
 		 545 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0927  amidohydrolase 3  24.78 
 
 		 582 aa  110  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1950  amidohydrolase 3  25.23 
 
 		 530 aa  110  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2289  amidohydrolase 3  26.03 
 
 		 579 aa  110  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1631  Amidohydrolase 3  29.3 
 
 		 537 aa  110  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0506733 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09378  Predicted metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  25.23 
 
 		 540 aa  109  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4653  putative metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  26.44 
 
 		 560 aa  110  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.707824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1172  hypothetical protein  24.13 
 
 		 560 aa  109  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0178452  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1693  hypothetical protein  25.95 
 
 		 533 aa  109  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0357056 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5168  amidohydrolase 3  25.6 
 
 		 541 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.54245 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0253  amidohydrolase 3  26.9 
 
 		 551 aa  107  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1859  amidohydrolase 3  26.73 
 
 		 549 aa  107  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2075  putative lipoprotein  23.34 
 
 		 585 aa  107  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.860152  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3832  amidohydrolase 3  24.04 
 
 		 556 aa  107  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.988411 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1214  Amidohydrolase 3  26.67 
 
 		 527 aa  107  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0834  amidohydrolase 3  25.72 
 
 		 555 aa  106  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00778  predicted metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold protein  25.78 
 
 		 546 aa  106  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6024  putative amidohydrolase  26.2 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148196  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4779  hypothetical protein  23.9 
 
 		 522 aa  104  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2586  amidohydrolase 3  28.18 
 
 		 537 aa  104  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0687512  normal  0.83708 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1321  Amidohydrolase 3  25.89 
 
 		 532 aa  104  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000608926 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0970  Amidohydrolase 3  25.13 
 
 		 616 aa  104  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.31521  hitchhiker  0.000183819 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3788  amidohydrolase 3  24.46 
 
 		 543 aa  103  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3370  Amidohydrolase 3  24.24 
 
 		 558 aa  103  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000202317  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1441  amidohydrolase 3  25.34 
 
 		 583 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.822576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0032  Amidohydrolase 3  24.28 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>